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転写伸長過程の数理モデルとベイズ統計に基づく逆問題解法

研究課題

研究課題/領域番号 15K12145
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関統計数理研究所

研究代表者

吉田 亮  統計数理研究所, モデリング研究系, 准教授 (70401263)

連携研究者 河岡 慎平  株式会社国際電気通信基礎技術研究所, 主任研究員 (70740009)
小山 慎介  統計数理研究所, モデリング研究系, 准教授 (20589999)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードベイズ統計 / 転写伸長 / 新生転写産物 / Total RNA-seq / 逆問題 / RNAシーケンス
研究成果の概要

Total RNA-seqと呼ばれるRNAシーケンスの技術とデータ科学の解析技術を組み合わせ,観測データからRNAポリメラーゼと呼ばれる転写活性酵素がゲノム上を移動するプロセス(転写伸長速度)を再構成する問題に取り組んだ.これまで転写伸長速度の包括的測定を目的にいくつかの実験技術が開発されてきたが,実験の難しさ・精度・コストの問題があり,広く普及するに至っていない.本研究により,汎用的な実験手法であるTotal RNA-seqとデータ科学の解析手法を組み合わせることで転写伸長のプロセスを再構成できることが実証された.これにより転写伸長研究における新しい可能性が切り拓かれることが期待される.

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2016 2015

すべて 学会発表 (6件) (うち招待講演 5件)

  • [学会発表] 状態空間モデルを用いた転写伸長速度の予測2016

    • 著者名/発表者名
      河村優美, 吉田亮, 小山慎介
    • 学会等名
      2016年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 生命科学におけるベイズ統計の先端応用2016

    • 著者名/発表者名
      吉田亮
    • 学会等名
      第68回日本細胞生物学会大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2016-06-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 統計的機械学習に基づくライフサイエンスの方法論2015

    • 著者名/発表者名
      吉田亮
    • 学会等名
      京都大学 第21回 Statistical Bioinformatics Seminar
    • 発表場所
      京都(京都大学)
    • 年月日
      2015-10-21
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ライフサイエンスにおけるベイズ統計の先端応用2015

    • 著者名/発表者名
      吉田亮
    • 学会等名
      名古屋大学大学院医学系研究科 基盤医学特論 オミクス解析学プログラム
    • 発表場所
      名古屋(名古屋大学大学院医学系研究科)
    • 年月日
      2015-10-07
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命科学におけるデータサイエンス駆動型アプローチの開拓と実践2015

    • 著者名/発表者名
      吉田亮
    • 学会等名
      がんゲノムの情報と数理
    • 発表場所
      東京(東京大学医科学研究所)
    • 年月日
      2015-09-30
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ライフサイエンス分野における統計科学の先進応用2015

    • 著者名/発表者名
      吉田亮
    • 学会等名
      東京大学医科学研究所 学友会セミナー
    • 発表場所
      東京(東京大学医科学研究所)
    • 年月日
      2015-08-31
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-22  

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