遺伝子、蛋白の機能、形態解析のための細胞内超微構造のデータベースの構築

• 研究課題/領域番号: 12208033
• 研究種目: 特定領域研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 岡山大学
• 研究代表者: 竹居 孝二 岡山大学, 医学部, 教授 (40322226)
• 研究分担者: 横田 一正 岡山県立大学, 情報工学部, 教授 (10273484) ; 山田 浩司 岡山大学, 医学部, 助手 (80325092) ; 絹田 正裕 岡山大学, 医学部, 講師 (40135942) ; 劉 渤江 岡山理科大学, 総合情報学部, 助教授 (70252624) ; 國島 丈夫 岡山県立大学, 情報工学部, 助教授 (20263436)
• 研究期間 (年度): 2000
• 研究課題ステータス: 完了 (2000年度)
• キーワード: データベース / 微細構造 / 電子顕微鏡 / 論文検索 / 神経 / PubMed / ultrastructure / neuron

研究概要

本研究の目的は既報論文の電子顕微鏡像を形態的特徴によって分類し、そのデータベースを構することである。本年度の研究実績は以下の通り。
1 論文検索および電子顕微鏡像の解析
今年度は対象論文を神経細胞に限定し、まずPubMedで『neuron(神経)』および『ultrastructure(微細構造)』のキーワードにより検索される約3万7千余の論文の一部について、本データベースの対象論文としての妥当性を分析した。その結果、対象となる電子顕微鏡像は一部の学術雑誌に集中して掲載されていることが判明したので、効率的なデータベース構築をするため、学術雑誌ごとに論文の分析、入力作業を行うこととした。現在、Cell Tissue Researchに掲載された1197件の論文について、電顕像をその特徴により分類し、画像入力およびPubMedからの書誌情報の取り込みを行っている。
2 データベース構築
今年度はデータベース構築のためのプロトタイプシステムの実装を行った。このシステムでは、PubMedから得られる論文の書誌情報、論文からスキャナで取り込んだ画像データ、および画像データの特徴をあらわすキーワードなどをデータベースに格納し、相互の関連付けを半自動で行っている。データベースに対する検索は、要求が最も高いと思われるキーワードからの検索を中心に実装した。PubMedの書誌情報がASN.1形式で構造化されているため、テキスト情報は構造化文書の標準規格であるXML形式で構造化した上でデータベースに格納するという構成を採用した。その結果として、データベースとしてはXML文書処理機能の豊富なOracle8iを、また検索システムはJava言語のServlet機能を用いたWWWサーバ・クライアント方式をそれぞれ採用した。この知見を元に、来年度はより使いやすいデータ入力方式や検索方法、PubMedの更新への自動追随などを検討していきたい。