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微小反応場を利用した難培養微生物のシングルセルゲノム増幅法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26820365
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関早稲田大学

研究代表者

細川 正人  早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, 助教 (60722981)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2014年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードシングルセル / 全ゲノム増幅 / マイクロ流体デバイス / 1細胞解析 / 1細胞解析
研究成果の概要

本研究では、シングルセルゲノミクスの高精度化・ハイスループット化に向け、コンタミネーションと増幅バイアスの最小化を実現した全ゲノム増幅法を開発することを目的とした。微生物シングルセルまたはそのDNAをピコリットル容量の微小液滴内に網羅的に封入し、全ゲノム増幅反応を行うことで、増幅精度を大幅に改善することに成功した。本手法は難培養微生物の網羅的なゲノム解析に向けて、解析精度の向上と解析コストの削減に有効なツールとなり得る。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Picoliter Droplets for Low-Bias and Contamination-Free Reactions in Single-Cell Whole Genome Amplification.2015

    • 著者名/発表者名
      Nishikawa Y, Hosokawa M, Maruyama T, Yamagishi K, Mori T, Takeyama H.
    • 雑誌名

      PLOS ONE.

      巻: 10(9) 号: 9 ページ: e0138733-e0138733

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0138733

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Droplet-Based Microfluidics for High-Throughput Screening of a Metagenomic Library for Isolation of Microbial Enzymes2014

    • 著者名/発表者名
      M. Hosokawa, Y. Hoshino, Y. Nishikawa, T. Hirose, D.H. Yoon, T. Mori, T. Sekiguchi, S. Shoji, H. Takeyama
    • 雑誌名

      Biosensors and Bioelectronics

      巻: なし ページ: 379-385

    • DOI

      10.1016/j.bios.2014.08.059

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Droplet microfluidics for massively parallel and accurate single-cell genome amplification2016

    • 著者名/発表者名
      Masahito Hosokawa, Nishikawa Yohei, Masato Kogawa, Haruko Takeyama
    • 学会等名
      日本化学会第96春季年会
    • 発表場所
      京都府・京田辺市・同志社大学
    • 年月日
      2016-03-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] シングルセル解析で拓く環境微生物の遺伝子資源の利活用2016

    • 著者名/発表者名
      細川正人
    • 学会等名
      発酵と代謝研究会
    • 発表場所
      東京都・文京区・東京大学
    • 年月日
      2016-02-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Droplet-based cell manipulation for analyzing environmental microbes at single-cell resolution2015

    • 著者名/発表者名
      Masahito Hosokawa, Nishikawa Yohei, Haruko Takeyama
    • 学会等名
      Pacifichem2015
    • 発表場所
      Sheraton Waikiki Hotel, Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-18
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 微小液滴を用いた単一細胞のハイスループットな全ゲノム増幅法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      細川正人、西川洋平、小川雅人、竹山春子
    • 学会等名
      第67回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      鹿児島県・鹿児島市・城山観光ホテル
    • 年月日
      2015-10-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 微小液滴によるシングルセルの超並列ゲノム増幅2015

    • 著者名/発表者名
      細川正人、西川洋平、小川雅人、竹山春子
    • 学会等名
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      熊本県・熊本市・熊本大学
    • 年月日
      2015-09-10
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 単一細胞ゲノム解析に向けた Droplet-based multiple displacement amplification 法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      西川洋平、細川正人、竹山春子
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学薬学部キャンパス(千葉県)
    • 年月日
      2015-03-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] マイクロ流体デバイスを用いた単一細胞解析に向けたMultiple displacement amplification (MDA)法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      西川洋平、細川正人、竹山春子
    • 学会等名
      第3回日本生物工学会東日本支部コロキウム
    • 発表場所
      東京工業大学すずかけホール
    • 年月日
      2015-03-04
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Droplet-based microfluidics for high-throughput screening of a metagenomic library2014

    • 著者名/発表者名
      Masahito Hosokawa, Yuri Hoshino, Yohei Nishikawa, Tomotada Hirose, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Mori, Tetsushi Sekiguchi, Shuichi Shoji, Haruko Takeyama
    • 学会等名
      EMNT2014
    • 発表場所
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県)
    • 年月日
      2014-11-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Droplet-based multiple displacement amplification method for single-cell genomics using microfluidic device2014

    • 著者名/発表者名
      Nishikawa Yohei, Masahito Hosokawa, Haruko Takeyama
    • 学会等名
      EMNT2014
    • 発表場所
      沖縄コンベンションセンター(沖縄県)
    • 年月日
      2014-11-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] シングルセルゲノミクスに向けたDroplet-based Multiple Displacement Amplification法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      Yohei Nishikawa, Masahito Hosokawa, Haruko Takeyama
    • 学会等名
      第4回CSJ化学フェスタ2014
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都)
    • 年月日
      2014-10-15
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Droplet-based microfluidics for single-cell analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Masahito Hosokawa, Yohei Nishikawa, Haruko Takeyama
    • 学会等名
      The 8th International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • 発表場所
      ナイロビ
    • 年月日
      2014-09-10
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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