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体細胞エピゲノム情報の系統解析による哺乳類の細胞系譜および細胞分化過程の推定

研究課題

研究課題/領域番号 25440186
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 進化生物学
研究機関北海道大学

研究代表者

小柳 香奈子  北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (20362840)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2013年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード系統解析 / 細胞分化 / エピジェネティクス / DNAメチル化 / 細胞系譜 / 祖先復元 / 遺伝子発現 / 血球系細胞 / 造血幹細胞
研究成果の概要

受精卵が遺伝子の発現状態を変化させながら、細胞分裂・分化・移動・死を通して、どのようにして多種類の細胞からなる一個体が形成されるのかを理解することは、生物学の大きな目標の一つである。本研究では、体細胞エピゲノム情報の系統解析からin silicoで細胞系譜を構築し、さらに細胞系譜の祖先節の形質状態、すなわち発生過程の細胞のエピゲノム状態を推定することで、この問題の解決を試みた。その結果、マウス血球系細胞のゲノムワイドなDNAメチル化情報の系統解析により、既知の細胞系譜や分化途中の細胞のDNAメチル化状態の推定が可能なことが示された。さらにヒト成体の各種細胞への応用を試みた。

報告書

(5件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2017 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Inferring Cell Differentiation Processes Based on Phylogenetic Analysis of Genome-Wide Epigenetic Information: Hematopoiesis as a Model Case2015

    • 著者名/発表者名
      Kanako O. Koyanagi
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 7 号: 3 ページ: 699-705

    • DOI

      10.1093/gbe/evv024

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書 2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information2017

    • 著者名/発表者名
      Kanako O. Koyanagi
    • 学会等名
      CDB symposium 2017
    • 発表場所
      理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(神戸市)
    • 年月日
      2017-03-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information2015

    • 著者名/発表者名
      Kanako O. Koyanagi
    • 学会等名
      THE 40th NAITO CONFERENCE on Epigenetics―From Histone Code to Therapeutic Strategy
    • 発表場所
      CHATERAISE Gateaux Kingdom, Sapporo, Japan
    • 年月日
      2015-09-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inferring cell differentiation processes based on the phylogenetic analysis of genome-wide DNA methylation data: Hematopoiesis as a model case2015

    • 著者名/発表者名
      Kanako O. Koyanagi
    • 学会等名
      Keystone Symposia Conference
    • 発表場所
      Keystone Resort, Keystone, Colorado, USA
    • 年月日
      2015-03-31
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] エピジェネティック情報の最尤推定による細胞分化過程の推定 ーマウス血球系細胞をモデルとして2014

    • 著者名/発表者名
      小柳香奈子
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 発表場所
      大阪府高槻市
    • 年月日
      2014-08-22
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] エピジェネティック情報の系統解析による細胞分化過程の推定 ーマウス血球系細胞をモデルとして2013

    • 著者名/発表者名
      小柳香奈子
    • 学会等名
      進化学会
    • 発表場所
      つくば大学(つくば市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] エピジェネティック情報の系統解析による細胞分化過程の推定 ーマウス血球系細胞をモデルとして2013

    • 著者名/発表者名
      小柳香奈子
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      神戸国際展示場(神戸市)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

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