• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

ゲノム機能の適正な発現を担うインスレーターと非コードDNAの物理的特性

研究課題

研究課題/領域番号 25430169
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 ゲノム生物学
研究機関広島大学

研究代表者

坂本 尚昭  広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (00332338)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード非コードDNA / インスレーター / 反復配列 / ヌクレオソーム / エンハンサー遮断活性
研究成果の概要

ゲノムの非コードDNA中のインスレーターが隣接する遺伝子間の干渉を防ぐことは、ゲノムの適正な機能発現に重要である。本研究では、バフンウニで同定されたArsインスレーターの活性にはDNAの物理的特性が重要であること明らかにした。また、人工合成したトリヌクレオチドリピートの物理的特性を解析し、ATTリピートの特性がArsインスレーターの特性と類似していることが明らかになり、ヒトゲノムChIP-seqデータの数理的な解析からAATリピートの周辺部には整列したヌクレオソームが配置されることも示唆された。本研究の過程ではさらに、塩基配列に依存した構造を反映したDNAの弾性ネットワークモデルを構築した。

報告書

(4件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Simple Elastic Network Models for Exhaustive Analysis of Long Double-Stranded DNA Dynamics with Sequence Geometry Dependence2015

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Isami, Naoaki Sakamoto, Hiraku Nishimori, and Akinori Awazu
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 12 ページ: 143760-143760

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0143760

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 弾性ネットワークモデルを用いたゲノムの動態と機能の解析2016

    • 著者名/発表者名
      亀田健, 勇修平, 西森拓, 坂本尚昭, 粟津暁紀
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2016-03-19
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Simple elastic network models for exhoustive analysis of long double-stranded DNA dynamics with sequence geometry dependence.2016

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Isami, Naoaki Sakamoto, Hiraku Nishimori, Akinori Awazu
    • 学会等名
      The 7th Taiwan-Japan Joint Workshop for Young Scholar in Applied Mathematics
    • 発表場所
      National Cheng Kung Univ. (Taiwan)
    • 年月日
      2016-02-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Arsインスレーターにおける作用メカニズムの解析2016

    • 著者名/発表者名
      池谷淳, 亀田健, 勇修平, 山本卓, 粟津暁紀, 坂本尚昭
    • 学会等名
      第33回染色体ワークショップ・第14回核ダイナミクス研究会合同開催
    • 発表場所
      松島一の坊(宮城)
    • 年月日
      2016-01-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] バフンウニ初期発生における初期型ヒストン遺伝子動態の解析2016

    • 著者名/発表者名
      松下将也, 落合博, 山本卓, 粟津暁紀, 坂本尚昭
    • 学会等名
      第33回染色体ワークショップ・第14回核ダイナミクス研究会合同開催
    • 発表場所
      松島一の坊(宮城)
    • 年月日
      2016-01-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 弾性ネットワークモデルによるDNA配列依存的な力学特性と機能の関係の網羅的解析2016

    • 著者名/発表者名
      勇修平, 西森拓, 坂本尚昭, 粟津暁紀
    • 学会等名
      第33回染色体ワークショップ・第14回核ダイナミクス研究会合同開催
    • 発表場所
      松島一の坊(宮城)
    • 年月日
      2016-01-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 粗視化モデルを用いたDNAの塩基配列の特性と塩基配列に依存した構造・運動・機能・の関係の解析2016

    • 著者名/発表者名
      亀田健, 勇修平, 池谷淳, 西森拓, 坂本尚昭, 粟津暁紀
    • 学会等名
      第33回染色体ワークショップ・第14回核ダイナミクス研究会合同開催
    • 発表場所
      松島一の坊(宮城)
    • 年月日
      2016-01-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Simple elastic network models for exhoustive analysis of long double-stranded DNA dynamics with sequence geometry dependence.2015

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Isami, Atsushi Ikegaya, Naoaki Sakamoto, Hiraku Nishimori, Akinori Awazu
    • 学会等名
      4th International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics
    • 発表場所
      JMS Aster PLAZA. (Hiroshima)
    • 年月日
      2015-12-07
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis of the relationship among sequences, structures, motions and the functions of DNA by elastic network models.2015

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Isami, Sayuri Tatemoto, Atsushi Ikegaya, Hiraku Nishimori, Naoaki Sakamoto, Akinori Awazu
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] DNAの配列・構造・運動と機能の関係の考察2015

    • 著者名/発表者名
      勇 修平, 立本 小百合, 池谷 淳, 西森 拓, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本物理学会第70回年次大会
    • 発表場所
      早稲田大(東京)
    • 年月日
      2015-03-21 – 2015-03-24
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 弾性ネットワークモデルによるDNAの配列・構造・運動と機能の関係の考察2015

    • 著者名/発表者名
      勇 修平, 立本 小百合, 池谷 淳, 西森 拓, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      生命動態の分子メカニズムと数理
    • 発表場所
      京都大(京都)
    • 年月日
      2015-03-16 – 2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of dynamic characteristics of Ars-insulator by coarse-grained DNA models2014

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Isami, Sayuri Tatemoto, Atsushi Ikegaya, Naoaki Sakamoto, Hiraku Nishimori, Akinori Awazu
    • 学会等名
      The 4D Nucleome 2014
    • 発表場所
      安芸グランドホテル(広島)
    • 年月日
      2014-12-17 – 2014-12-20
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAの粗視化モデルによるArsインスレーターの力学的特性の考察2014

    • 著者名/発表者名
      勇 修平, 立本 小百合, 池谷 淳, 坂本 尚昭, 西森 拓, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      安芸グランドホテル(広島)
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-17
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of dynamic characteristics of Ars-insulator by coarse-grained models2014

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Isami, Sayuri Tatemoto, Hiraku Nishimori, Naoaki Sakamoto, Akinori Awazu
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 粗視化モデルを用いたArsインスレーターの力学的特性の考察2014

    • 著者名/発表者名
      勇 修平, 立本 小百合, 西森 拓, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本物理学会2014年秋季大会
    • 発表場所
      中部大(愛知)
    • 年月日
      2014-09-07 – 2014-09-10
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子動力学法を用いたDNAの塩基配列に依存した力学的特性の考察2014

    • 著者名/発表者名
      勇 修平, 立本 小百合, 西森 拓, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第6回中国四国支部大会
    • 発表場所
      とりぎん文化会館(鳥取)
    • 年月日
      2014-05-17 – 2014-05-18
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAの粗視化モデルによるArsインスレーターの運動性と機能性の解析

    • 著者名/発表者名
      山本 佳典, 立本 小百合, 西森 拓, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本物理学会 2013年 秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学常三島キャンパス
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAの粗視化モデルによるArsインスレーターの運動性と機能性の解析

    • 著者名/発表者名
      山本 佳典, 立本 小百合, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2014-07-25   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi