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ミトコンドリア輸入装置と前駆体タンパク質の間のソフトな相互作用に基づく分子認識

研究課題

研究課題/領域番号 15083205
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関九州大学

研究代表者

神田 大輔  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80186618)

研究分担者 前仲 勝実  九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (10322752)
連携研究者 斉藤 貴士  九州大学, デジタルメディシンイニシアティブ, 助教 (00432914)
研究期間 (年度) 2003 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
130,900千円 (直接経費: 130,900千円)
2008年度: 16,000千円 (直接経費: 16,000千円)
2007年度: 16,000千円 (直接経費: 16,000千円)
2006年度: 14,400千円 (直接経費: 14,400千円)
2005年度: 31,700千円 (直接経費: 31,700千円)
2004年度: 16,000千円 (直接経費: 16,000千円)
2003年度: 36,800千円 (直接経費: 36,800千円)
キーワードタンパク質 / ,分子認識 / 細胞内輸送 / ミトコンドリア / プレ配列 / 標的シグナル / Tom20 / リガンド係留技術 / 分子認識 / 分子内ジスルフィド結合 / 複合体安定化技術 / プレ配列受容体 / SS結合 / X線結晶解析 / NMR / 緩和時間解析 / X線結晶構造 / タンパク質輸送 / 構造生物学 / ペプチドライブラリ
研究概要

ミトコンドリア内部へ輸送されるタンパク質はN末端にプレ配列が付加されて生合成される.Tom20タンパク質はミトコンドリア外膜にあって,プレ配列を最初に認識する受容体である.Tom20とプレ配列の複合体を共有結合で安定化する技術を新規に考案して,結晶構造解析とNMR緩和時間解析を行った.複数の結合状態が存在するが,それぞれは認識としては不完全である.この複数の状態の間の速い動的平衡が,Tom20が多様なプレ配列を認識するメカニズムであることを提唱した.

報告書

(7件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2009 2008 2007 2006 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 14件) 学会発表 (26件) 備考 (1件) 文献書誌 (1件)

  • [雑誌論文] Structure-guided identification of a new catalytic motif of oligosaccharyltransferase2008

    • 著者名/発表者名
      Igura M, Maita N, Kamishikiryo J, Yamada M, Obita T, Maenaka K, Kohda D
    • 雑誌名

      EMBO J 27

      ページ: 234-243

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ミトコンドリア行きシグナルを識別するためのソフトな分子認識2008

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 雑誌名

      生化学 第80巻第10号

      ページ: 888-896

    • NAID

      10022594528

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Structure-guided identification of a new catalytic motif of oligosaccharyltransferase2008

    • 著者名/発表者名
      M. Igura, N. Maita, J. Kamishikiryo, M. Yamada, T. Obita, K. Maenaka, D. Kohda
    • 雑誌名

      EMBO J 27

      ページ: 234-243

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biophysical characterization of O-glycosylated CD99 recognition by paired Ig-like type 2 receptors2008

    • 著者名/発表者名
      S. Tabata, K. Kuroki, J. Wang, M. Kajikawa, I. Shiratori, D. Kohda, H. Arase, K. Maenaka
    • 雑誌名

      J Biol Chem 283

      ページ: 8893-8893

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete Covalent Structure of Nisin Q, New Natural Nisin Variant, Containing Post-Translationally Modified Amino Acids2008

    • 著者名/発表者名
      M. Fukao, T. Obita, F. Yoneyama, D. Kohda, T. Zendo, J. Nakayama, K. Sonomoto
    • 雑誌名

      Biosci Biotechnol Biochem 72

      ページ: 1750-1755

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of the 3'-end recognition of a leading strand in stalled replication forks by PriA2007

    • 著者名/発表者名
      Sasaki K, Ose T, Okamoto N, Maenaka K, Tanaka T, Masai H, Saito M, Shirai T, Kohda D
    • 雑誌名

      EMBO J 26

      ページ: 2584-2593

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states2007

    • 著者名/発表者名
      Saitoh T, Igura M, Obita T, Ose T, Kojima R, Maenaka K, Endo T, Kohda D
    • 雑誌名

      EMBO J 26

      ページ: 4777-4787

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] New oligosaccharyltransferase assay method2007

    • 著者名/発表者名
      Kohda D, Yamada M, Igura M, Kamishikiryo J, Maenaka K
    • 雑誌名

      Glycobiology 17

      ページ: 1175-1182

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification,crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the soluble domain of the oligosaccharyltransferase STT3 subunit from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus2007

    • 著者名/発表者名
      Igura M, Maita N, Obita T, Kamishikiryo J, Maenaka K, Kohda D
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 63

      ページ: 798-801

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of the 3'-end recognition of a leading strand in stalled replication forks by PriA2007

    • 著者名/発表者名
      K., Sasaki, et. al.
    • 雑誌名

      EMBO Journal 26

      ページ: 2584-2593

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] New oligosaccharyltransferase assay method2007

    • 著者名/発表者名
      D., Kohda, et. al.
    • 雑誌名

      Glycobiology 17

      ページ: 1175-1182

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states2007

    • 著者名/発表者名
      T., Saitoh, et. al.
    • 雑誌名

      EMBO Journal 26

      ページ: 4777-4787

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the N-terminal domain of PriA from Escherichia coli2006

    • 著者名/発表者名
      Sasaki K, Ose T, Tanaka T, Mizukoshi T, Ishigaki T, Maenaka K, Masai H, Kohda D
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta 1764

      ページ: 157-160

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the N-terminal domain of PriA from Escherica is coli.2006

    • 著者名/発表者名
      K.Sasaki, T.Ose, T.Tanaka, T.Mizukoshi, T.Ishigaki, K.Maenaka, H.Masai, D.Kohda
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Acta 1764

      ページ: 157-160

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of mitochondrial presequence receptor Tom20 in complexes with a presequence from aldehyde dehydrogenase2005

    • 著者名/発表者名
      Igura M, Ose T, Obita T, Sato C, Maenaka K, Endo T, Kohda D
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 61

      ページ: 514-517

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray analysis of mitochondrial presequence receptor Tom20 in complexes with a presequence from aldehyde dehydrogenase2005

    • 著者名/発表者名
      M.Igura, T.Ose, T.Obita, C.Sato, K.Maenaka, T.Endo, D.Kohda
    • 雑誌名

      Acta Crystography F61

      ページ: 514-517

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Peptide library approach with a disulfide tether to refine the Tom20 recognition motif in mitochondrial presequences2003

    • 著者名/発表者名
      Obita, T, Muto, T, Endo, T, Kohda, D
    • 雑誌名

      J Mol Biol 328

      ページ: 495-504

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states2009

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      (invited, oral) 蛋白質立体構造解析NEDO 特別講座 国際シンポジウム2009
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-01-26
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states2009

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      蛋白質立体構造解析NEDO特別講座国際シンポジウム2009
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-01-26
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states - Complex stabilization with a molecular tether - (invited,oral)2009

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      International Symposium on Molecular Soft Interactions in Biological Systems Organized by The Priority Area ゛Membrane Interface゛
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states2009

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      International Symposium on Molecular Soft Interactions in Biological Systems
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 「複数の結合様式を介したミトコンドリアTom20によるプレ配列の認識機構」(口頭発,若手奨励賞シンポジウム)2008

    • 著者名/発表者名
      斉藤貴士
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-06-11
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Relaxation analysis of the Tom20-bound states of a mitochondrial presequence2008

    • 著者名/発表者名
      Takashi Saitoh
    • 学会等名
      International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems (XXIII ICMRBS)
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Structure-guided identification of a new catalytic motif of oligosaccharyltransferase2008

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      Fukuoka Symposium on Molecular Soft Interactions at Biomembrane Interface
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 「アスパラギン結合型糖鎖修飾を決定するオリゴ糖転移酵素の構造生化学」(シンポジウム口演)2007

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      第27回日本糖質学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2007-08-02
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ミトコンドリアTom20によるプレ配列の動的認識機構:緩和解析からのアプローチ(ワークショップにおける口頭発表)2007

    • 著者名/発表者名
      齋藤 貴士
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      2007-05-26
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Asn結合型糖鎖修飾を決定するオリゴ糖転移酵素の構造生物学研究(ワークショップ口演)2007

    • 著者名/発表者名
      井倉真由美
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ミトコンドリアTom20によるプレ配列の動的認識機構:緩和解析からのアプローチ(ワークショップ口演)2007

    • 著者名/発表者名
      齊藤貴士
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Relaxation study reveals a dual-mode interaction mechanism for mitochondrial presequence recognition by Tom202007

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      (invited, oral)International Workshop on Perspectives on stable isotope aided NMR methods for protein structural analysis
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Recognize not to discriminate : mechanism of nonselective base recognition of 3'-terminus of DNA by PriA protein2006

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      (invited, oral)The 2nd Sapporo Conference 2006 ; New Trend in Structural Biology
    • 発表場所
      Sapporo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Dynamic recognition of mitochondrial presequences by Tom202006

    • 著者名/発表者名
      Takashi Saitoh
    • 学会等名
      The 2nd Sapporo Conference 2006; New Trend in Structural Biology
    • 発表場所
      Sapporo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Tom20 receptor recognizes the mitochondrial presequence through dynamic equilibrium2006

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Igura
    • 学会等名
      20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
    • 発表場所
      Kyoto
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 「ゆるい相互作用をX線結晶解析とNMRで見る」(ワークショップ口演)2006

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      第6回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] <ゆるい>相互作用に対する構造生物学アプローチ2005

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      よこはまNMR構造生物学研究会第27回ワークショップ「細胞シグナリングの構造生物学」
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2005-09-21
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystal structures conformationally locked with a disulfide tether suggest a dual-mode interaction mechanism for mitochondrial presequence recognition by Tom202005

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Obita
    • 学会等名
      International Symposium on Life of Proteins
    • 発表場所
      Hyogo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Cracking of the targeting signal embedded in mitochondrial presequences2005

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      (invited, oral)XX Congress of the International Union of Crystallography Florence
    • 発表場所
      Italy
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Cracking of the targeting signal embedded in mitochondrial presequences2005

    • 著者名/発表者名
      Mayumi Igura
    • 学会等名
      XX Congress of the International Union of Crystallography Florence
    • 発表場所
      Italy
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ミトコンドリアへの標的シグナルを構造の観点から解読する2004

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      第26回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2004-11-25
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ミトコンドリアへの標的シグナルを構造の観点から解読する2004

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      2004蛋白研セミナー「生体系NMRにおける技術革新」
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2004-11-19
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Disulfide bond tethering approach for the study of molecular interactions2004

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      特定領域研究「膜インタフェイス」第2回公開シンポジウムMolecular Soft Interactions at Biomembrane Interface
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2004-08-04
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] "Structural basis of the decoding of the mitochondrial targeting signals by Tom202004

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Obita
    • 学会等名
      The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science
    • 発表場所
      Yokohama
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Cracking of the targeting signal embedded in mitochondrial presequences by NMR and crystallography2004

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      (invited, oral)UK-Japan Structural Genomics Conference UK/Japan Symposium
    • 発表場所
      Oxford UK
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Cracking of the targeting signal embedded in mitochondrial presequences by NMR and crystallography2004

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      (invited, oral)CREST internationalsymposium, Frontier of Biological NMR Spectroscopy
    • 発表場所
      OSAKA
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/vsb/index.html

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [文献書誌] Obita, T.et al.: "Peptide library approach with a disulfide tether to refine the Tom20 recognition motif in mitochondrial presequences"Journal of molecular biology. 328. 495-504 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

URL: 

公開日: 2003-04-01   更新日: 2018-03-28  

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