KAKEN — 研究課題をさがす | 研究者番号: 30525853

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検索結果: 18件 / 研究者番号: 30525853

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1. 長鎖シークエンス技術を用いた北アフリカの癌の解析

研究課題

研究種目	国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
審査区分	小区分50010:腫瘍生物学関連
研究機関	東京大学
研究代表者	藤本明洋東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授
研究期間 (年度)	2024採択

2. 長鎖シークエンス技術を用いた腫瘍の転写産物全長の解析

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
審査区分	小区分50010:腫瘍生物学関連
研究機関	東京大学
研究代表者	藤本明洋東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授
研究期間 (年度)	2023-04-01 – 2027-03-31交付
キーワード	がん / 転写異常 / ロングリード / トランスクリプトーム / 長鎖シークエンス / 転写産物
研究開始時の研究の概要	発がんのメカニズム解明と治療標的の発見は、がん研究において最も重要な研究課題の一つである。本研究では、長鎖シークエンス技術を用いて、複数の難治性がんの転写産物の完全長解析を行うことを目的とする。この研究により、がんの転写異常の全貌をスプライシングバリアント単位で明らかにし、発がんのメカニズムの解明、 ...
研究実績の概要	発がんのメカニズム解明と治療標的の発見は、がん研究において最も重要な研究課題の一つである。これまでに、多くのゲノムや転写産物の研究が行われてきた。しかしながら、多くの先行研究は、読み取り長が短い（短鎖）の次世代シークエンサー(NGS)を用いて行われてきた。短鎖NGSは、リード長が短いため変異や転写産 ...
現在までの達成度 (区分)	3: やや遅れている

この課題の研究成果物	雑誌論文 (1件うち査読あり 1件)

3. 哺乳類におけるペリセントロメア非コードRNAを介した新しいDNAメチル化機構の解明

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
審査区分	小区分43050:ゲノム生物学関連
研究機関	東京大学
研究代表者	鵜木元香東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授
研究期間 (年度)	2023-04-01 – 2026-03-31交付
キーワード	DNAメチル化 / DNMT3B / セントロメア / ペリセントロメア / 非コードRNA / ICF症候群 / MLID / 染色体
研究開始時の研究の概要	染色体のセントロメア・ペリセントロメア領域は反復配列から構成される染色体構造を保つ上で重要な領域で、高度にメチル化されてヘテロクロマチン化している。研究代表者はこれまでの研究で、本領域が低メチル化するICF症候群患者細胞のみならず、健常人細胞においても、本領域から一定量の非コードRNAが転写されてい ...
研究実績の概要	今年度は、DNMT3Bが（ペリ）セントロメア反復配列由来の非コードRNAと相互作用する可能性があるかを検討した。正常人と1型ICF症候群患者由来のB細胞株を用いたDNMT3Bの公開RIP-seqデータ（Gatto et al, 2017）を入手し、データの再解析を行った結果、患者由来株においてDNM ...
現在までの達成度 (区分)	2: おおむね順調に進展している

この課題の研究成果物	学会発表 (2件うち国際学会 1件)

4. 次世代遺伝子発現解析法に立脚したシーケンスレスながん分子サブタイプ規定法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(A)
審査区分	中区分56:生体機能および感覚に関する外科学およびその関連分野
研究機関	名古屋大学
研究代表者	赤松秀輔名古屋大学, 医学系研究科, 教授
研究期間 (年度)	2023-04-01 – 2027-03-31交付
キーワード	前立腺癌 / 分子サブタイプ / ロングリードRNAシーケンス / 単一細胞核シーケンス / 多重免疫染色 / ロングリードシーケンス / シングルセル核シーケンス
研究開始時の研究の概要	前立腺癌は症例ごとに多様ですが、最近では腫瘍組織の遺伝子発現情報を基にいくつかの群に分類できることがわかっています。しかし従来の分類は症例ごとに煩雑な大規模遺伝子発現解析が必要でした。そこで本研究では最新の遺伝子発現解析手法（ロングリードシーケンス、単一細胞シーケンス）を用いて、ヒト前立腺癌検体を細 ...
研究実績の概要	現在までに前立腺癌70症例と正常前立腺17症例のNanoporeシーケンサーを用いたロングリードRNAシーケンス解析を実施し、予定していた情報解析パイプラインSPLICEを用いて解析した。ロングリードのトランスクリプトームに基づき階層分析を行ったところ、前立腺癌と正常前立腺はきれいに群分けされた。ま ...
現在までの達成度 (区分)	2: おおむね順調に進展している

5. 長鎖シークエンス法の転写産物解析による非コード領域の発癌への寄与の解明

研究課題

研究種目	挑戦的研究(萌芽)
審査区分	中区分50:腫瘍学およびその関連分野
研究機関	東京大学
研究代表者	藤本明洋東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授
研究期間 (年度)	2021-07-09 – 2025-03-31交付
キーワード	転写産物 / ロングリード / ドメイン構造 / 長鎖シークエンス / 非コード領域
研究開始時の研究の概要	申請者のチームでは、発癌のメカニズム解明を目的として長鎖シークエンス技術を用いた転写産物解析を行っている（申請者が代表の基盤(B)とAMEDの研究で実施）。現在までに、Oxford Nanoporeシークエンサーを用いた転写産物（cDNA）シークエンス法を確立し、解析ソフトウエアを開発した（Kiyo ...
研究実績の概要	本研究では、複数の腫瘍を対象とし、長鎖シークエンス法を用いた癌と非癌部の転写産物の全長解析から、非コード領域に存在する新規タンパク質コード遺伝子候補を同定し機能を解明することを目的とする。申請者のチームでは、ロングリードシークエンサーを用いて複数の腫瘍の転写産物全長解析をおこなっている。
現在までの達成度 (区分)	3: やや遅れている

この課題の研究成果物	雑誌論文 (4件うち査読あり 2件) 学会発表 (2件うち国際学会 1件、招待講演 2件) 図書 (1件)

6. 「missing heritability」問題解決に向けた人類遺伝学研究

研究課題

研究種目	特別研究員奨励費
審査区分	小区分48040:医化学関連
研究機関	東京大学
研究代表者	藤本明洋東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授
研究期間 (年度)	2020-11-13 – 2023-03-31採択後辞退
キーワード	missing heritability
研究開始時の研究の概要	ありふれた疾患（common disease）において、現在の多型解析は遺伝率のうち一部しか説明ができず、「見逃されている遺伝率」問題とよばれている。この問題を解決するため、次世代シークエンサーのデータ解析手法の新規開発および長鎖シークエンス技術の導入、独自の手法を用いた公開データの再解析、により構 ...
研究実績の概要	ヒトゲノムには、個人差（多型）が存在し、疾患へのかかりやすさ（疾患感受性）や表現型の個人差に影響することが知られている。疾患に関係する多型を検出し、疾患発症機序の解明、疾患発症予測などにつなげるため、数多くの多型解析プロジェクトが行われている。しかしながら、ありふれた疾患（common diseas ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (1件うち査読あり 1件)

7. マイクロサテライトを用いた人類集団史の推定

研究課題

研究種目	挑戦的研究(萌芽)
審査区分	中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野
研究機関	東京大学 (2019-2021) 京都大学 (2018)
研究代表者	藤本明洋東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授
研究期間 (年度)	2018-06-29 – 2022-03-31完了
キーワード	マイクロサテライト / 人類の集団史 / 集団史 / 集団の歴史 / 人類進化
研究成果の概要	本研究では、SNPに代わり、突然変異率が高いマイクロサテライトを用いることで、近縁な集団間の遺伝的関係性や最近の集団史の情報を得ることを目的とした。藤本が作成した手法（Fujimoto et al. Genome Research (2020)）を用いて、900万個以上のマイクロサテライトを対象に多 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (7件うち国際共著 2件、査読あり 5件、オープンアクセス 1件)

8. ヤポネシア人の人口推定を中心とした巨大データ解析

計画研究

研究種目	新学術領域研究(研究領域提案型)
審査区分	複合領域
研究機関	北海道大学
研究代表者	長田直樹北海道大学, 情報科学研究院, 准教授
研究期間 (年度)	2018-06-29 – 2023-03-31完了
キーワード	ゲノム / 日本列島人 / ヤポネシア / 日本列島 / ヒト / 進化 / 遺伝的多様性 / 日本人 / 人口動態 / 集団遺伝学 / ヤポネシア人 / ゲノム配列
研究成果の概要	本研究計画は，ゲノム配列データを用いてヤポネシア（日本列島）人の歴史を高精度に推定する手法を開発し，それらを実際のデータに適用することにより，ヤポネシア人がどのようにして日本列島に到達し，混血し，発展していったのかを明らかにすることを目的とする．ハプロタイプ，希少変異，性染色体，非SNPマーカーとい ...
研究領域	ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明

この課題の研究成果物	国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (56件うち国際共著 6件、査読あり 42件、オープンアクセス 28件) 学会発表 (71件うち国際学会 17件、招待講演 29件) 図書 (6件) 備考 (1件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

9. 長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
審査区分	小区分50010:腫瘍生物学関連
研究機関	東京大学 (2019-2021) 京都大学 (2018)
研究代表者	藤本明洋東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授
研究期間 (年度)	2018-04-01 – 2022-03-31完了
キーワード	長鎖シークエンサー / 肝癌 / 転写産物の全長 / HBV / 長鎖シークエンス / トランスクリプトーム / 長鎖シークエンス技術 / B型肝炎ウイルス / 転写産物 / 発現解析
研究成果の概要	申請者らは、長鎖シークエンスデータの解析を目的として、全ゲノムシークエンスの解析手法（CAMPHORソフトウエア）、トランスクリプトームの解析手法（SPLICEソフトウエア）を開発した。また、この方法を用いて肝癌11ペア（癌部と非癌部肝臓計22サンプル）の全ゲノムシークエンス、42ペア（癌部と非癌 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (13件うち国際共著 5件、査読あり 10件、オープンアクセス 6件) 学会発表 (8件うち国際学会 4件、招待講演 7件) 備考 (1件)

10. 多発性肝臓がんの全ゲノム解析による肝臓がん進化の分子機構の解明

研究課題

研究種目	若手研究(B)
研究分野	消化器外科学
研究機関	国立研究開発法人理化学研究所
研究代表者	古田繭子国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員
研究期間 (年度)	2015-04-01 – 2017-03-31完了
キーワード	肝がん / 多発性 / 再発性 / 全ゲノムシークエンス / 肝臓がん / 多中心性腫瘍 / 転移性腫瘍 / ゲノム変異
研究成果の概要	合計23症例の多発性肝臓がん49サンプルを用いて全ゲノムシークエンスを行った。同一症例由来の複数腫瘍間での点突然変異の共通性から、多発性と再発性の症例を高精度に識別することができた。多発性と再発性の症例はステージや性質が異なるため、特に臨床病理学的に識別困難な症例についてはその有用性が示された。さら ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (1件うち査読あり 1件、オープンアクセス 1件、謝辞記載あり 1件) 学会発表 (2件うち国際学会 1件) 備考 (1件)

11. 遺伝統計学とビッグデータの邂逅がもたらす新たながんゲノム創薬

計画研究

研究種目	新学術領域研究(研究領域提案型)
審査区分	複合領域
研究機関	大阪大学 (2016-2019) 東京医科歯科大学 (2015)
研究代表者	岡田随象大阪大学, 医学系研究科, 教授
研究期間 (年度)	2015-06-29 – 2020-03-31完了
キーワード	遺伝統計学 / HLA imputation法 / ゲノム創薬 / ビッグデータ / 機械学習 / 横断的オミクス解析 / HLA遺伝子 / ゲノム / バイオインフォマティクス / マイクロRNA / バイオマーカー / ビッグデータ解析 / ゲノム解析
研究成果の概要	多彩なヒト疾患や形質に対して築された大規模ビッグデータを適切に解釈し、疾患横断的に統合するデータ解析技術の開発研究には改善の余地が指摘されている。本研究では、遺伝情報と形質情報の因果関係を統計学の観点から評価する学問である遺伝統計学を活用し、大規模ヒト疾患ゲノム解析情報を活用することで、疾患病態の解 ...
研究領域	がんシステムの新次元俯瞰と攻略

この課題の研究成果物	国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (30件うち国際共著 18件、査読あり 30件、オープンアクセス 17件、謝辞記載あり 6件) 学会発表 (1件うち国際学会 1件) 図書 (1件)

12. Liquid biopsyシークエンスによる肝膵がんの診断とバイオマーカー探索

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	消化器内科学
研究機関	国立研究開発法人理化学研究所
研究代表者	中川英刀国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー
研究期間 (年度)	2015-04-01 – 2018-03-31完了
キーワード	Liquid biopsy / シークエンス / 肝臓がん / 膵臓がん / IPMT / 膵液 / がんゲノム / cfDNA / 膵腫瘍 / liquid biopsy / 膵がん / 癌 / ゲノム / 病理学 / ゲノム診断 / がん
研究成果の概要	37例の膵管内乳頭粘液性腫瘍患者からの膵液cfDNAについてエクソーム解析を行った。その結果、約半数の膵液について、KRASかGNASの変異を検出し、TP53やRNF43の変異も膵液で検出した。17ｐ13や8ｑ24のコピー数異常も検出した。悪性度と関連する膵液ゲノムマーカーを複数同定した。7例の肝癌 ...

この課題の研究成果物	国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (6件うち国際共著 4件、査読あり 4件、謝辞記載あり 2件) 学会発表 (4件うち国際学会 2件、招待講演 3件)

13. 全ゲノムシークエンスデータ解析に基づく解析困難領域の同定と遺伝的多様性の解析

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	ゲノム医科学
研究機関	京都大学 (2016) 国立研究開発法人理化学研究所 (2014-2015)
研究代表者	藤本明洋京都大学, 医学研究科, 特定准教授
研究期間 (年度)	2014-04-01 – 2017-03-31完了
キーワード	次世代シークエンサー / ヒトゲノム多様性 / 第３世代シークエンサー / 解析困難領域 / 全ゲノムシークエンス
研究成果の概要	申請者は、日本人の全ゲノムシークエンスデータを用いて、（１）第２世代シークエンサーでは解析が困難な領域の特徴を明らかにする。また、（２）それらの領域のゲノム配列を読み取り長の長い第3世代シークエンサーを用いて決定することにより、解析困難領域の遺伝的多様性を解明することを目的として研究を行った。申請者 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (18件うち国際共著 5件、査読あり 11件、オープンアクセス 2件) 学会発表 (10件うち国際学会 3件、招待講演 5件) 備考 (2件)

14. 全ゲノムシークエンスによる肝癌関連の新規機能性非コード領域の探索と機能解析

公募研究

研究種目	新学術領域研究(研究領域提案型)
審査区分	生物系
研究機関	国立研究開発法人理化学研究所
研究代表者	藤本明洋国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 副チームリーダー
研究期間 (年度)	2014-04-01 – 2016-03-31完了
キーワード	がんゲノム / 非コード領域 / 非コード
研究実績の概要	がんゲノムの変異は、発がんのメカニズム解明のために、最も重要な研究課題の一つである。次世代シークエンサーの導入により、網羅的変異解析が可能となり、多くのがん種で変異解析が行なわれている。しかしながら、ほとんどの研究が、タンパクをコードするエクソン領域に着目した報告であり、ノンコーディング領域の変異や ...
研究領域	ゲノムを支える非コードＤＮＡ領域の機能

この課題の研究成果物	雑誌論文 (16件うち査読あり 9件、オープンアクセス 3件) 学会発表 (5件うち国際学会 1件、招待講演 2件) 備考 (2件)

15. 肝癌特異的な変異遺伝子ARID2の肝癌エピゲノム異常誘導機構の解明

研究課題

研究種目	若手研究(B)
研究分野	消化器外科学
研究機関	国立研究開発法人理化学研究所
研究代表者	古田繭子国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員
研究期間 (年度)	2013-04-01 – 2016-03-31完了
キーワード	肝がん / ARID2 / ゲノム変異 / HCC / mutation / WGS / がんゲノム / クロマチン / 癌ゲノム
研究成果の概要	合計245症例の全ゲノムシークエンスの解析結果から、肝癌特有の変異遺伝子ARID2遺伝子について機能欠失型点突然変異とゲノム構造異常が合計13% (33/245)の肝がん検体において変異を検出した。全遺伝子変異との比較解析から、ARID2遺伝子の変異は最も有意な変異遺伝子群の一つであることが示唆され ...

この課題の研究成果物	学会発表 (3件)

16. シークエンス解析による新規の肝炎・肝癌関連微生物の探索

研究課題

研究種目	挑戦的萌芽研究
研究分野	消化器内科学
研究機関	独立行政法人理化学研究所
研究代表者	中川英刀独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー
研究期間 (年度)	2013-04-01 – 2015-03-31完了
キーワード	ゲノム / 肝がん / 病原体 / 肝炎 / シークエンス
研究成果の概要	240例の肝臓がんおよび肝炎組織のRNAシークエンス解析を行った。ヒトゲノム参照配列やヒトのRNA配列にアライメントされない配列についてde novo assemblingを行った。200塩基以上形成させた8300個のcontigに対して、NCBI　Nucleotide Collectionのデータ ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (2件うち査読あり 2件) 学会発表 (5件うち招待講演 5件)

17. 全ゲノムシークエンスデータ解析による新規配列の網羅的同定と解析

研究課題

研究種目	若手研究(B)
研究分野	人類遺伝学
研究機関	独立行政法人理化学研究所
研究代表者	藤本明洋独立行政法人理化学研究所, 情報解析研究チーム, 上級研究員
研究期間 (年度)	2011 – 2012完了
キーワード	全ゲノムシークエンス / 非標準ゲノム配列 / 次世代シークエンサー / 日本人ゲノム / 構造多型 / バイオインフォマティックス
研究概要	我々は、先行研究において日本人1 個体のゲノムシークエンスより3.4Mbp の非標準ゲノム配列を得た。非標準ゲノム配列の特性と多型性をさらに調査するため、複数個体の日本人の全ゲノムシークエンスより、標準ゲノム配列にマッピングされなかったリード配列を集めてdenovo アセンブリを行った。その結果、約 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (5件うち査読あり 1件) 学会発表 (14件)

18. がんのバイオインフォマティクスと遺伝統計学的解析

計画研究

研究種目	新学術領域研究(研究領域提案型)
審査区分	複合領域
研究機関	独立行政法人理化学研究所
研究代表者	角田達彦独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, グループディレクター
研究期間 (年度)	2010-04-01 – 2015-03-31完了
キーワード	癌 / ゲノム / 統計数学 / 遺伝学 / オミックス解析 / 次世代シークエンサー / 予測 / オーダーメイド医療 / 情報工学 / 肝臓がん / 遺伝子 / 遺伝統計学 / クロマチン制御遺伝子 / がんゲノム / 多様性 / コピー数多型 / 構造多型 / 日本人ゲノム / 国際がんゲノムコンソーシアム / ゲノムワイド関連解析
研究成果の概要	がんを体系的網羅的解析により理解し、個々の患者の体質や状態、環境要因を鑑みた医療を実現することを目的とした。そのため、次世代シークエンサー等の最新のオミックス観測技術の解析方法の確立、オミックス情報と臨床像や薬剤応答との関係の解明、マーカー同定、オミックスの因果関係を解明、予測手法の開発を行った。そ ...
研究領域	システム的統合理解に基づくがんの先端的診断、治療、予防法の開発

この課題の研究成果物	雑誌論文 (37件うち査読あり 35件、オープンアクセス 4件、謝辞記載あり 4件) 学会発表 (41件うち招待講演 14件) 備考 (1件)