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検索結果: 8件 / 研究者番号: 80346171
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1.
誕生日タグづけ法による大規模データを利用した神経細胞群と行動表現型との因果推論
研究課題
研究種目
挑戦的研究(萌芽)
審査区分
中区分44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
研究機関
国立遺伝学研究所
研究代表者
平田 たつみ
国立遺伝学研究所, 遺伝形質研究系, 教授
研究期間 (年度)
2021-07-09 – 2023-03-31
交付
キーワード
神経
/
マウス
/
因果推論
/
行動表現型
/
誕生日タグづけ
研究開始時の研究の概要
代表者らは、自らが開発したマウス神経細胞の分類操作技術「誕生日タグづけ法」を用いて、分類できる神経細胞群の包括的な顕微鏡画像データベースを作り公開している(NeuroDT)。さらに、同じ条件でタグづけされた神経細胞群の神経活動を人為的に操作した際に、マウス個体に現れる身体症状の表現型データセットを現
...
2.
有用物質を効率的に生産する代謝ネットワークの設計アルゴリズム
研究課題
研究種目
基盤研究(B)
審査区分
小区分61030:知能情報学関連
研究機関
京都大学
研究代表者
田村 武幸
京都大学, 化学研究所, 准教授
研究期間 (年度)
2020-04-01 – 2025-03-31
交付
キーワード
代謝ネットワーク
/
有用物質生産
/
増殖連動生産
/
アルゴリズム
/
混合整数線形計画法
/
微生物
/
遺伝子削除
/
ゲノムスケールモデル
/
制約モデル
/
反応削除問題
/
遺伝子削除問題
/
線形計画問題
/
増殖連動型生産
/
流束均衡解析
/
生育結合
研究開始時の研究の概要
代謝ネットワークの数理モデルの中でも、FBAモデルはゲノムスケールの代謝ネットワークの解析に特に有効であることが知られている。しかし所望の有用物質を効率よく生産するための遺伝子改変戦略を計算する問題の多くは、組合せ最適化の側面が強いNP困難問題であり、ゲノムスケールの大規模な代謝ネットワークに適用で
...
研究実績の概要
ゲノムスケールの制約モデルの代謝ネットワークにおいて、目的化合物の増殖連動生産を達成する遺伝子削除戦略を計算するアルゴリズムであるgDel_minRNとTrimGdelを開発した。代謝ネットワークにおける化学反応は、遺伝子の情報に基づき生成されたタンパク質に触媒される。この遺伝子、タンパク質、反応の
...
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
この課題の研究成果物
雑誌論文 (6件 うち査読あり 6件、オープンアクセス 5件) 学会発表 (7件) 図書 (1件) 備考 (3件)
3.
顕微鏡画像データに基づく因果構造マイニング法の開発
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
審査区分
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関
立命館大学
研究代表者
遠里 由佳子
立命館大学, 情報理工学部, 教授
研究期間 (年度)
2019-04-01 – 2022-03-31
完了
キーワード
因果推論
/
時系列データ解析
/
表現型解析
/
C. elegans
/
データ駆動型解析
/
バイオイメージインフォマティクス
/
システム生物学
/
物体検出
/
時系列データ
/
バイオインフォマティクス
/
顕微鏡画像データ
/
統計的因果推論
/
データマイニング
研究開始時の研究の概要
生命科学の多くの研究者は、顕微鏡画像データとして計測された表現型に、決定論的で非線形な力学系が反映されていると考え、無意識に因果構造のマイニングを行なっている。近年の生命科学実験の大規模化/精密化、研究対象の複雑化といった最近の傾向を鑑みると、そうした因果構造マイニングの効率化や自動化を実現する技術
...
研究成果の概要
タイムラプス顕微鏡画像データから得られる表現型などの因果関係を計算機で推論する時系列因果推論手法の確立を目指した。非線形な時系列の因果推論の従来法として、Convergent Cross Mapping (CCM)やGranger因果性テストのノンパラメトリックな拡張(以下、NPMR)に着目した。そ
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (1件 うち査読あり 1件、オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) 図書 (1件)
4.
ベイズ最適化による未知の多次元心理物理関数の推定手法の構築と応用分野の開拓
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
審査区分
小区分10040:実験心理学関連
研究機関
大阪電気通信大学
研究代表者
小森 政嗣
大阪電気通信大学, 情報通信工学部, 教授
研究期間 (年度)
2019-04-01 – 2022-03-31
完了
キーワード
ガウス過程選好学習
/
ガウス過程回帰
/
効用関数
/
顔知覚
/
ベイズ最適化
/
心理物理学
/
顔認知
/
心理物理関数
/
実験計画法
研究開始時の研究の概要
例えば「2色の配色」は6次元の物理量により記述され,その組み合わせは膨大な数になる.したがって「配色の良さ」を考えた時膨大な組み合わせの中から良い配色を見つけなければならない.本研究ではこのような複雑な多次元の心理物理関数の全体像を,ベイズ最適化という手法に基づいて解明する手法の構築を目指す.また,
...
研究成果の概要
本研究では,多次元の心理物理関数(本論文では効用関数と呼ぶ)をガウス過程回帰により推定するための方法論の構築を試みた.本研究では,二肢選択判断に対する回答に基づいて効用関数を推定するために,ガウス過程回帰を拡張したガウス過程選好学習(Gaussian process preference learn
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (5件 うち査読あり 4件) 学会発表 (9件 うち国際学会 2件)
5.
細胞の状態を表現する確率モデルの構築と細胞核の動態解析への応用
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
研究分野
生命・健康・医療情報学
研究機関
立命館大学
(2019)
大阪電気通信大学
(2017-2018)
国立研究開発法人理化学研究所
(2016)
研究代表者
遠里 由佳子
立命館大学, 情報理工学部, 教授
研究期間 (年度)
2016-10-21 – 2020-03-31
完了
キーワード
隠れマルコフモデル
/
ベイズ推定
/
確率的生成モデル
/
時系列データ解析
/
表現型解析
/
C. elegans
/
データ駆動型解析
/
システム生物学
/
数理モデル
/
時系列データ
/
データ駆動解析
/
バイオインフォマティクス
/
発生・分化
/
統計数学
/
アルゴリズム
/
画像
/
解析・評価
研究成果の概要
線虫の野生胚やRNAi胚の大規模な2次元タイムラプス顕微鏡画像データを画像処理して得た細胞核分裂動態の時空間定量データを解析に用いる(野生胚:N=1, RNAi胚:対象遺伝子549種類, 1遺伝子あたり約N=3)。時空間定量データから特徴抽出し、得られる時系列データからHMM(Hidden Mark
...
この課題の研究成果物
学会発表 (2件 うち国際学会 1件) 図書 (1件)
6.
長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略
研究課題
研究種目
基盤研究(A)
研究分野
システムゲノム科学
研究機関
奈良先端科学技術大学院大学
研究代表者
森 浩禎
奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授
研究期間 (年度)
2013-04-01 – 2016-03-31
完了
キーワード
E. coli
/
bar-code
/
deletion collection
/
population dynamics
/
chemical genomics
/
stationary phase
/
deep sequencing
/
バーコード解析
/
大腸菌population変動解析
/
長期定常期
/
ケミカルバイオロジー
/
大腸菌
/
分子バーコード
/
一遺伝子欠失株
/
deep sequence
/
貞コピー可動型発現プラスミド
/
population変動
/
Multiplex解析
/
Chemical Genomics
/
二重欠失株
/
遺伝的ネットワーク
/
細胞内ネットワーク
研究成果の概要
20塩基分子バーコードを持つ大腸菌一遺伝子欠失株ライブラリー構築を行い、1)全欠失株混合培養液の長期定常期中のpopulation変動、2)薬剤を含んだ培地中の各欠失株のpopulation変動解析、3)宿主のBW38029株のゲノム配列の決定と遺伝的背景の確認を行った。長期定常期における解析は、L
...
この課題の研究成果物
国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (13件 うち国際共著 1件、査読あり 13件、オープンアクセス 9件、謝辞記載あり 7件) 学会発表 (20件 うち国際学会 3件、招待講演 3件) 図書 (5件) 備考 (3件)
7.
遺伝子機能の環境依存性に着目した代謝ネットワークのロバスト性機構の解明
研究課題
研究種目
若手研究(B)
研究分野
生体生命情報学
研究機関
独立行政法人理化学研究所
(2013)
立命館大学
(2011-2012)
研究代表者
遠里 由佳子
独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員
研究期間 (年度)
2011 – 2013
完了
キーワード
バイオインフォマティクス
/
マイクロアレイ
/
表現型
/
数理モデル
/
統計解析
/
感度解析
/
代謝
/
国際情報交流
/
頑強性
/
オミックスデータ解析
/
大腸菌
/
線虫
/
Phenotype MicroArray
/
2D-DIGE
研究概要
大腸菌の遺伝子機能を解析するためには、その遺伝子が欠失したときの表現型や、遺伝子と表現型がどのようなネットワークにより制御されているかを知ることが重要である。しかし、従来の表現型解析はグルコースやLBなどの限られた培地条件でしかおこなわれていない。そこで(1)Phenotype MicroArray
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (13件 うち査読あり 7件) 学会発表 (17件) 図書 (2件)
8.
異種生物間の代謝ネットワークの構造比較に関する研究
研究課題
研究種目
若手研究(B)
研究分野
生体生命情報学
研究機関
立命館大学
研究代表者
遠里 由佳子
立命館大学, 情報理工学部, 講師
研究期間 (年度)
2005 – 2007
完了
キーワード
代謝反応パスウェイ
/
データベース
/
バイオインフォマティクス
/
Tanimoto係数
/
類似構造比較
/
アライメント
/
グラフ比較
/
MACCS key
/
分子系統樹最短経路間題
/
代謝ネットワーク
/
ネットワーク比較
/
類似構造検索
研究概要
本年度は、代謝反応を構成する化合物の構造式に着目し「代謝ネットワークの構造に関する知見を得る」という目的に対して、以下のような網羅的な解析の実現と検証を行った。
この課題の研究成果物
雑誌論文 (6件 うち査読あり 1件) 学会発表 (3件)