ヒト染色体間の相互作用情報の抽出と染色体の核内配置との関連性に関する研究

• 研究課題/領域番号: 18710159
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 小柳 香奈子 北海道大学, 大学院情報科学研究科, 准教授 (20362840)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 4,657千円 (直接経費: 4,447千円、間接経費: 210千円); 2008年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2007年度: 1,747千円 (直接経費: 1,747千円); 2006年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
• キーワード: 遺伝子 / ゲノム / 進化 / 染色体 / 核内配置

研究概要

本研究の目的は、ヒトゲノム情報解析から染色体間の相互作用を示す情報を抽出し、核内における染色体の核内配置との関連性を検証することである。本研究では、染色体間の相互作用を示す情報として、ヒトゲノム中にみられるプロセス型偽遺伝子とゲノム内重複領域の染色体分布を解析し、染色体間の偏りを検出した。またこの研究の過程において、種特異的な重複領域を高精度に同定する目的で、分子進化解析に基づくゲノム直系領域の同定方法を開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Highly diversified molecular evolution of downstream transcription start sites in rice and Arabidopsis (2009)
  • 著者名/発表者名: Tanaka T, Koyanagi KO, Itoh T.
  • 雑誌名: Plant Physiol 149(3) ページ: 1316-24
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evola : Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees (2008)
  • 著者名/発表者名: Matsuya A, Sakate R, Kawahara Y, Koyanagi KO, Sato Y, Fujii Y, Yamasaki C, Habara T, Nakaoka H, Todokoro F, Yamaguchi K, Endo T, Oota S, Makalowski W, Ikeo K, Suzuki Y, Hanada K, Hashimoto K, Hirai M, Iwama H, Saitou N, Hiraki AT, Jin L, Kaneko Y, Kanno M, Murakami K, Noda AO, Saichi N, Sanbonmatsu R, Suzuki M, Takeda J, Tanaka M, Gojobori T, Imanishi T, Itoh T
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki C et al. (12番目、他137名)
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Frequent emergence and functional resurrection of processed pseudogenes in the human and mouse genomes (2007)
  • 著者名/発表者名: Sakai H, Koyanagi KO, Imanishi T, Itoh T, Gojobori T
  • 雑誌名: Gene 389(2) ページ: 196-203
  • 査読あり