Technical development for novel Single-cell RNA-seq

• Project/Area Number: 24651218
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Genome biology
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: SASAGAWA Yohei 独立行政法人理化学研究所, 情報基盤センター, 上級センター研究員 (10404344)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2014-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2013: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2012: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
• Keywords: バイオテクノロジー / 単一細胞 / トランスクリプトーム / 1細胞 / 単細胞 / 1細胞RNA-Seq / 次世代シーケンサー

Research Abstract

Single-cell RNA-seq is powerful tool to detect gene expression heterogeneity in various developmental processes. Ideal single-cell RNA-seq represents high-throughput performance with high-quantitative performance. In this program, I assessed and developed high-throughput single-cell RNA-seq method based on Quartz-Seq.

Research Products

• [Journal Article] Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads (2018)
  • Author(s): Sasagawa Yohei、Danno Hiroki、Takada Hitomi、Ebisawa Masashi、Tanaka Kaori、Hayashi Tetsutaro、Kurisaki Akira、Nikaido Itoshi
  • Journal Title: Genome Biology Volume: 19 Issue: 1 Pages: 1-24
  • DOI: 10.1186/s13059-018-1407-3
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs (2018)
  • Author(s): Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohel Sasaqawa, Mana Umeda, Hiroki Danno and ltoshi Nikaido
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 9 : 619 Issue: 1 Pages: 1-16
  • DOI: 10.1038/s41467-018-02866-0
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 1細胞RNA-seq をはじめるにあたって (2014)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: "よくわかる次世代シーケンサー解析"〜最先端トランスクリプトーム解析〜
  • Place of Presentation: 九州大学馬出キャンパス
  • Year and Date: 2014-03-17
• [Presentation] 1細胞RNA-Seqをはじめるにあたって (2014)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: “よくわかる次世代シーケンサー解析”～最先端トランスクリプトーム解析～
  • Place of Presentation: 九州大学
  • Invited
• [Presentation] 細胞の不均一性を高精度に判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介 (2013)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: 日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会第41回研究会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2013-11-08
• [Presentation] 細胞集団の不均一性を判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介 (2013)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: 東京大学GCOEゲノム情報ビックバンから読み解く生命圏第44回GCOE談話会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2013-11-08
• [Presentation] 1細胞Quartz-Seq法誕生までの開発の道のりと今後の展開 (2013)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: NGS現場の会第3回研究会
  • Place of Presentation: 神戸市
  • Year and Date: 2013-09-04
• [Presentation] 0.1 pgのmRNAをシーケンスする高精度なRNA-seq法 : Quartz-Seq (2013)
  • Author(s): 二階堂愛、笹川洋平
  • Organizer: イルミナウェビナー
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2013-06-04
• [Presentation] 1細胞Quartz-Seq法誕生までの開発の道のりと今後の展開 (2013)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: NGS現場の会 第3回研究会
  • Place of Presentation: 神戸市
  • Invited
• [Presentation] 細胞集団の不均一性を判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介 (2013)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: 東京大学GCOEゲノム情報ビックバンから読み解く生命圏第44回GCOE談話会
  • Place of Presentation: 東京大学
  • Invited
• [Presentation] 細胞の不均一性を高精度に判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介 (2013)
  • Author(s): 笹川洋平
  • Organizer: 日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会第41回研究会
  • Place of Presentation: 東京都
  • Invited
• [Book] 1細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開(実験医学Vol.31 No.15) (2013)
  • Author(s): 笹川洋平、二階堂愛, 上田泰己
  • Total Pages: 7
  • Publisher: 株式会社羊土社
• [Book] 1細胞RNA-seq法の最前線と今後の展開（実験医学） (2013)
  • Author(s): 笹川洋平、二階堂愛、上田泰己
  • Total Pages: 7
  • Publisher: 株式会社羊土社
• [Remarks]
  • URL: http://bit.accc.riken.jp/protocols/
• [Remarks] Bioinformatics Research Unit
  • URL: http://bit.accc.riken.jp/