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in silicoとin vitroの融合によるトリパノソーマ原虫治療薬探索

研究課題

研究課題/領域番号 15H02776
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関東京工業大学

研究代表者

関嶋 政和  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 准教授 (80371053)

研究分担者 秋山 泰  東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (30243091)
平山 謙二  長崎大学, 熱帯医学研究所, 教授 (60189868)
研究協力者 北 潔  
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
15,990千円 (直接経費: 12,300千円、間接経費: 3,690千円)
2018年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2017年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2016年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
キーワードスマート創薬 / ケモインフォマティクス / バイオインフォマティクス / IT創薬 / スーパーコンピュータ / 顧みられない熱帯病 / SDGs / 機械学習 / 創薬 / コンピュータシミュレーション / スーパーコンピューティング / 分子シミュレーション / 量子化学計算 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / in silico創薬 / in vitroアッセイ / 抗寄生原虫治療薬
研究成果の概要

主に熱帯地域を中心にして、いわゆる顧みられない熱帯病(NTDs)と呼ばれる寄生虫・細菌感染症が蔓延している。NTDsの中でシャーガス病を引き起こす寄生原虫の治療薬候補を、in silicoとin vitroの融合アプローチを取るスマート創薬により探索を行い、4化合物を得ることに成功した。また、X線結晶構造解析に基づき、共結晶構造をProtein Data Bank (PDB)に登録をおこなった(5B1S)。そして、Fragment Molecular Orbital(FMO)法を用いてた解析により、量子化学的相互作用の重要性についても示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

WHOが焦点を当てているNTDsの17の疾患群は、世界で10億人以上が感染しているとされているが、未だ安価で安全な治療薬を入手できない為に、人々の生命を脅かす健康問題に留まらず、経済活動の足かせ・貧困の原因ともなっている。2015年に採択された持続可能な開発目標(SDGs)における目標3においてNTDsの根絶が掲げられており、本研究はシャーガス病治療薬候補探索を行うことで直接的にSDGsへの貢献っているほか、疾病に関わる標的遺伝子、標的蛋白質と薬化合物候補との相互作用様式、化合物のスクリーニングの実験結果等の公開など、NTDsの根絶に向けての基礎データの開示も積極的に行った。

報告書

(5件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (64件)

すべて 2019 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (31件) (うち国際共著 6件、 査読あり 29件、 オープンアクセス 20件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (30件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Improved Method of Structure-Based Virtual Screening via Interaction-Energy-Based Learning2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuo Nobuaki、Sekijima Masakazu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 59 号: 3 ページ: 1050-1061

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.8b00673

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] NRLMFβ: Beta-distribution-rescored neighborhood regularized logistic matrix factorization for improving the performance of drug?target interaction prediction2019

    • 著者名/発表者名
      Ban Tomohiro、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
    • 雑誌名

      Biochemistry and Biophysics Reports

      巻: 18 ページ: 100615-100615

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2019.01.008

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CoDe-DTI: Collaborative Deep Learning-based Drug-Target Interaction Prediction2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuo Nobuaki、Nakashima Yusuke、Sekijima Masakazu
    • 雑誌名

      Proceedings of 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine

      巻: - ページ: 792-797

    • DOI

      10.1109/bibm.2018.8621368

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Predicting Strategies for Lead Optimization via Learning to Rank2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuo Nobuaki、Watanabe Keisuke、Hara Hideto、Rikimaru Kentaro、Sekijima Masakazu
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: 11 号: 0 ページ: 41-47

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.11.41

    • NAID

      130007528710

    • ISSN
      1882-6679
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Compound property enhancement by virtual compound synthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Arai Naoki、Yoshikawa Shunsuke、Yasuo Nobuaki、Yoshino Ryunosuke、Sekijima Masakazu
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 16 号: 03 ページ: 1840016-1840016

    • DOI

      10.1142/s0219720018400164

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Correction to NMR Biochemical Assay for Oxidosqualene Cyclase: Evaluation of Inhibitor Activities on Trypanosoma cruzi and Human Enzymes2018

    • 著者名/発表者名
      Tani Osamu、Akutsu Yukie、Ito Shinji、Suzuki Takayuki、Tateishi Yukihiro、Yamaguchi Tomohiko、Niimi Tatsuya、Namatame Ichiji、Chiba Yasunori、Sakashita Hitoshi、Kubota Tomomi、Yanagi Tetsuo、Mizukami Shusaku、Hirayama Kenji、Furukawa Koji、Yamasaki Kazuhiko
    • 雑誌名

      Journal of Medicinal Chemistry

      巻: 61 号: 14 ページ: 6399-6399

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.8b01017

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] QEX: target-specific druglikeness filter enhances ligand-based virtual screening2018

    • 著者名/発表者名
      Mochizuki Masahiro、Suzuki Shogo D.、Yanagisawa Keisuke、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
    • 雑誌名

      Molecular Diversity

      巻: 23 号: 1 ページ: 11-18

    • DOI

      10.1007/s11030-018-9842-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In Silico Prediction of Major Clearance Pathways of Drugs among 9 Routes with Two-Step Support Vector Machines2018

    • 著者名/発表者名
      Wakayama Naomi、Toshimoto Kota、Maeda Kazuya、Hotta Shun、Ishida Takashi、Akiyama Yutaka、Sugiyama Yuichi
    • 雑誌名

      Pharmaceutical Research

      巻: 35 号: 10 ページ: 1-21

    • DOI

      10.1007/s11095-018-2479-1

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimization of memory use of fragment extension-based protein-ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm2018

    • 著者名/発表者名
      Yanagisawa Keisuke、Komine Shunta、Kubota Rikuto、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
    • 雑誌名

      Computational Biology and Chemistry

      巻: 印刷中 ページ: 399-406

    • DOI

      10.1016/j.compbiolchem.2018.03.013

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: A molecular dynamics simulation approach2018

    • 著者名/発表者名
      Wakui Naoki、Yoshino Ryunosuke、Yasuo Nobuaki、Ohue Masahito、Sekijima Masakazu
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Graphics and Modelling

      巻: 79 ページ: 166-174

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2017.11.011

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PKRank: a novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM2017

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shogo D.、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
    • 雑誌名

      Artificial Life and Robotics

      巻: - 号: 2 ページ: 205-212

    • DOI

      10.1007/s10015-017-0416-8

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Link Mining for Kernel-Based Compound-Protein Interaction Predictions Using a Chemogenomics Approach2017

    • 著者名/発表者名
      Ohue Masahito、Yamazaki Takuro、Ban Tomohiro、Akiyama Yutaka
    • 雑誌名

      In Proceedings of the Thirteenth International Conference On Intelligent Computing (ICIC2017) (Lecture Notes in Computer Science)

      巻: - ページ: 549-558

    • DOI

      10.1007/978-3-319-63312-1_48

    • ISBN
      9783319633114, 9783319633121
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient hyperparameter optimization by using Bayesian optimization for drug-target interaction prediction2017

    • 著者名/発表者名
      Ban Tomohiro、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
    • 雑誌名

      In Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS 2017)

      巻: - ページ: 1-8

    • DOI

      10.1109/iccabs.2017.8114299

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of type I and type II inhibitors of c-Yes kinase using in silico and experimental techniques2017

    • 著者名/発表者名
      Ramakrishnan Chandrasekaran、Mary Thangakani Anthony、Velmurugan Devadasan、Anantha Krishnan Dhanabalan、Sekijima Masakazu、Akiyama Yutaka、Gromiha M. Michael
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular Structure and Dynamics

      巻: 36 号: 6 ページ: 1566-1576

    • DOI

      10.1080/07391102.2017.1329098

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes2017

    • 著者名/発表者名
      Shuntaro Chiba, 他30名 (George Chikenji は16番目の著者)
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1038/s41598-017-10275-4

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshino Ryunosuke、Yasuo Nobuaki、Hagiwara Yohsuke、Ishida Takashi、Inaoka Daniel Ken、Amano Yasushi、Tateishi Yukihiro、Ohno Kazuki、Namatame Ichiji、Niimi Tatsuya、Orita Masaya、Kita Kiyoshi、Akiyama Yutaka、Sekijima Masakazu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1038/s41598-017-06411-9

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spresso: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition2017

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 印刷中 号: 23 ページ: 3836-3843

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btx178

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data2017

    • 著者名/発表者名
      Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Proceedings of The 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 2017)

      巻: - ページ: 114-119

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Throughput Screening and Prediction Model Building for Novel Hemozoin Inhibitors Using Physicochemical Properties. Antimicrob Agents Chemother2017

    • 著者名/発表者名
      Huy NT, Chi PL, Nagai J, Dang TN, Mbanefo EC, Ahmed AM, Long NP, Thoa LT, Hung LP, Titouna A, Kamei K, Ueda H, Hirayama K.
    • 雑誌名

      Antimicrob Agents Chemother

      巻: - 号: 2 ページ: 01607-01616

    • DOI

      10.1128/aac.01607-16

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Tacrolimus prevents murine cerebral malaria. Immunology2017

    • 著者名/発表者名
      Bao LQ, Nhi DM, Huy NT, Hamano S, Hirayama K
    • 雑誌名

      Immunology

      巻: 150 号: 2 ページ: 155-161

    • DOI

      10.1111/imm.12661

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rigid-Docking Approaches to Explore Protein-Protein Interaction Space2016

    • 著者名/発表者名
      Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology

      巻: ー ページ: 1-23

    • DOI

      10.1007/10_2016_41

    • ISBN
      9783319564593, 9783319564609
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners2016

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 105-115

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_105

    • NAID

      130005165366

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Association between nutritional status and dengue infection: a systematic review and meta-analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Thi Huyen Trang, Nguyen Phuoc Long, Tran Thi Minh Hue, Le Phi Hung, Tran Dinh Trung, Doan Ngoc Dinh, Nguyen Thien Luan, Nguyen Tien Huy, and Kenji Hirayama
    • 雑誌名

      BMC Infectious Diseases

      巻: 16 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1186/s12879-016-1498-y

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] オープンイノベーションによるIT創薬:コンテスト形式による薬剤候補化合物の探索2016

    • 著者名/発表者名
      関嶋政和
    • 雑誌名

      情報管理

      巻: 58 号: 12 ページ: 900-907

    • DOI

      10.1241/johokanri.58.900

    • NAID

      130005131231

    • ISSN
      0021-7298, 1347-1597
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a Support Vector Machine-Based System to Predict Whether a Compound Is a Substrate of a Given Drug Transporter Using Its Chemical Structure2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Ose, Kota Toshimoto, Kazushi Ikeda, Kazuya Maeda, Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama and Yuichi Sugiyama
    • 雑誌名

      Journal of Pharmaceuticl Sciences

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発2016

    • 著者名/発表者名
      青山健人、角田将典、松崎由理、石田貴士、秋山泰
    • 雑誌名

      情報処理学会論文誌コンピューティングシステム

      巻: 印刷中

    • NAID

      170000148059

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Proteomic profile of circulating immune complexes in chronic Chagas disease2016

    • 著者名/発表者名
      Ohyama K, Tien-Huy N, Haruka Yoshimi, Kishikawa N, Nishizawa JE, Iihoshi N, Roca Y, Avilas C, Gianella A, Lora J, Gutierrez F, Kuroda N and Hirayama K
    • 雑誌名

      Parasite Immunology

      巻: 印刷中

    • NAID

      120006987634

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target2015

    • 著者名/発表者名
      Chiba S, Akiyama Y, Sekijima M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1038/srep17209

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 2.Pharmacophore Modeling for Anti-Chagas Drug Design Using the Fragment Molecular Orbital Method2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshino R, Yasuo N, Inaoka DK, Hagiwara Y, Ohno K, Orita M, Inoue M, Shiba T, Harada S, Honma T, Balogun EO, da Rocha JR, Montanari CA, Kita K, Sekijima M
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 5 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0125829

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Drug Clearance Pathway Prediction Based on Semi-supervised Learning2015

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Yanagisawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics

      巻: 8 号: 0 ページ: 21-27

    • DOI

      10.2197/ipsjtbio.8.21

    • NAID

      130005094265

    • ISSN
      1882-6679
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Faster sequence homology searches by clustering subsequences2015

    • 著者名/発表者名
      Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 31 号: 8 ページ: 1183-1190

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btu780

    • 説明
      【掲載確定】印刷中
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ディープラーニングを用いたタンパク質 - リガンド結合予測手法の開発2019

    • 著者名/発表者名
      依田 洸, 安尾信明, 関嶋政和
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Mixed Realityを用いたタンパク質・リガンド立体構造可視化による医薬品設計支援システムの開発2019

    • 著者名/発表者名
      小山敦史, 安尾信明, 関嶋政和
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] リゾリン脂質の疎水性部は膜受容体結合時にどこに位置するか2019

    • 著者名/発表者名
      佐山美紗, 上水明治, 井上飛鳥, 青木淳賢, 関嶋政和, 尾谷優子, 大和田智彦
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] A Concept of Automated Lead Optimization Method by Compound Property Enhancement and Learning to Rank2018

    • 著者名/発表者名
      N. Yasuo, K. Watanabe, N. Arai,H. Hara, K. Rikimaru, M. Sekijima
    • 学会等名
      CBI学会2018年大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Development of Mixed Reality-based Protein and Ligand Tertiary Structure Visualization System2018

    • 著者名/発表者名
      小山 敦史, 安尾 信明, 関嶋 政和
    • 学会等名
      CBI学会2018年大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Mixed Realityを用いた蛋白質・リガンドの三次元可視化による創薬支援システムの開発2018

    • 著者名/発表者名
      小山 敦史, 安尾 信明, 関嶋 政和
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2018年大会(IIBMP2018)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 脂質リガンドの GPCR への結合機構の解明のための誘導体合成と計算科学の融合研究2018

    • 著者名/発表者名
      佐山 美紗,井上飛鳥,青木淳賢,広川 貴次,関嶋 政和,尾谷 優子,大和田 智彦
    • 学会等名
      日本薬学会第138年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Web-based systems to build virtual compound libraries with specified direction2018

    • 著者名/発表者名
      Nobuaki Yasuo, Naoki Arai, Shunsuke Yoshikawa, Ryunosuke Yoshino, Masakazu Sekijima
    • 学会等名
      Biophysical society 62nd annual meeting
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Feature extraction by enumerating lasso solutions for predicting plasma protein binding of peptide2018

    • 著者名/発表者名
      akashi Tajimi, Naoki Wakui, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
    • 学会等名
      The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 中分子IT創薬を加速する薬剤体内動態予測2018

    • 著者名/発表者名
      秋山泰
    • 学会等名
      第22回オープンバイオ研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング2017

    • 著者名/発表者名
      柳澤渓甫、大上雅史、石田貴士、秋山泰
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-49(6)
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学
    • 年月日
      2017-03-23
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Mixed Realityによる創薬支援システムの開発と応用2017

    • 著者名/発表者名
      坂本亘,関嶋政和
    • 学会等名
      第50回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] スマート創薬がAIと共に語りたい明日2017

    • 著者名/発表者名
      関嶋政和
    • 学会等名
      人工知能学会第104回人工知能基本問題研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] スーパーコンピューティング、AI、Mixed Ralityによる創薬基盤の開発とスマート創薬への応用」第62回構造生物応用研究会2017

    • 著者名/発表者名
      関嶋政和
    • 学会等名
      第62回構造生物応用研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] インシリコスクリーニング技術を用いた抗シャーガス病の治療薬探索2017

    • 著者名/発表者名
      吉野 龍ノ介 , 安尾 信明 , 萩原 陽介 , 石田 貴士 , 稲岡 健 , 天野 靖士 , 立石 幸寛 , 大野 一樹 , 生田目 一寿 , 新美 達也 , 折田 正弥 , 北 潔 , 秋山 泰 , 関嶋 政和
    • 学会等名
      第52回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 機械学習を用いた創薬におけるリード化合物最適化経路の予測2017

    • 著者名/発表者名
      安尾 信明 , 渡辺 敬介 , 新井 直樹 , 関嶋 政和
    • 学会等名
      第50回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Masahito Ohue and Masakazu Sekijima
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] スマート創薬の為の基盤環境整備と応用2017

    • 著者名/発表者名
      関嶋政和
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] スマート創薬に期待されるGPUによる高速化2017

    • 著者名/発表者名
      関嶋政和
    • 学会等名
      CBI 学会2017年大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] スーパーコンピューターと機械学習を用いた中分子創薬支援2017

    • 著者名/発表者名
      秋山泰
    • 学会等名
      第1回TechPitch
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ドッキング構造の機械学習を用いた高精度なバー チャルスクリーニング手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      安尾 信明, 関嶋 政和
    • 学会等名
      日本薬学会 第137年会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 機械学習を用いた化合物合成経路の予測2017

    • 著者名/発表者名
      渡辺 敬介, 安尾 信明, 新井 直樹, 関嶋 政和
    • 学会等名
      日本薬学会 第137年会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ランク学習を用いた創薬における化合物合成経路予測2017

    • 著者名/発表者名
      渡辺敬介,安尾信明,新井直樹,関嶋政和
    • 学会等名
      情報処理学会第79回全国大会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Random forestを用いたドッキング構造の学習によるバーチャルスクリーニングのポスト処理2017

    • 著者名/発表者名
      安尾信明,関嶋政和
    • 学会等名
      情報処理学会第79回全国大会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Mixed Realityを用いたタンパク質構造描画システムの開発2017

    • 著者名/発表者名
      坂本 亘,関嶋政和
    • 学会等名
      情報処理学会第79回全国大会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Postprocessing protein-ligand docking based on the distance among interaction energy vectors2016

    • 著者名/発表者名
      安尾信明,関嶋政和
    • 学会等名
      CBI学会2016年大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 年月日
      2016-10-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Drug repositioning for Chagas disease by docking simulation and in vitro assay2016

    • 著者名/発表者名
      吉野龍ノ介, 安尾信明, 黒田浩正, 関嶋政和
    • 学会等名
      CBI学会2016年大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 年月日
      2016-10-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化2016

    • 著者名/発表者名
      後藤公太、笠原浩太、大上雅史、中村春木、秋山泰
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(17)
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO2016

    • 著者名/発表者名
      柳澤渓甫、小峰駿太、鈴木翔吾、大上雅史、石田貴士、秋山泰
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(18)
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング2016

    • 著者名/発表者名
      鈴木翔吾、大上雅史、秋山泰
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(26)
    • 発表場所
      沖縄科学技術大学院大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] AI導入によるバイオテクノロジーの発展2018

    • 著者名/発表者名
      植田充美(監修)
    • 総ページ数
      234
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • ISBN
      9784781313153
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] SIEVE-Score

    • URL

      https://github.com/sekijima-lab/SIEVE-Score

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] CoDe-DTI

    • URL

      https://github.com/sekijima-lab/CoDe-DTI

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2020-03-30  

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