KAKEN — 研究課題をさがす | 研究者番号: 70624451

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検索結果: 2件 / 研究者番号: 70624451

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1. クラウド型高速シーケンシングアノテーションシステムの開発研究

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	ゲノム生物学
研究機関	国立遺伝学研究所
研究代表者	長崎英樹国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任研究員
研究期間 (年度)	2012-04-01 – 2015-03-31完了
キーワード	ゲノム / 次世代シーケンサー / 解析パイプライン / クラウド / RNA-Seq / ChIP-Seq / HLA / リシーケンス / SNP / de novoアセンブリ / クラウドコンピューティング / denovo アセンブル
研究成果の概要	近年登場した次世代シーケンサーと呼ばれるDNA解読装置の登場で、ゲノム科学や分子生物学に必要なゲノム/遺伝子の塩基配列の解読能力は飛躍的に向上した。しかし、その膨大な配列データを解析する計算機システムや情報解析を行う人員の不足という事態がおこった。我々は以上の問題を解決するためにDDBJ Read ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (2件うち査読あり 2件、オープンアクセス 1件) 学会発表 (17件うち招待講演 5件) 図書 (2件) 備考 (5件)

2. 新型シーケンサ・アーカイブ配列を用いた植物系統ＳＮＰ統合と多様性指標解析

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	生体生命情報学
研究機関	国立遺伝学研究所
研究代表者	神沼英里国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助教
研究期間 (年度)	2012-04-01 – 2015-03-31完了
キーワード	SNP / 次世代シークエンサ / Sequence Read Archive / 多様性指標 / データベース / 解析ワークフロー / 一塩基多型 / WGS / DNA多型 / 遺伝的多様性 / ゲノム多様性
研究成果の概要	本研究では、新型シークエンサのアーカイブ配列データベースSequence Read Archiveを用いて、植物系統の一塩基多型を統一基準で統合解析し、DNAPod(http://tga.nig.ac.jp/dnapod/)に統合SNPデータベースを、DDBJ Pipeline(http://p.d ...

この課題の研究成果物	学会発表 (6件うち招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (3件)