• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

次世代シークエンサーを用いた生殖系列のエピゲノム修飾とトランスクリプトーム解析

研究課題

研究課題/領域番号 22228004
研究種目

基盤研究(S)

配分区分補助金
研究分野 応用動物科学
研究機関東京農業大学

研究代表者

河野 友宏  東京農業大学, 応用生物科学部, 教授 (80153485)

研究分担者 外丸 祐介  広島大学, 自然科学研究支援センター, 教授 (90309352)
鈴木 穣  東京大学, 新領域形成研究科, 教授 (40323646)
研究協力者 小林 久人  東京農業大学, 応用生物科学部・生物資源ゲノム解析センター, 准教授 (70632727)
研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
217,620千円 (直接経費: 167,400千円、間接経費: 50,220千円)
2014年度: 43,680千円 (直接経費: 33,600千円、間接経費: 10,080千円)
2013年度: 43,680千円 (直接経費: 33,600千円、間接経費: 10,080千円)
2012年度: 43,680千円 (直接経費: 33,600千円、間接経費: 10,080千円)
2011年度: 42,380千円 (直接経費: 32,600千円、間接経費: 9,780千円)
2010年度: 44,200千円 (直接経費: 34,000千円、間接経費: 10,200千円)
キーワードDNA メチローム / 生殖系列 / 次世代シークエンサー / トランスクリプトーム / 始原生殖細胞 / 生殖細胞 / リプログラミング / DNAメチローム / 脱メチル化 / エピゲノム / DNAメチル化 / メチローム / イピゲノム
研究成果の概要

マウス生殖系列におけるDNAメチル化リプログラミングの全容解明に向け、次世代シークエンサーを用いて全シトシンの包括的メチル化解析およびトランスクリプトーム解析を実施した。卵子・精子では30%および80%であったDNAメチル化は、受精後脱メチル化を受け胚盤胞では18%に減少した。着床後E7.5エピブラストでは73%に急上昇したが、その後始原生殖細胞では急速に減少しE13.5では5%以下となった。トランスクリプトーム解析は、生殖系列におけるDNAメチロームを反映した遺伝子発現調節の実態を明らかにした。本研究は生殖系列全体のDNAメチロームおよびトランスクリプトームの全貌を初めて提示した。

評価記号
検証結果 (区分)

A+

評価記号
評価結果 (区分)

A+: 当初目標を超える研究の進捗があり、期待以上の成果が見込まれる

報告書

(9件)
  • 2015 研究進捗評価(検証) ( PDF )
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書   研究概要(研究進捗評価) ( PDF )   研究進捗評価(評価結果) ( PDF )
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (57件)

すべて 2015 2014 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (39件) (うち招待講演 7件) 図書 (2件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Dynamics of genomic 5-hydroxymethylcytosine during mouse oocyte growth2014

    • 著者名/発表者名
      Akihito Sakashita, Hisato Kobayashi, Takuya Wakai, Yuusuke Sotomaru, Kenichiro Hata, Tomohiro Kono
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 19 号: 8 ページ: 629-636

    • DOI

      10.1111/gtc.12164

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNAメチル化情報として生殖細胞に記憶される性差2014

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 雑誌名

      岩波科学

      巻: 84 ページ: 773-778

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Forced expression of DNA methyltransferases during oocyte growth accelerates the establishment of methylation imprints but not functional genomic imprinting2014

    • 著者名/発表者名
      Hara S, Takano T, Fujikawa T, Yamada M, Wakai T, Kono T, Obata Y
    • 雑誌名

      Hum Mol Genet

      巻: 23(10) 号: 14 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1093/hmg/ddu100

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epigenetic and transcriptional features of the novel human imprinted lncRNA GPR1AS suggest it is a functional ortholog to mouse Zdbf2linc.2013

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi H, Yanagisawa E, Sakashita A, Sugawara N, Kumakura S, Ogawa H, Akutsu H, Hata K, Nakabayashi K, Kono T.
    • 雑誌名

      Epigenetics

      巻: 8 (6) 号: 6 ページ: 635-645

    • DOI

      10.4161/epi.24887

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Long exposure to mature ooplasm can alter DNA methylation at imprinted loci in non-growing oocytes but not in prospermatogonia.2013

    • 著者名/発表者名
      Obata Y, Wakai T, Hara S, Kono T.
    • 雑誌名

      Reproduction

      巻: 147(1) ページ: 1-6

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mouse oocyte methylomes at base resolution reveal genome- wide accumulation of non-CpG methylation and role of DNA methyltransferases2013

    • 著者名/発表者名
      Shirane K, Toh H, Kobayashi H, Miura F, Chiba H, Ito T, Kono T, Sasaki H
    • 雑誌名

      PLoS Genet

      巻: 9(4) 号: 4 ページ: 303-306

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1003439

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Whole-exome sequencing of human pancreatic cancers and characterization of genomic instability caused by MLH1 haploinsufficiency and complete deficiency2012

    • 著者名/発表者名
      Wang L, Aburatani H, et al.
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 22 号: 3 ページ: 208-219

    • DOI

      10.1101/gr

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Imprinted DNA methylation reprogramming during early mouse embryogenesis at the Gprl-Zdbf2 locus is linked to long cis-intergenic transcription2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Hisato.
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 586 ページ: 827-833

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation analysis of germ cells by using bisulfite-based sequencing methods2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Hisato.
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 825 ページ: 223-235

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Contribution of intragenic DNA methylation in mouse gametic DNA methylomes to establish oocyte-specific heritable marks2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Hisato.
    • 雑誌名

      PLoS GENETICS

      巻: 8

    • NAID

      120005300482

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A tripartite paternally methylated region within the Gprl-Zdbf2 imprinted domain on mouse chromosome 1 identified by meDIP-on-chip.2010

    • 著者名/発表者名
      Hiura, Hitoshi.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 38 ページ: 4929-4945

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 卵子形成とエピジェネティクス2010

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 雑誌名

      HORMONE FRONTIER IN GYNECOLOGY

      巻: 5 ページ: 335-340

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] これからの生殖医療技術とその安全・安心 -遺伝子解析技術の進歩2015

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      岡大ARTセンターシンポジウム
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2015-01-25
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス生殖細胞・初期胚のDNAメチローム解析2014

    • 著者名/発表者名
      小林久人、坂下陽彦、若井拓哉、小池佐、佐野賢、河野友宏
    • 学会等名
      日本分子生物学会大会
    • 発表場所
      横浜国際展示場
    • 年月日
      2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 体細胞クローンマウス精子のDNAメチル化リプログラミング2014

    • 著者名/発表者名
      若井 拓哉、水谷英二、小林久人、若山 清香、坂下 陽彦、伊藤 隆司、 三浦 史仁、河野 友
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      横浜国際展示場
    • 年月日
      2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 体細胞クローンマウス精子のDNAメチレーションエラー2014

    • 著者名/発表者名
      河野友宏, 若井拓也, 水谷英二, 小林久人, 若山清香, 坂下陽彦, 三浦史仁, 伊藤隆司
    • 学会等名
      日本繁殖生物学会
    • 発表場所
      帯広畜産大学
    • 年月日
      2014-09-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide reprogramming by DNA demethylation during mouse oocyte growth and early development2014

    • 著者名/発表者名
      Akihiko SAKASHITA, Yosuke ISEKI, Mei NAKAJIMA, Takuya WAKAI, Hisato KOBAYASHI, Tomohiro KONO
    • 学会等名
      World Congress of Reproductive Biology
    • 発表場所
      Edinburgh (UK)
    • 年月日
      2014-09-03
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] High-resolution DNA methylome analysis of mouse germ cells2014

    • 著者名/発表者名
      Hisato Kobayash
    • 学会等名
      World Congress of Reproductive Biology
    • 発表場所
      Edinburgh (UK)
    • 年月日
      2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス初期胚における5hmCおよびH3K9me2の挙動とDNA脱メチル化制御機構2014

    • 著者名/発表者名
      坂下 陽彦、中島 芽生、若井 拓哉、小林 久人、井関陽介、河野 友宏
    • 学会等名
      本哺乳動物卵子学会
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル
    • 年月日
      2014-05-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 全ゲノムを対象としたメチローム解析が明らかにする雌雄差2014

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      染色体研究会
    • 発表場所
      東京医科大学病院
    • 年月日
      2014-04-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス配偶子における全ゲノム包括的DNAメチローム解析2011

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] DNAメチローム解析による生殖系列のリプログラミング評価2011

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      第56回日本生殖医学会学術講演会・総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Mouse genomic DNA methylomes show the role of intergenic DNA methylation in the establishment of oocyte-specific heritable marks2011

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Hisato.
    • 学会等名
      World Congress on Reproductive Biology & Society for Reproductive Biology
    • 発表場所
      オーストラリア・ケアンズ
    • 年月日
      2011-10-12
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] マウス配偶子における全ゲノム包括的DNAメチローム解析2011

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第104回日本繁殖生物学会大会
    • 発表場所
      いわて県民情報交流センター・アイーナ(盛岡)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] マウス始原生殖細胞の包括的DNAメチル化解析2011

    • 著者名/発表者名
      櫻井隆順
    • 学会等名
      第104回日本繁殖生物学会大会
    • 発表場所
      いわて県民情報交流センター・アイーナ(盛岡)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] エピゲノム解析(DNAメチローム解析)による卵子正常性の評価2011

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第52回日本哺乳動物卵子学会
    • 発表場所
      国際医療福祉大学本校(栃木)(招待講演)
    • 年月日
      2011-05-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Methylomes and transcriptomes in mouse germ cells2011

    • 著者名/発表者名
      Kono, Tomohiro.
    • 学会等名
      Fertility 2011
    • 発表場所
      アイルランド・ダブリン
    • 年月日
      2011-01-07
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Bisulphite Shotgun Sequencing法によるマウス生殖細胞の包括的DNAメチル化解析2010

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会(BMB2010)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(神戸市)
    • 年月日
      2010-12-08
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 着床前マウスクローン胚におけるトランスクリプトーム解析2010

    • 著者名/発表者名
      曹峰
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会(BMB2010)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(神戸市)
    • 年月日
      2010-12-07
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Methylomes and transcriptomes in mouse germ cell2010

    • 著者名/発表者名
      Kono, Tomohiro.
    • 学会等名
      International Symposium on "Epigenome Network, Devel opment and Reprogramming of Germ Cells"
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡市)
    • 年月日
      2010-11-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Whole genome bisulphite shotgun sequencing in mouse germ cells2010

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Hisato.
    • 学会等名
      International Symposium on "Epigenome Network, Development and Reprogramming of Germ Cells"
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡市)
    • 年月日
      2010-11-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 新規インプリント遺伝子zdbf2発現制御機構の解明2010

    • 著者名/発表者名
      櫻井隆順
    • 学会等名
      第103回日本繁殖生物学会大会
    • 発表場所
      北里大学獣医学部(十和田市)
    • 年月日
      2010-09-02
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Amplification-free whole-genome shotgun bisulfite sequencing of mouse primordial germ cells

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi H, Sakurai T, Miura F, Imai M, Mochiduki K, Yanagisawa E,Sakashita A, Wakai T, Suzuki Y, Ito T, Matsui Y, Kono T.
    • 学会等名
      Non-coding RNA, epigenetics and transgenerational inheritance 2013
    • 発表場所
      ケンブリッジ、イギリス
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] マウス生殖細胞における全ゲノム包括的DNAメチローム解析

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第7回 日本エピジェネティクス研究会
    • 発表場所
      奈良県新公会堂
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス卵母細胞におけるゲノム刷り込みの分子機構

    • 著者名/発表者名
      原 聡史,川原玲香、尾畑やよい、河野友宏
    • 学会等名
      第106回日本繁殖生物学会
    • 発表場所
      東京農工大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] マウス12番染色体非コードインプリント遺伝子の過剰発現モデルにおける表現型解析

    • 著者名/発表者名
      藤原真,高橋望,平田裕,外丸祐介, 河野友宏
    • 学会等名
      第106回日本繁殖生物学会
    • 発表場所
      東京農工大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] マウス卵子形成過程における5ヒドロキシメチル化シトシンのダイナミクス

    • 著者名/発表者名
      坂下陽彦, 小林久人, 井関陽介、若井拓也、外丸祐介、 河野友宏
    • 学会等名
      第106回日本繁殖生物学会
    • 発表場所
      東京農工大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] DNAメチローム解析によって明らかにされたマウス生殖系列のリプログラミング

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      日本遺伝学会第85回大会ワークショップ
    • 発表場所
      慶応義塾大学日吉キャンパス
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス卵子形成過程における5-hydroxymethylcytosine のダイナミク ス

    • 著者名/発表者名
      坂下陽彦、小林久人, 井関陽介、若井拓也、外丸祐介、 河野友宏
    • 学会等名
      第36回 日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] マウス12番染色体非コードインプリント遺伝子の過剰発現モデルに おける表現型解析

    • 著者名/発表者名
      藤原真、高橋望,平田裕,外丸祐介, 河野友宏
    • 学会等名
      第36回 日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ARTと生殖系列エピゲノムリプログラミング

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      第10回 東海ARTカンファレンス
    • 発表場所
      名古屋市(名鉄ニューグランドホテル)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 1番染色体におけるインプリント発現する大型介在性ノンコーディングRNA:Zdbf2lincの同定

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第6回エピジェネティクス研究会
    • 発表場所
      学術総合センター
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マウス卵子の減数分裂におけるH3K27me3の伝達機構

    • 著者名/発表者名
      若井拓哉
    • 学会等名
      第53回日本哺乳動物卵子学会
    • 発表場所
      千里ライフサイエンスセンター
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マウスにおける新規父方特異的メチル化DNA領域の探索

    • 著者名/発表者名
      坂下陽彦
    • 学会等名
      第53回日本哺乳動物卵子学会
    • 発表場所
      千里ライフサイエンスセンター
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マウス始原生殖細胞におけるDNAメチローム解析

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第105回日本繁殖生物学会
    • 発表場所
      筑波大学大学会館
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Whole-genome profiling of cytosine methylation in mouse primordial germ cells

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      Next Generation Sequencing Asia Congress 2012,
    • 発表場所
      Singapore
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] インプリント遺伝子クラスターGPR1-ZDBF2における転写調節・エピジェネティクス制御機構とヒト・マウスゲノム間の類似性

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      特定領域研究「生殖系列の世代サイクルとエピゲノムネットワーク」第5回シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学医学部構内芝蘭会館
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マウス始原生殖細胞におけるDNAメチローム解析

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マウス卵母細胞の成熟過程におけるミトコンドリアの動態

    • 著者名/発表者名
      若井拓哉
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 生殖系列のリプログラミングはどこまで理解できたか ― 体細胞から生殖系列への転換 ―

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 学会等名
      NIAS/NILGS合同シンポジウム
    • 発表場所
      エポカルつくば
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Amplification-free whole-genome shotgun bisulfite sequencing of mouse primordial germ cells

    • 著者名/発表者名
      小林久人
    • 学会等名
      Epigenetics & Chromatin: Interactions and Processes 2013
    • 発表場所
      ハーバードメディカルセンター、ボストン・アメリカ
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] 卵子学2011

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 出版者
      京都大学学術出版会
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 生命の誕生に向けて<第二版>生殖補助医療(ART)胚培養の理論と実際2011

    • 著者名/発表者名
      河野友宏
    • 出版者
      近代出版
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考] 動物発生工学研究室(河野研究室)

    • URL

      http://nodai-konolab.net/

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] 動物発生工学研究室

    • URL

      http://nodai-konolab.net

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.nodai-genome.org/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://nodai.cc-town.net/laboratory/single.php?id=27

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

URL: 

公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi