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濃縮された遺伝子発現セットのリポソーム封入による生命システム再構成条件の探索

研究課題

研究課題/領域番号 11J03718
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 分子生物学
研究機関東北大学

研究代表者

藤原 慶  東北大学, 大学院工学研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2013年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2012年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2011年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
キーワード細胞再構成 / 無細胞翻訳 / セントラルドグマ / 人工細胞 / 再構成 / 細胞抽出液 / タンパク質安定性
研究概要

本研究の目的である「物質からの細胞再構成」のための道筋理解に向けて、以下の2つの成果を上げた。
1. 試験管内でのセントラルドグマサイクルの再構築
生命の自己複製はDNA複製、転写、翻訳といったセントラルドグマの流れが繰り返されること(セントラルドグマサイクル)により成り立つが、この過程を試験管内で再現した。転写と翻訳に必須の因子のみからなるが、DNA複製系をもたないPURE systemを用い、大腸菌のDNA複製系を発現させた。昨年までに見出した、DNA複製に関与する13遺伝子を機能的に発現できる条件を活用し、本年度はこれら13の因子が共同的に働くことを確認した。結果、27℃ 1晩の発現を行った場合、同時に発現したタンパク質群も発現後に共同してDNA複製を行うことが示された。さらに、特殊な遺伝子回路を設計により、試験管内でセントラルドグマサイクルが回ることを実証した。
2. 細胞内と同等の成分を持つ人工脂質二重膜小胞の構築と解析
生命を細胞抽出液から再構成するための手段を明らかにするため、昨年度までに調製に成功した無添加細胞抽出液(AFCE)を、細胞同様に脂質二重膜小胞(リポソーム)に内包する手法を開発した。昨年度までに、リポソームの半透膜的性質を用いて、外部浸透圧と内部浸透圧の差により内部高分子の濃縮可能性を示していた。そこで本年度は、より定量的な解析と、単成分タンパク質であるBSAを内在させたリポソーム(BSAリポソーム)とAFCEリポソームの違いを解析した。BSAリポソームは理論と同様、最初に与える外部浸透圧と内部浸透圧の比により最終的なリポソーム内の高分子濃度が決定されたが、本手法でAFCEを濃縮した場合、生体高分子濃度300mg/mL近傍で濃縮が停止する現象が見られた。同時に、余剰膜はBSAリポソームと異なるチューブ状変形を提示することを見出した。これらの結果により、単成分であるBSAと多成分であるAFCEでは本質的に内部パラメーターが異なることを示した。

今後の研究の推進方策

(抄録なし)

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (20件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Generation of Giant Liposomes Containing Biomacromolecules at Physiological Intracellular Concentrations Using External Osmotic Pressure2014

    • 著者名/発表者名
      K. Fujiwara, M. Yanagisawa
    • 雑誌名

      ACS synthetic biology

      巻: (印刷中)(掲載確定) 号: 12 ページ: 870-874

    • DOI

      10.1021/sb4001917

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cooperative working of bacterial chromosome replication proteins generated by a reconstituted protein expression system2013

    • 著者名/発表者名
      K. Fujiwara, T. Katayama, S-i. M. Nomura
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 41(13) 号: 14 ページ: 7176-7183

    • DOI

      10.1093/nar/gkt489

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A bacterial salt sensor created by multiplying phenotypes of GroE-depleted Escherichia coli2013

    • 著者名/発表者名
      K. Fujiwara, K. B. Aoi, S-i. M. Nomura
    • 雑誌名

      Analytical methods

      巻: 5(21) 号: 21 ページ: 5918-5922

    • DOI

      10.1039/c3ay41092g

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular robotics approach for constructing artificial cell model2013

    • 著者名/発表者名
      S-i. M. Nomura, Y. Sato, K. Fujiwara
    • 雑誌名

      12th European Conference on Artificial Life

      巻: NA ページ: 488-491

    • DOI

      10.7551/978-0-262-31709-2-ch070

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of remote-control supramolecular micro-crawler2013

    • 著者名/発表者名
      D. Komatsu, K. Fujiwara, S-i. M. Nomura
    • 雑誌名

      12th European Conference on Artificial Life

      巻: NA ページ: 208-209

    • DOI

      10.7551/978-0-262-31709-2-ch031

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞内濃厚環境に近づいた無細胞発現系2013

    • 著者名/発表者名
      藤原慶, 野村M. 慎一郎
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 53(5) ページ: 262-263

    • NAID

      10031191849

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Physicochemical analysis from real-time imaging of liposome tabulation reveals the characteristic of individual F-BAR domain proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Takiguchi Y, Itoh T, Tsujita K, Yamada S, Yanagisawa M, Fujiwara K, Ichikawa M, Yamamoto A, Takiguchi K
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 29 号: 1 ページ: 328-336

    • DOI

      10.1021/la303902q

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Condensation of an additive-free cell extract to mimic the conditions of live cells2013

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara K, Nomura SM
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8 号: 1 ページ: e54155-e54155

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0054155

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of methionine synthase overexpression in chaperonin-depleted Escherichia coli2012

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara K, Taguchi H
    • 雑誌名

      Micobiology

      巻: 158 号: 4 ページ: 917-924

    • DOI

      10.1099/mic.0.055079-0

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell-Sized confinement in microspheres accelerates the reaction of gene expression2012

    • 著者名/発表者名
      Kato A, Yanagisawa M, Sato YT, Fuiiwara K, Yoshikawa K
    • 雑誌名

      Scientific Report

      巻: 2 号: 1 ページ: 283-283

    • DOI

      10.1038/srep00283

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ミドルアウトと分子ロボティクスの両アプローチによる人工細胞モデル構築2013

    • 著者名/発表者名
      野村M. 慎一郎, 藤原 慶
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2013-12-03
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 再構成無細胞翻訳系を用いたゲノム型DNA複製システムの発現2013

    • 著者名/発表者名
      藤原 慶, 片山 勉, 野村M. 慎一郎
    • 学会等名
      細胞を創る研究会6.0
    • 発表場所
      鶴岡メタボロームキャンパス
    • 年月日
      2013-11-14
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Generation of artificial cells that mimic living cells2013

    • 著者名/発表者名
      藤原 慶, 西澤 賢治, 柳澤 実穂, 野村M. 慎一郎, 水野 大介
    • 学会等名
      第51回生物物理学会年会・若手
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 年月日
      2013-10-28
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命に近い人工細胞の構築から迫る細胞と無細胞の違い2013

    • 著者名/発表者名
      藤原 慶, 柳澤 実穂
    • 学会等名
      第8回 無細胞生命科学研究会
    • 発表場所
      新潟大学
    • 年月日
      2013-10-21
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Microrheology study of crowding effects on cell mechanics2013

    • 著者名/発表者名
      K. Nishizawa, K. Fujiwara, M. Bremerich, M. Yanagisawa, D. Mizuno
    • 学会等名
      International Soft Matter Conference 2013
    • 発表場所
      Rome, Italy
    • 年月日
      2013-09-18
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌細胞と細胞抽出液の再構成に向けた試み2013

    • 著者名/発表者名
      藤原 慶, 片山 勉, 柳澤 実穂, 野村M. 慎一郎
    • 学会等名
      第10回 21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      ラフォーレ修善寺
    • 年月日
      2013-06-21
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 外部浸透圧による生細胞内と同等の高分子濃度を持つ人工細胞の創成2013

    • 著者名/発表者名
      藤原 慶, 柳澤 実穂
    • 学会等名
      第1回西日本非平衡ミニシンポジウム
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2013-05-31
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内に近い高分子濃度を持つ無添加細胞抽出液の調製とその解析2013

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、柳澤実穂、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2013年度大会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2013-03-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 細胞模写人工細胞の構築と試験管で生まれるゲノム複製マシーナリー2013

    • 著者名/発表者名
      藤原慶
    • 学会等名
      第4回 Yet Another Cells 研究会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2013-03-19
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Chromosome replication machineries of Escherichia coli generated by a reconstituted protein expression system2013

    • 著者名/発表者名
      K. Fujiwara, T. Katayama, S-i. M. Nomura
    • 学会等名
      Synthetic biology meeting 6.0
    • 発表場所
      Imperial College London, UK
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内に近い高分子濃度を持つ無添加細胞抽出液の調製とその解析2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      生物物理学会東北支部会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2012-12-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内に近い高分子濃度を持つ無添加細胞抽出液の調製とその解析2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、柳澤実穂、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      細胞を創る研究会5.0
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2012-11-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 再構成型無細胞翻訳系を用いたゲノム型DNA複製システムの発現2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、片山勉、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      無細胞生命科学研究会
    • 発表場所
      愛媛大学
    • 年月日
      2012-11-18
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] A method to prepare cell extract near intracellular concentration without additional salts and buffers2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 細胞抽出液からの大腸菌再構成への取り組み : 濃縮無添加S30の調製2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      第九回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      長浜ロイヤルホテル
    • 年月日
      2012-06-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 超純水と超音波による簡便なcell-free翻訳溶液調製2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、野村慎一郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2012年度大会
    • 発表場所
      京都女子大
    • 年月日
      2012-03-23
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] YACを見据えた「物質からの細胞再構成に必要な条件の探索」2012

    • 著者名/発表者名
      藤原慶
    • 学会等名
      Yet Another Cell研究会
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2012-01-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 超純水と超音波で調製した無細胞タンパク質合成系2011

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、野村慎一郎
    • 学会等名
      第六回無細胞生命科学研究会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-11-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A bacterial ion-sensing device without electrodes2011

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、青井啓太、野村慎一郎
    • 学会等名
      細胞を創る研究会4.0
    • 発表場所
      北千里ライフサイエンスセンター
    • 年月日
      2011-10-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A bacterial ion-sensing device without electrodes2011

    • 著者名/発表者名
      藤原慶、青井啓太、野村慎一郎
    • 学会等名
      第49回生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大学
    • 年月日
      2011-09-18
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-12-12   更新日: 2024-03-26  

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