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次世代シーケンサーを用いたスキンマイクロバイオームの解析と新規治療法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 26860902
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 皮膚科学
研究機関岡山大学 (2015-2016)
近畿大学 (2014)

研究代表者

冨田 秀太  岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 准教授 (10372111)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2014年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード細菌叢 / NGS / 皮膚 / ニキビ / 比較ゲノム / 次世代シーケンサー / メタゲノム解析 / 比較ゲノム解析 / パンゲノム解析 / マイクロバイオーム / 次世代シークエンサー / アクネ菌 / プロバイオティクス / 共生細菌叢
研究成果の概要

NGSを用いた高解像度メタゲノム解析手法に関する検討を行い、高い再現性をもって細菌叢解析を行う一連の解析フローを構築する事に成功した。また、ファージ接種に対し広く耐性を示すアクネ菌亜種の高精度ドラフトゲノム配列解析の結果から、耐性メカニズムの獲得に寄与すると考えられる特徴的な遺伝子配列を見出すことに成功した。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Comparative genome analyses of Mycobacterium avium reveal genomic features of its subspecies and strains that cause progression of pulmonary disease.2017

    • 著者名/発表者名
      Uchiya KI, Tomida S, Nakagawa T, Asahi S, Nikai T, Ogawa K.
    • 雑誌名

      Sci Rep.

      巻: 7 号: 1 ページ: 39750-39750

    • DOI

      10.1038/srep39750

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Probiotic Lactobacillus acidophilus Strain L-55 Isolated from a Healthy Human Gut.2016

    • 著者名/発表者名
      Fujii Y, Toh H, Matsubara T, Tomida S, Nguyen CT, Mimura I, Nakamura S, Morita H.
    • 雑誌名

      Genome Announc.

      巻: 4 号: 6

    • DOI

      10.1128/genomea.01357-16

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epidermolysis bullosa simplex with mottled pigmentation with noncicatricial alopecia: identification of a recurrent p.P25L mutation in KRT5 in four affected family members.2016

    • 著者名/発表者名
      Nagai H, Oiso N, Tomida S, Sakai K, Fujiwara S, Nakamachi Y, Kawano S, Kawada A, Nishio K, Nishigori C.
    • 雑誌名

      Br J Dermatol.

      巻: 174 号: 3 ページ: 633-635

    • DOI

      10.1111/bjd.14083

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The diversity and host interactions of Propionibacterium acnes bacteriophages on human skin2015

    • 著者名/発表者名
      Jared Liu, Riceley Yan, Qiao Zhong, Sam Ngo, Nathanael J Bangayan, Lin Nguyen, Timothy Lui, Minghsun Liu, Marie C Erfe, Noah Craft, Shuta Tomida and Huiying Li
    • 雑誌名

      ISME J (advance online publication)

      巻: 9 号: 9 ページ: 2078-2093

    • DOI

      10.1038/ismej.2015.47

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書 2014 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 皮膚マイクロバイオーム解析2016

    • 著者名/発表者名
      冨田秀太
    • 学会等名
      日本皮膚科学会総会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2016-06-04
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書 2015 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2020-01-20  

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