KAKEN — 研究課題をさがす | 研究者番号: 10362576

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1. 難解析性タンパク質を標的とした創薬基盤技術の開発研究

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	創薬化学
研究機関	京都大学
研究代表者	藤井信孝京都大学, 薬学研究科, 名誉教授
研究期間 (年度)	2015-04-01 – 2018-03-31完了
キーワード	ペプチド / 複素環 / GPCR / ケモカイン / 創薬テンプレート / 合理的分子設計 / キナーゼ / 環状ペプチド
研究成果の概要	環状ペンタペプチド構造からなるCXCR7受容体リガンドの構造活性相関研究を展開し、生物活性に必要なアミノ酸残基を同定するとともに、複数の高活性かつ選択的なリガンドを見出した。分子モデリングによる相互作用解析を行い、受容体結合に寄与する複数の相互作用を明らかにした。また、創薬研究を加速する複素環骨格構 ...

この課題の研究成果物	国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (15件うち国際共著 2件、査読あり 15件、オープンアクセス 3件、謝辞記載あり 3件) 学会発表 (37件うち国際学会 8件、招待講演 5件) 備考 (1件)

2. 分子シミュレーションによる高活性リガンド探索法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	創薬化学
研究機関	近畿大学
研究代表者	仲西功近畿大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2010 – 2012完了
キーワード	生物活性物質 / 計算化学 / 熱力学積分法 / 水和エネルギー / 結合自由エネルギー / CK2 / 自由エネルギー摂動法
研究概要	Free energy perturbation (FEP)法・Thermodynamic integration (TI)法を用い、既知リガンドの極微小な構造変化による高活性リガンドを探索する手法の検討を行なった。種々の条件検討を行ないながら本法をタンパク質-リガンド複合体系に適用した結果、Pro ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (18件うち査読あり 18件) 学会発表 (19件)

3. 生体高分子のためのマルチレベル統合フラグメント分子軌道法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	物理化学
研究機関	京都大学
研究代表者	北浦和夫京都大学, 薬学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2008 – 2010完了
キーワード	生体高分子 / 電子状態計算法 / フラグメント分子軌道法 / 量子・古典融合法 / 溶媒の連続誘電体モデル / 電子状態計算 / FMO法 / 分子シミュレーション
研究概要	フラグメント分子軌道(FMO)法と有効フラグメントポテンシャル(EFP)法や古典力場(MM)との融合法、さらに溶媒の連続誘電体モデル(PCM)とを融合したマルチレベル統合FMO 法を開発した。この方法により、水溶液中のタンパク質やタンパク質-リガンド複合体の高速な計算が可能になり、生体高分子のシミュ ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (9件うち査読あり 9件) 学会発表 (5件) 図書 (3件) 備考 (1件)

4. SBDDにおける薬物候補分子の活性(蛋白質結合親和力)予測法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	創薬化学
研究機関	近畿大学 (2008) 京都大学 (2006-2007)
研究代表者	仲西功近畿大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2006 – 2008完了
キーワード	医薬分子設計 / フラグメント分子軌道法 / 結合エネルギー / 溶媒和エネルギー / 構造最適化 / FKBP / HIV-1プロテアーゼ / タンパク質 / SBDD / 溶媒和カネルギー / HIV-1
研究概要	フラグメント分子軌道(FMO)法による相互作用エネルギーを用いた薬物活性予測法の開発を行った。水和エネルギーにPCM法用いたFMO/PCM法は、パラメータを用いないab initioな活性(結合自由エネルギー)予測法にもかかわらず、実験値のオーダーの再現性には非常に優れていた。今後、分子運動やエント ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (32件うち査読あり 26件) 学会発表 (23件)