| 研究課題/領域番号 |
24500366
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
神沼 英里 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助教 (90314559)
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| 連携研究者 |
長崎 英樹 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任研究員 (70624451)
望月 孝子 情報・システム研究機構, 新領域融合研究センター, 特任研究員 (40709284)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2014年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
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| キーワード | SNP / 次世代シークエンサ / Sequence Read Archive / 多様性指標 / データベース / 解析ワークフロー / 一塩基多型 / WGS / DNA多型 / 遺伝的多様性 / ゲノム多様性 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、新型シークエンサのアーカイブ配列データベースSequence Read Archiveを用いて、植物系統の一塩基多型を統一基準で統合解析し、DNAPod(http://tga.nig.ac.jp/dnapod/)に統合SNPデータベースを、DDBJ Pipeline(http://p.ddbj.nig.ac.jp/)の一機能として解析ワークフローを構築した。統合SNPデータは、形質マッピング等のゲノム育種研究や集団多様性研究の基盤資源になる。形質マッピングの遺伝マーカとして統合SNPデータを利用する事が可能になり、集団毎に多様性指標解析も行うことが出来る。
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