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検索結果: 5件 / 研究者番号: 00448028
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1.
Machine Learning of Disease Biomarkers from B and T cell Receptor Repertoires
研究課題
研究種目
基盤研究(B)
審査区分
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関
大阪大学
研究代表者
Standley Daron
大阪大学, 微生物病研究所, 教授
研究期間 (年度)
2024-02-28 – 2026-03-31
採択
2.
Machine Learning of Disease Biomarkers from B and T cell Receptor Repertoires
研究課題
研究種目
基盤研究(B)
審査区分
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関
大阪大学
研究代表者
Standley Daron
大阪大学, 微生物病研究所, 教授
研究期間 (年度)
2023-04-01 – 2026-03-31
交付
キーワード
adaptive immune receptor
/
repertoire
/
machine learning
/
diagnosis
研究開始時の研究の概要
BCR and TCR repertoires are powerful disease biomarkers. We recently constructed a BCR/TCR database covering various disease groups, along with tools
...
3.
Identification of epitopes targeted by TCR-MHC pairs
研究課題
研究種目
基盤研究(B)
審査区分
小区分43060:システムゲノム科学関連
研究機関
大阪大学
研究代表者
Standley Daron
大阪大学, 微生物病研究所, 教授
研究期間 (年度)
2018-04-01 – 2021-03-31
完了
キーワード
Immunology
/
Protein Structure
/
Protein Function
/
Disease
/
Machine Learning
/
Single cell sequencing
/
SARS-CoV-2
/
CAR T cell
/
Adaptive immunity
/
T cell
/
epitope
/
machine learning;
/
structural modeling
/
adaptive immunity
/
machine-learning
/
single cell sequencing
/
COVID-19
/
docking
/
T cell;
/
machine learning
/
immunity
/
T cell receptor epitope
/
Biomolecular structure
/
Machine learning
研究成果の概要
ハイスループット構造モデリング(Repertoire Builder)、クラスタリング(InterClone)、TCR-ペプチド-MHC複合体モデリング(ImmuneScape)用のツールを開発した。これらのツールは、より低スループットなツールや、この目的のための唯一の既存のツール(Repertoi
...
この課題の研究成果物
国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (21件 うち国際共著 13件、査読あり 19件、オープンアクセス 13件) 学会発表 (3件 うち国際学会 2件、招待講演 2件) 図書 (1件)
4.
自然免疫蛋白質の機能アノテーション
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
研究分野
生物物理学
研究機関
大阪大学
研究代表者
スタンドレー ダーロン
(STANDLEY Daron / DARON Standley)
大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授
研究期間 (年度)
2009 – 2011
完了
キーワード
Protein structure
/
protein function
/
threading
/
alignment
/
多重配列アライメント
/
スレッディング
/
構造モデリング
/
タンパク質の構造予想
/
タンパク質の機能予想
/
ウェブサーバー
/
位置特異的スコアリングマトリクス
/
ホモロジー
/
タンパク質の構造予測
/
タンパク質の機能予測
/
ウェブサーバ
/
アライメント
/
アルゴリズム
/
タンパク質構造モデリング
/
免疫反応
/
RNase
/
二重特異性キナーゼ
/
STAT3
研究概要
抄録なし
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (38件 うち査読あり 20件) 学会発表 (10件) 備考 (7件)
5.
水の媒介するATPゲートキーパーのシュミレーション
公募研究
研究種目
新学術領域研究(研究領域提案型)
審査区分
複合領域
研究機関
大阪大学
研究代表者
STANDLEY Daron
大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授
研究期間 (年度)
2009 – 2010
完了
キーワード
ATP
/
基質特異性
/
双極子モーメント
/
GTP
/
サクシニルCoAシンテターゼ
/
加水分解
/
分子動力学
/
分子ドッキング
/
タンパク質-ヌクレオチド相互作用
/
タンパク工学
/
溶媒和
/
双極子フィールド
/
酵素反応速度論
研究概要
酵素と基質の分子認識を説明するFischerの「鍵と鍵穴」モデルは、1世紀以上にわたりほとんど変更なく、Koshlandの「誘導適合」の概念が後に加わっただけである。本研究では「静電気ゲートキーパー」を確認している。それによって基質特異性の制御が追加される。ATP特異的サクシニルCoAシンテターゼ(
...
研究領域
水を主役としたATPエネルギー変換
この課題の研究成果物
雑誌論文 (8件 うち査読あり 8件) 学会発表 (3件) 備考 (1件)