KAKEN — 研究課題をさがす | 研究者番号: 20050619

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検索結果: 10件 / 研究者番号: 20050619

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1. 天然由来抗感染症活性を有する新規化合物を用いたケミカルバイオロジー研究

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	生物分子科学
研究機関	北里大学
研究代表者	供田洋北里大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2009 – 2011完了
キーワード	感染症 / 天然物 / ケミカルバイオロジー / 標的分子 / 結合タンパク質 / ケミカルバイォロジー
研究概要	ケミカルバイオロジ-のアプローチから3種の微生物由来の抗感染症剤の作用機序について研究した。Cyslabdan(MRSAに対するss-ラクタム薬イミペネム活性増強剤)についてMRSA抽出タンパク質を材料に研究し、その結合タンパク質として細胞壁ペプチドグリカンの生合成に関わるSAR1388を同定した。 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (22件うち査読あり 20件) 学会発表 (37件) 産業財産権 (5件)

2. 細菌プロテアーゼ抑制を基盤としたグラム陽性菌敗血症治療法の開発に関する研究

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	実験病理学
研究機関	熊本大学
研究代表者	今村隆寿熊本大学, 大学院・医学薬学研究部, 准教授
研究期間 (年度)	2006 – 2008完了
キーワード	黄色ブドウ球菌 / プロテアーゼ / 阻害剤 / 血管漏出 / 敗血性ショック / システインプロテアーゼ / 敗血症 / 治療 / ショック / 凝固 / 線溶 / 欠損株
研究概要	黄色ブドウ球菌放出病原プロテアーゼstaphopain A とBの立体構造に基づいて活性中心部の鍵穴に当てはまる化学物質を30万種類程度の試薬リストからコンピュータを使ってドッキング計算より選出し、阻害効果を調べた。Staphopain BについてはKi値が数10μM程度の阻害物質しか得られなかった ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (26件うち査読あり 20件) 学会発表 (39件) 図書 (2件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件)

3. 実験動物ラット・マウス遺伝子の単体・複合体タンパク質立体構造モデルデータベースの構築

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	応用ゲノム科学
研究機関	北里大学
研究代表者	梅山秀明北里大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2006 – 2007完了
キーワード	タンパク質 / データベース / ラット / マウス / FAMS / CASP / CAPRI / Complex / Structure Prediction / Interaction / Critical Assessment / Protein
研究概要	タンパク質の機能を推定するためには、その立体構造情報は必要不可欠である。特にヒトの医薬品の創製のために重要であると考えられる、実験動物であるラット・マウスを対象とし、そのゲノムにコードされた全タンパク質を対象にしたタンパク質立体構造の高精度モデルデータベースの構築を行った。 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (19件うち査読あり 9件) 学会発表 (6件) 備考 (2件)

4. ホモロジーモデリングによるゲノム規模の蛋白質構造データベースの構築と機能推定

研究課題

研究種目	特定領域研究
審査区分	生物系
研究機関	北里大学
研究代表者	梅山秀明北里大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2003 – 2004完了
キーワード	タンパク質 / 立体構造 / 予測 / CASP / CAFASP / FAMS / GTOP / FAMSBASE / ゲノム / ホモロジーモデリング / コンピュータ解析 / アライメント / FAMS、FAMSBASE / バイオインフォマティックス / プロテオーム / 遺伝子 / タンパク質データベ-ス / タンパク質立体構造予測 / 機能進化解析
研究概要	タンパク質の立体構造の予測プログラムEAMSを用いて、国際コンテストである平成12,14,16年度に行われたCASP、およびCAFASPにおいてFAMSの国際競争力を示してきた。

この課題の研究成果物	雑誌論文 (18件) 文献書誌 (7件)

5. ゲノム情報からのタンパク質構造の分類と予測

研究課題

研究種目	特定領域研究
審査区分	生物系
研究機関	国立遺伝学研究所
研究代表者	西川建国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授
研究期間 (年度)	2002完了
キーワード	ゲノム情報解析 / タンパク質 / 立体構造 / 選択的スプライシング / ドメイン / 局所構造 / ホモロジー検索 / データベース構築 / 立体構造予測 / 偽遺伝子 / 分子進化 / 機能予測 / モデリング / タンパク質分類
研究概要	ゲノムにコードされた全タンパク質を対象に、立体構造予測をはじめとする既存の配列データ解析ツールを動員した自動解析を行い、その結果をGTOPデータベースとして公開している。実験的に解明されるゲノム配列の増大にともない、GTOPに収録された生物種は昨年の70種から101種へと拡大した。なかでも真核生物で ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (19件)

6. ホモロジーモデリングの手法の開発とデータベース構築

研究課題

研究種目	特定領域研究
審査区分	生物系
研究機関	北里大学
研究代表者	梅山秀明北里大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2001 – 2002完了
キーワード	バイオインフォマティックス / ホモロジーモデリング / ゲノム / タンパク質 / 立体構造 / 遺伝子 / CASP / CAFASP / 情報システム / ソフトウェア開発効率化 / 蛋白質
研究概要	タンパク質の立体構造の予測プログラムFAMSを用いて、国際コンテストである平成12年度に行われたCASP4、CAFASP2においてFAMSプログラムの優秀さが認められ、平成13年度は1000台のPCを用いた大規模データベース構築を行うこととなった。具体的には、遺伝学研究所で公開のGTOPのアライメン ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (10件)

7. タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)

研究課題

研究種目	特定領域研究
審査区分	生物系
研究機関	名古屋大学
研究代表者	郷通子名古屋大学, 大学院理学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2000 – 2002完了
キーワード	計算生物学 / 生命情報科学 / ゲノム機能予測 / タンパク質立体構造予測 / 構造予測国際コンテストCASP / ホモロジーモデリング / FAMSBASE / 分子シミュレーション / CASP5 / シミュレーション / アブイニシオ / 予測生物学 / Gtop / SOSUI / らん藻ゲノム / 国際予測コンテストCASP4 / 3Dキーノート / 膜タンパク質
研究概要	主に以下のような、3年間の活動と研究成果を通して、タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価を実施した。 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (122件) 図書 (11件) 文献書誌 (71件)

8. プロテオーム時代の計算情報生物学

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	生物物理学
研究機関	名古屋大学
研究代表者	郷通子名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授
研究期間 (年度)	1999完了
キーワード	計算生物学 / 構造生物学 / ゲノム情報 / タンパク質立体構造 / 構造ゲノミックス / 機能ゲノミックス / プロテオーム / プロテオミックス
研究概要	ゲノム生物学の時代を迎え、ゲノム・プロテオームの計算生物学は生物科学全体に位置づけられる重要な分野となりつつある。第一線の研究者による重点的研究の組織化が待たれている現状を踏まえ、特定領域研究(A)の申請を目的として、研究方法、研究組織、研究経費などの企画調査を行った。国内のタンパク質の立体構造計算 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (44件)

9. タンパク質立体構造の比較・予測・デザイン

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	京都大学 (1996-1999) 名古屋大学 (1995)
研究代表者	郷信広 (1996-1999) 京都大学, 大学院・理学研究科, 教授野口俊之 (1995) 名古屋大学, 理学部, 助教授
研究期間 (年度)	1995 – 1999完了
キーワード	タンパク質 / 立体構造 / 構築原理 / 構造比較 / 構造予測 / 立体構造基本型 / スレッディング / モジュール / スレッティング / 立体構造比較 / 立体構造予測 / 膜タンパク質 / ファージディスプレイ / キメラタンパク / リゾチウム / 蛋白質 / 構造分類 / モデリング / タンパク質デザイン / 相同蛋白質 / 膜蛋白質
研究概要	博物学グループ(郷、由良、輪湖、美宅、西川、梅山):2次構造の空間配置に着目した立体構造の比較による分類によって「類似立体構造に進化・機能的類縁関係が認められない場合、その立体構造には分子内点対称性がある」という「対称性ルール」を発見した(郷)。ポリメラーゼと転写因子に共通して見られるりん酸結合モジ ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (38件)

10. タンパク質工学への分子動力学の適用

研究課題

研究種目	一般研究(C)
研究分野	物理系薬学
研究機関	北里大学
研究代表者	小杉節子北里大学, 薬学部, 講師
研究期間 (年度)	1989完了
キーワード	タンパク質工学 / 分子動力学 / セリンプロテア-ゼ
研究概要	タンパク質工学により新機能を持ったタンパク質を理論的かつ合目的的に作り出すことを目指して、野生型及び変異型(Asp102->Asn)のセリンプロテア-ゼについて分子動力学による研究を行い、次の結果が得られた。

この課題の研究成果物	文献書誌 (3件)