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ビタミンB_<12>酵素におけるラジカル触媒と分子シャペロン様因子による再活性化の機構

研究課題

研究課題/領域番号 13480195
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関岡山大学

研究代表者

虎谷 哲夫  岡山大学, 工学部, 教授 (70026318)

研究分担者 山西 守  岡山大学, 工学部, 助手 (30240063)
飛松 孝正  岡山大学, 工学部, 助教授 (30188768)
研究期間 (年度) 2001 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
9,300千円 (直接経費: 9,300千円)
2003年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
2002年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
2001年度: 6,500千円 (直接経費: 6,500千円)
キーワードビタミンB_<12>補酵素 / ラジカル酵素 / 再活性化 / 分子シャペロン / X線構造解析 / 理論計算 / 機構依存的不活性化 / ジオールデヒドラターゼ / 再活性化因子 / エタノールアミンアンモニアリアーゼ / 自殺不活性化 / ビタミンB_<12>
研究概要

1.ビタミンB_<12>酵素におけるラジカル触媒の機構
(1)組換え体グリセロールデヒドラターゼを精製し,その酵素化学的性質を明らかにするとともに、X線構造解析により立体構造を初めて解明した。(2)ジオールデヒドラターゼーアデニニルペンチルコバラミン複合体の結晶に可視光を照射し,アデニン部固定ラジカルの生成を結晶学的に示した。(3)基質フリー型ジオールデヒドラターゼの立体構造を解明した結果、基質はある程度歪みのかかったCo-C結合にさらに歪みを加えてホモリシスの引き金を引いていることが強く示唆された。(4)B_<12>補酵素の下方配位子の塩基を置換したアナログの補酵素活性は塩基部のかさ高さと良く相関しており、また、ヌクレオチド部は中間体ラジカルを安定化することが示唆された。(5)ジオールデヒドラターゼとB_<12>およびR体、S体基質との複合体の構造を解析し、両対掌体が生成物に変換される過程の詳細な立体化学経路を解明した。(6)単純モデルを用いた理論計算により,ジオールデヒドラターゼ反応の各過程の活性化エネルギーが基質の結合エネルギーによってまかなわれる程度の大きさであることを示した。
2.ビタミンB_<12>酵素の分子シャペロン様因子による再活性化の機構
(1)グリセロールデヒドラターゼ遺伝子近傍の2つのORFを再活性化因子遺伝子と同定して大腸菌で高発現させた。精製した産物が機構依存的に不活性化された本酵素を分子シャペロン様の作用機作で再活性化することが明らかとなった。(2)大腸菌エタノールアミンアンモニアリアーゼの再活性化因子の遺伝子を同定した。精製した遺伝子産物はB_<12>補酵素およびATP存在下で確かに酵素を再活性化することを示した。
本研究で得られた成果を中心に、総説をChemical Reviews誌のラジカル酵素学特集号に発表した。化学分野で最も権威のあるこの総説誌に依頼されて執筆する機会を得たことは、本研究が国際的に高い評価を受けていることを示すものである。

報告書

(4件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 2001 実績報告書
  • 研究成果

    (41件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (41件)

  • [文献書誌] Kajiura, H., et al.: "Characterization and Mechanism of Action of a Reactivating Factor for Adenosylcobalamin-dependent Glycerol Dehydratase."J.Biol.Chem.. 276. 36514-36519 (2001)

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  • [文献書誌] Masuda, J., et al.: "Radical Production Simulated by Photoirradiation of the Diol Dehydratase-Adeni nylpenthylcobalamin Complex"J.Synchrotron Rad. 8. 1182-1185 (2001)

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  • [文献書誌] Toraya, T., et al.: "Energetic Feasibility of Hydrogen Abstraction and Recombination in Coenzyme B_<12>-dependent Diol Dehydratase Reaction."J.Biochem.-Tokyo. 130. 865-872 (2001)

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  • [文献書誌] 虎谷哲夫: "ラジカルによって触媒される酵素反応:ビタミンB_<12>酵素の立体構造と精密触媒機構"生化学. 74(2). 87-102 (2002)

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  • [文献書誌] 鏡山博行ら: "補酵素作用のダイナミズム-酵素の機能を支えるアポタンパクの働き-"ビタミン. 76(5・6). 273-282 (2002)

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  • [文献書誌] Toraya, T.: "Enzymatic Radical Catalysis : Coenzyme B12-Dependent Diol Dehydratase."The Chemical Records. 2. 352-366 (2002)

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  • [文献書誌] Fukuoka, M., et al.: "Functions of the D-Ribosyl Moiety and the Lower Axial Ligand of the Nucleotide Loop of Coenzyme B12 in Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-lyase Reactions."J.Biochem.-Tokyo. 132(6). 935-943 (2002)

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  • [文献書誌] Yamanishi, M., et al.: "The crystal structure of coenzyme B12-dependent glycerol dehydratase in complex with cobalamin and 1,2-propanediol."Eur.J.Biochem.. 269. 4484-4494 (2002)

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  • [文献書誌] Shibata, N., et al.: "Substrate-Induced Conformational Change of a Coenzyme B12-Dependent Enzyme : Crystal Structure of the Substrate-Free Form of Diol Dehydratase."Biochemistry. 41(42). 12607-12617 (2002)

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  • [文献書誌] Eda, M., et al.: "Theoretical study on the mechanism of catalysis of coenzyme B12-dependent diol dehydratase."Bull.Chem.Soc.Jap.. 75(7). 1469-1481 (2002)

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  • [文献書誌] Toraya, T.: "Radical Catalysis in Coenzyme B12-Dependent Isomerization (Eliminating) Reactions."Chem.Rev.. 103(6). 2095-2128 (2003)

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  • [文献書誌] 虎谷哲夫: "シンポジウムB群ビタミンはどのように働くか:ビタミンB12酵素の立体構造と精密触媒機構"ビタミン. 77(5・6). 297-312 (2003)

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  • [文献書誌] Shibata, N., et al.: "Structural Rationalization for the Lack of Stereospecificity in Coenzyme B12-dependent Diol Dehydratase."J.Biol.Chem.. 278(25). 22717-22725 (2003)

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  • [文献書誌] Kajiura, H., et al.: "Characterization and Mechanism of Action of a Reactivating Factor for Adenosylcobalamin-dependent Glycerol Dehydratase."J.Biol.Chem.. 276. 36514-36519 (2001)

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  • [文献書誌] Masuda, J., et al.: "Radical Production Simulated by Photoirradiation of the Diol Dehydratase-Adeninylpenthylcobalamin Complex"J.Synchrotron Rad.. 8. 1182-1185 (2001)

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  • [文献書誌] Toraya, T., et al.: "Energetic Feasibility of Hydrogen Abstraction and Recombination in Coenzyme B12-dependent Diol Dehydratase Reaction."J.Biochem.-Tokyo. 130. 865-872 (2001)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toraya, T.: "Radical-catalyzed enzymatic reactions : Structure and mechanism of B12 enzymes"Seikagaku (Japan). 74(2). 87-102 (2002)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kagamiyama, H., et al.: "Dynamic Aspects of Coenzyme Action"Bitamin (Japan). 76(5・6). 273-282 (2002)

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  • [文献書誌] Toraya, T.: "Enzymatic Radical Catalysis : Coenzyme B12-Dependent Diol Dehydratase."The Chemical Records. 2. 352-366 (2002)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukuoka, M., et al.: "Functions of the D-Ribosyl Moiety and the Lower Axial Ligand of the Nucleotide Loop of Coenzyme B12 in Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-lyase Reactions."J.Biochem.-Tokyo. 132(6). 935-943 (2002)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yamanishi, M., et al.: "The crystal structure of coenzyme B12-dependent glycerol dehydratase in complex with cobalamin and 1,2-propanediol."Eur.J.Biochem.. 269. 4484-4494 (2002)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shibata, N., et al.: "Substrate-Induced Conformational Change of a Coenzyme B12-Dependent Enzyme : Crystal Structure of the Substrate-Free Form of Diol Dehydratase."Biochemistry. 41(42). 12607-12617 (2002)

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  • [文献書誌] Eda, M., et al.: "Theoretical study on the mechanism of catalysis of coenzyme B12-dependent diol dehydratase."Bull.Chem.Soc.Jap.. 75(7). 1469-1481 (2002)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toraya, T.: "Radical Catalysis, in Coenzyme B12-Dependent Isomerization (Eliminating) Reactions."Chem.Rev.. 103(6). 2095-2128 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toraya, T.: "Structure-Based Fine Mechanism of Action of a B12 Enzyme"Bitamin (Japan). 77(5・6). 297-312 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shibata, N., et al.: "Structural Rationalization for the Lack of Stereospecificity in Coenzyme B12-dependent Diol Dehydratase."J.Biol.Chem.. 278(25). 22717-22725 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Toraya, T.: "Radical Catalysis in Coenzyme B12-Dependent Isomerization (Eliminating) Reactions."Chem.Rev.. 103(6). 2095-2128 (2003)

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      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 虎谷哲夫: "シンポジウムB群ビタミンはどのように働くか:ビタミンB12酵素の立体構造と精密触媒機構"ビタミン. 77(5・6). 297-312 (2003)

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      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Shibata, N.: "Structural Rationalization for the Lack of Stereospecificity in Coenzyme B12-dependent Diol Dehydratase."J.Biol.Chem.. 278(25). 22717-22725 (2003)

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  • [文献書誌] Eda, M., Kamachi, T., Yoshizawa, K., Toraya, T.: "Theoretical study on the mechanism of catalysis of coenzyme B12-dependent diol dehydratase"Bull. Chem. Soc. Jap.. 75(7). 1469-1481 (2002)

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  • [文献書誌] Deshimaru, S., Miyake, Y., Tatsu, Y., Endo, Y., Yamamoto, N., Toraya, T.et al.: "cDNA Cloning, Expression, and Properties of the Catalytic Domain of Starfish Cdc25 Dual-specificity Phosphatase, a Cell Cycle Regulator"J. Biochem.-Tokyo. 131(5). 705-712 (2002)

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  • [文献書誌] Shibata, N., Masuda, J., Morimoto, Y., Yasuoka, N., Toraya, T.: "Substrate-Induced Conformational Change of a Coenzyme B12-Dependent Enzyme : Crystal Structure of the Substrate-Free Form of Diol Dehydratase"Biochemistry. 41(42). 12607-12617 (2002)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Yamanishi, M., Tobimatsu, T., Dokiya, A., Yasuoka, N., Toraya, T.et al.: "The crystal structure of coenzyme B12-dependent glycerol dehydratase in complex with cobalamin and 1,2-propanediol"Eur. J. Biochem.. 269. 4484-4494 (2002)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Fukuoka, M., Yamanishi, M., Zou, X., Brown, L.K., Toraya, T.et al.: "Functions of the D-Ribosyl Moiety and the Lower Axial Ligand of the Nucleotide Loop of Coenzyme B12 in Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-lyase Reactions"J. Biochem.. 132(6). 935-943 (2002)

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      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Toraya, T.: "Enzymatic Radical Catalysis : Coenzyme B12-Dependent Diol Dehydratase"The Chemical Records. 2. 352-366 (2002)

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  • [文献書誌] Kajiura, H., Mori, K., Tobimatsu, T., Toraya, T: "Characterization and Mechanism of Action of a Reactivating Factor for Adenosylcobalamin-dependent Glycerol Dehydratase"Journal of Biological Chemistry. 276. 36514-36519 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Masuda, J., Shibata, N., Morimoto, Y., Toraya, T., Yasuoka, N: "Radical Production Simulated by Photoirradiation of the Diol Dehydratase-Adeninylpenthylcobalamin Complex"Journal of Synchrotron Radiation. 8. 1182-1185 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] Toraya, T., Eda, M., Kamachi, T., Yoshizawa, K: "Energetic Feasibility of Hydrogen Abstraction and Recombination in Coenzyme B_<12r>dependent Diol Dehydratase Reaction"Journal of Biochemistry. 130. 865-872 (2001)

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      2001 実績報告書
  • [文献書誌] 虎谷哲夫: "ラジカルによって触媒される酵素反応:ビタミンB_<12>酵素の立体構造と精密触媒機構"生化学. 74(2). 87-102 (2002)

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公開日: 2001-04-01   更新日: 2016-04-21  

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