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検索結果: 4件 / 研究者番号: 90634965
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1.
膜蛋白質 GPCR と薬剤化合物ボセンタンの結合自由エネルギー地形
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
審査区分
小区分43020:構造生物化学関連
研究機関
立命館大学
研究代表者
肥後 順一
立命館大学, 総合科学技術研究機構, プロジェクト研究員
研究期間 (年度)
2021-04-01 – 2024-03-31
交付
キーワード
GPCR
/
ボセンタン
/
エンドセリンリセプター
/
結合過程
/
自由エネルギー地形
/
fly-casting
/
orientation selection
/
自由エネルギー障壁
/
conformational selection
/
阻害効果
/
効率的立体構造探索
/
膜蛋白質
/
全原子モデル
研究開始時の研究の概要
初年度でシミュレーションの大枠を終える(TSUBAME 3.0 使用)。また、基本的な解析プログラムを作成する。シミュレーションを行う計算機プログラム(gromacs)に改良が必要になった場合に、それを行う。
研究実績の概要
我々が独自に開発した立体構造探索法「Genetic algorithm にサポートされた多次元仮想空間と連動する分子動力学法(GA-guided-mD-VcMD; 以下VcMDと呼ぶ)」は、生体高分子系に複数の反応座標を設定し、その反応座標に沿う構造変化を促進し、自由エネルギー地形を算出する。本課題
...
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
この課題の研究成果物
雑誌論文 (3件 うち国際共著 1件、査読あり 2件、オープンアクセス 3件) 学会発表 (2件 うち招待講演 2件)
2.
転写因子の天然変性領域におけるリン酸化ラッチ機構の普遍性の検証
研究課題
研究種目
基盤研究(C)
審査区分
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関
立命館大学
研究代表者
笠原 浩太
立命館大学, 生命科学部, 助教
研究期間 (年度)
2020-04-01 – 2022-03-31
中途終了
キーワード
天然変性領域
/
分子動力学法
/
翻訳後修飾
/
天然変性蛋白質
/
転写因子
/
転写制御
/
分子シミュレーション
研究開始時の研究の概要
多くの転写因子について、天然変性領域(IDR)におけるリン酸化が転写活性を制御することが知られている。しかし特定の形を取らないIDRが如何にして機能制御を行うのか、その分子メカニズムはよく分かっていない。我々はこれまでに、転写因子Ets1についてその制御機構を解明し、リン酸化ラッチ機構と名付けた。本
...
研究実績の概要
本研究は大きく下記3ステップより成る(a) ゲノムワイドな候補転写因子の探索、(b) 独自の分子動力学法(MD)を用いたメカニズム解析、(c) 実験による検証。
この課題の研究成果物
雑誌論文 (5件 うち査読あり 5件、オープンアクセス 5件) 学会発表 (39件 うち招待講演 2件) 図書 (1件)
3.
弱い相互作用を持つたんぱく質の新規デザイン
研究課題
研究種目
若手研究(B)
研究分野
生物物理学
研究機関
立命館大学
研究代表者
笠原 浩太
立命館大学, 生命科学部, 助教
研究期間 (年度)
2016-04-01 – 2019-03-31
完了
キーワード
たんぱく質デザイン
/
分子動力学法
/
シミュレーション
/
蛍光相関法
/
構造バイオインフォマティクス
/
拡張アンサンブル
/
統計力学
/
ペプチドデザイン
/
分子間相互作用
/
分子認識
/
分子シミュレーション
/
蛋白質間相互作用
/
生物物理
/
蛋白質
/
計算物理
/
生体分子
研究成果の概要
たんぱく質立体構造データベース(PDB)の大規模データ分析による候補配列の設計を行い、35種の候補を得た。これらをカノニカル分子動力学法(MD)とマルチカノニカル分子動力学法を用いて絞り込み、3つの候補を得た。これらについてペプチドを合成し、蛍光相関法によって相互作用の安定性を確認した。予備的な結果
...
この課題の研究成果物
雑誌論文 (15件 うち国際共著 1件、査読あり 15件、オープンアクセス 12件、謝辞記載あり 4件) 学会発表 (48件 うち国際学会 3件、招待講演 9件) 図書 (1件) 備考 (1件)
4.
計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明
計画研究
研究種目
新学術領域研究(研究領域提案型)
審査区分
生物系
研究機関
大阪大学
研究代表者
中村 春木
大阪大学, たんぱく質研究所, 教授
研究期間 (年度)
2012-06-28 – 2017-03-31
完了
キーワード
転写因子
/
遺伝子
/
分子動力学計算
/
生体生命情報学
/
生物物理
/
生体分子
/
蛋白質
/
ポリメラーゼ
/
ヌクレオソーム
研究成果の概要
転写サイクルにおける情報変換機構のダイナミクスを解明することを目的として、コンピュータ解析による新規な計算・情報科学のアプローチ手法を開発し、エンハンソソームにおける転写制御因子間やヌクレオソームとの関係等に対して、それら超分子複合体の動的構造変化とその安定性を解析し、転写サイクルのメカニズムを解明
...
研究領域
高精細アプローチで迫る転写サイクル機構の統一的理解
この課題の研究成果物
雑誌論文 (35件 うち国際共著 5件、査読あり 35件、オープンアクセス 27件、謝辞記載あり 16件) 学会発表 (112件 うち国際学会 12件、招待講演 24件) 図書 (4件) 備考 (6件)