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検索結果: 5件 / 研究者番号: 50388112
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1.
天然変性タンパク質におけるO-GlcNAc修飾の予測と検証
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
研究分野
生命・健康・医療情報学
研究機関
立命館大学
研究代表者
伊藤 將弘
立命館大学, 生命科学部, 教授
研究期間 (年度)
2015-04-01 – 2018-03-31
完了
キーワード
翻訳後修飾
/
O-GlcNAc修飾
/
リン酸化
/
機械学習
/
進化解析
/
天然変性タンパク質
/
バイオインフォマティクス
/
ゲノムワイド解析
/
O-GlcNAc転移酵素
/
O-GlcNAcase
/
進化
/
修飾関連部位
/
エピゲノム
/
進化トレース
/
ゲノム進化解析
/
糖鎖
/
系統プロファイル
/
活性部位
/
ドッキングシミュレーション
/
点突然変異
研究成果の概要
O-GlcNAc修飾を担う2つの酵素であるOGTとOGAとO-GlcNAc修飾を受けるタンパク質に着目してIDRとの関係も含めて進化解析を行った。OGTとOGAの解析では、ヒトOGT/OGAの相同タンパク質をゲノムワイドに検索することで付加と除去を行う酵素の有無からO-GlcNAc修飾の獲得過程を解
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (7件 うち査読あり 6件、オープンアクセス 7件、謝辞記載あり 1件) 学会発表 (31件 うち国際学会 10件、招待講演 2件)
2.
糖鎖情報を用いた糖鎖-タンパク質相互作用予測法の開発と実験的検証
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
研究分野
生体生命情報学
研究機関
立命館大学
研究代表者
伊藤 將弘
立命館大学, 生命科学部, 教授
研究期間 (年度)
2010 – 2012
完了
キーワード
糖鎖
/
相互作用
/
MD 計算
/
構造
/
SVM
/
サポートベクターマシン
/
バイオインフォマティクス
/
糖転移酵素
/
糖脂質
/
進化系統解
/
アノマー配置
/
類似距離
/
タンパク質
/
分子進化
/
ラマチャンドラマップ
/
構造解析
研究概要
糖鎖残基間の相互作用の解析を、7種類の糖鎖系列に対し分子動力学法を用いて分子シミュレーションを行い,3つの糖鎖コンホメーションを変化させる要因を示唆した。またサポートベクターマシンを用いて,2つの脂質メディエータ(プロスタグランジン、スフィンゴ1リン酸)の受容体に対して阻害活性化合物の予測を行った。
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (25件 うち査読あり 19件) 学会発表 (62件) 備考 (2件)
3.
線虫の初期発生段階における遺伝子調節ネットワークの予測とシミュレーション
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
研究分野
ゲノム情報科学
研究機関
筑波大学
研究代表者
真栄城 哲也
筑波大学, 図書館情報メディア系, 准教授
研究期間 (年度)
2009 – 2011
完了
キーワード
線虫
/
シミュレーション
/
マイクロアレイ
/
遺伝子調節ネットワーク
/
機能予測
研究概要
線虫C. elegansの最初の40分までの初期胚を対象に, ゲノムワイドな遺伝子発現の時系列データを10分間隔でDNAマイクロアレイを用いて計測した.そのデータを用いて, 超高速シミュレータStarpackを基盤とする予測システムによって, 初期胚における遺伝子調節ネットワークを予測した.
...
この課題の研究成果物
学会発表 (20件)
4.
ニューラルネットワーク及びサポートベクタマシンによる蛋白質O型糖鎖修飾部位の予測
研究課題
研究種目
基盤研究(B)
研究分野
感性情報学・ソフトコンピューティング
研究機関
立命館大学
研究代表者
西川 郁子
立命館大学, 情報理工学部, 教授
研究期間 (年度)
2007 – 2009
完了
キーワード
サポート
/
ベクタ
/
マシン
/
O型糖鎖修飾
/
機械学習
/
哺乳類タンパク質
/
天然変性領域
/
膜貫通タンパク質
/
ニューラルネットワーク
/
群発と散発
/
サポート・ベクター・マシン
/
独立成分分析
/
糖鎖修飾
/
サポートベクタマシン
/
群発的修飾
/
モチーフ
/
進化的保存
/
天然変性タンパク質
/
半教師あり学習
/
アミノ酸配列
/
立体構造
/
二次構造
/
データベース
研究概要
哺乳類蛋白質に対して,O型糖鎖修飾を受ける部位を機械学習により予測し,その結果を通して修飾機構を解析した.特に,多くの修飾部位が群発して発生することに着目し,その場合には周辺アミノ酸の組成比が,そうでない場合にはアミノ酸配列が修飾に影響を与えることを見出し,その特徴を具体的に解析した.蛋白質の天然変
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (15件 うち査読あり 15件) 学会発表 (142件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)
5.
多細胞生物の発生における糖鎖発現パターンの体系的技術と解析ソフトの開発
研究課題
研究種目
若手研究(B)
研究分野
生体生命情報学
研究機関
立命館大学
研究代表者
伊藤 將弘
立命館大学, 情報理工学部, 講師
研究期間 (年度)
2005 – 2006
完了
キーワード
分子表現型
/
糖脂質
/
MALDI-TOF MS
/
構造予測プログラム
/
細胞内局在
/
脊索動物
/
ゲノムワイド解析
/
比較グリコオーム
/
MALDI TOF MS
/
構造予測システム
/
酸性糖脂質
/
スルファチド
/
ウロン酸含有糖脂質
/
ホヤ
研究概要
糖脂質は,細胞間認識等の機能を持つ物質交代で生合成される物質であるが,糖脂質の研究例は乏しく,ゲノムワイド解析の技術も開発されていない.そこで本年度は,ゲノムワイド解析技術の開発とマボヤの糖脂質構造と細胞局在を決定した.
この課題の研究成果物
雑誌論文 (4件) 図書 (1件)