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自由エネルギー地形解析による異常プリオンタンパク質のフォールディング原理の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19700279
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

関嶋 政和  独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (80371053)

研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
1,940千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 240千円)
2008年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2007年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードコンピュータシミュレーション / 生命情報工学 / 分子動力学シミュレーション / タンパク質 / 隠れマルコフモデル / フォールディング / バイオインフォマティクス / フオールデイング
研究概要

大規模シミュレーションを実行することで、慣性半径(Rg, Radius of gyration)と初期構造からのRMSD (Root Mean Square Deviation)に対しての自由エネルギー地形を求め、マウスとウシのプリオンタンパク質に自由エネルギー最小な状態の他に、構造転換の中間状態となり得る準安定状態が存在することを示した。

報告書

(3件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (3件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] State transition probability analysis of protein folding based on large scale molecular dynamics simulation2008

    • 著者名/発表者名
      S. Tokunaga, K.Ikeda, S. Honda, Y. Sawada, Y. Muraoka,T. Noguchi, M. Sekijima
    • 雑誌名

      In Proceedingsof the 17th IASTED International Conference on Applied Simulation and Modelling (ASM2008)

      ページ: 164-169

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal Structure of a Ten-Amino Acid Protein2008

    • 著者名/発表者名
      S. Honda, et al.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 130

      ページ: 15327-31

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large Scale Computing for Protein-Protein Binding Free Energy Calculation2008

    • 著者名/発表者名
      J. Ikeda, et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2008 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications

      ページ: 771-775

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] State transition probability analysis of protein folding based on large scale molecular dynamics simulation2008

    • 著者名/発表者名
      S. Tokunaga, et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 77th IASTED International Conference on Applied Simulation and Modeling

      ページ: 164-169

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free Energy Landscape Analysis System based on Parallel Molecular Dynamics Simulation2007

    • 著者名/発表者名
      M. Sekijima, J. Doi, S. Honda, T. Noguchi, and S. Shimizu, and Y. Akiyama
    • 雑誌名

      IPSJ Transaction on Bioinformatics, Vol.48 No.SIG17(TBIO3)

      ページ: 30-39

    • NAID

      110006453191

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Development of Molecular Dynamics Simulation based Flexible Docking System2007

    • 著者名/発表者名
      S. Kimura, M. Sekijima, M. Takata, T. Noguchi, and K. Joe
    • 雑誌名

      In Proceedings of the 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007)

      ページ: 739-745

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Optimization of Molecular Dynamics Simulation on Cell Processor2007

    • 著者名/発表者名
      M. Sasaki, M. Sekijima, M. Takata, and K. Joe
    • 雑誌名

      In Proceedings of the 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007)

      ページ: 780-786

    • NAID

      110006345455

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Dvelopment of SVM based Prediction System for Metalbinding Sites in Protein2007

    • 著者名/発表者名
      M. Nakazawa, M. Takata, K. Yokota, T. Noguchi, M. Sekijima, and K. Joe
    • 雑誌名

      In Proceedings of the International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007)

      ページ: 972-978

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] High-Density Surface Reconstruction of Fine Arts and Documents for Complete Reproduction and Counterfeit Detection2007

    • 著者名/発表者名
      J. Doi, K. Shimizu, and M. Sekijima
    • 雑誌名

      In Proceedings of the 2007 IEEE International Conference on Networking, Sensing and Control (ICNSC2007)

      ページ: 392-397

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L2007

    • 著者名/発表者名
      M. Sekijima, J. Doi, T. Noguchi, and S. Shimizu
    • 雑誌名

      In Proceedingsof the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007)

      ページ: 257-262

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Free Energy Landscape Analysis System based on Parallel Molecular Dynamics Simulation2007

    • 著者名/発表者名
      M.Sekijima, et. al.
    • 雑誌名

      IPSJ Transaction on Bioznformatics Vol.48 No.SIG17(TBIO3)

      ページ: 30-39

    • NAID

      110006453191

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Density Surface Reconstruction of Fine Arts and Documents for Complete Reproduction and Counterfeit Detection2007

    • 著者名/発表者名
      J.Doi, et. al.
    • 雑誌名

      Prooeedings of the 2007 IEEE International Conference on Networking, Sensing and Control

      ページ: 392-397

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimization of Molecular Dynamics Simulation on Cell Processor2007

    • 著者名/発表者名
      M.Sasaki, et. al.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2007 International Conlerence on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications

      ページ: 780-786

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of a Ten-Amino Acid Protein

    • 著者名/発表者名
      S. Honda, T. Akiba, Y. Kato, Y. Sawada, M. Sekijima, M. Ishimura, A. Ooishi, H. Watanabe, T. Odahara, H. Kazuaki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society (accepted)

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Large Scale Computing for Protein-Protein Binding Free Energy Calculation

    • 著者名/発表者名
      J. Ikeda, K. Ohno, S. Akioka, M. Orita, Y. Muraoka, T. Noguchi, M. Sekijima
    • 雑誌名

      In Proceedings of the 2008 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2008)

      ページ: 771-775

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 超並列計算機を用いた生体分子解析 -疾病関連蛋白質解析と世界最小蛋白質設計への応用-2007

    • 著者名/発表者名
      関嶋政和、本田真也、野口保
    • 学会等名
      次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Free Energy Landscape Analysis of Prion Protein2007

    • 著者名/発表者名
      M. Sekijima, C. Motono, Y. Akiyama, and T.Noguchi
    • 学会等名
      51th Biophysical Society Annual Meeting
    • 発表場所
      Baltimore
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 超並列計算機を用いた生体分子解析 一疾病関連蛋白質解析と世界最小蛋白質設計への応用-2007

    • 著者名/発表者名
      関嶋 政和, ほか
    • 学会等名
      次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考] 招待講演 M. Sekijima,"Application of HPC to the analysis of disease related protein and the design of novel proteins",Hardware and software for large-scale biological computing in the next decade, 2007, Okinawa

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] 研究会報告 木村紗知、戸田幹人、関嶋政和、高田雅美、野口保、城和貴「タンパク質立体構造における時系列特徴抽出」情報処理学会研究会報告, 2009-MPS-73,pp.97-100,2009, 沖縄

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] 研究会報告 中澤昌美、高田雅美、横田恭宣、野口保、関嶋政和、城和貴「SVM を用いた生体分子への金属結合部位予測手法の提案」2009-MPS-73,pp.213-216, 2009, 沖縄

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] 研究会報告 徳永慎一、関嶋政和、村岡洋一、野口保「確率的情報処理による生体分子の熱揺らぎ解析に関する研究」情報処理学会研究会報告, 2007-BIO-11,pp.275-280,2007, 東京

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] 研究会報告 池田潤一、関嶋政和、村岡洋一、野口保「分子動力学法を用いたタンパク質・リガンドの相互作用解析」 情報処理学会研究会報告, 2007-MPS-67,pp.143-146,2007, 東京

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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