• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Functional machinery for non-coding RNAs

Administrative Group

Project AreaFunctional machinery for non-coding RNAs
Project/Area Number 21115001
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

TOMARI Yukihide  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90447368)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) KAGEYAMA Yuji  神戸大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90335480)
SUZUKI Takeo  東京大学, 大学院工学系研究科, 講師 (90533125)
TEI Kumiko  東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50213327)
NAKAZAWA Takanobu  大阪大学, 大学院薬学研究科, 特任准教授 (00447335)
WADA Takeshi  東京理科大学, 薬学部, 教授 (90240548)
SADO Takashi  近畿大学, 農学部, 教授 (70321601)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) SIOMI Mikiko  東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (20322745)
MIYAGAWA Satomi  大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任講師 (90291153)
NAKAGAWA Shinichi  独立行政法人理化学研究所, 中川RNA 生物学研究室, 准主任研究員 (50324679)
TAKESHITA Fumitaka  独立行政法人国立がんセンター, 分子細胞治療研究分野, 主任研究員 (40466199)
ODA Takeaki  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 研究員 (00608523)
YAMASHITA Akio  横浜市立大学, 医学部, 講師 (20405020)
NISHIMURA Yukiko  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 特任助教 (30514567)
Project Period (FY) 2009-07-23 – 2014-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Keywords遺伝子 / 発現制御 / 核酸 / 蛋白質 / ゲノム
Outline of Annual Research Achievements

H21~25年度の新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」領域からは非コードRNA動作原理に関する優れた研究成果が多数生み出され、本領域はホームページや雑誌企画、ワークショップ、一般向けのプレスリリースなど、外部に対して積極的に情報を発信し、得られた研究成果を社会に還元するように努めてきた。これまで、当該分野で顕著な成果を上げている海外の研究者と共に国際シンポジウムを開催することで、国際的にもこの分野を牽引する日本の非コードRNA研究を世界に向けて発信してきた。平成26年度の本研究取りまとめにおいては、過去の実績を踏まえ、本領域の研究期間である5年間を通して得られた研究成果を取りまとめ、その全体像を当該学問領域のみならず、一般国民に分かりやすく還元すると共に情報の発信を継続することを目的として下記の計画を遂行した。
①本分野をリードする著名な海外の研究者を第37回日本分子生物学会年会シンポジウムおよびワークショップに招聘するとともに、本領域主催の「非コードRNA作用マシナリー」をテーマとした国際シンポジウムの開催し、領域の研究成果を国内外に発信すると共に海外の研究者との情報交換を強化した。②領域の研究成果を広く社会・国民に発信するためのアウトリーチ活動の一環として、領域班員がRNA関連研究を伝える活動を地域の教育・研究機関で行った。③領域の研究成果や上記イベント等を広報するために、引き続きncrna.jpドメインを維持し、ホームページやブログを継続公開・更新した。④研究成果をわかりやすくまとめた成果報告書を作成し、本領域外の科学分野面にも広く配布した。
以上のように、本領域の研究成果を当該分野のみならず、広く一般国民に還元することができたと考える。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(7 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2014 2013 2012 2011 2010 2009 Other

All Journal Article (20 results) (of which Peer Reviewed: 20 results) Remarks (6 results)

  • [Journal Article] Elements and machinery of non-coding RNAs : toward their taxonomy2014

    • Author(s)
      Hirose T, Mishima Y, Tomari Y.
    • Journal Title

      EMBO Rep

      Volume: 15(5) Pages: 489-507

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear lncRNAs as epigenetic regulators-beyond skepticism2014

    • Author(s)
      Nakagawa S, Kageyama Y.
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta

      Volume: 39(3) Pages: 215-222

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Making piRNAs in vitro2014

    • Author(s)
      Kawaoka S, Katsuma S, Tomari Y.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 1093 Pages: 35-46

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hsp90 facilitates accurate loading of precursor piRNAs into PIWI proteins2013

    • Author(s)
      Izumi N, Kawaoka S, Yasuhara S, Suzuki Y, Sugano S, Katsuma S, Tomari Y.
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 19(7) Pages: 896-901

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The comprehensive epigenome map of piRNA clusters2013

    • Author(s)
      Kawaoka S, Hara K, Shoji K, Kobayashi M, Shimada T, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Katsuma S
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res

      Volume: 41(3) Pages: 1581-1590

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Targeted gene silencing in mouse germ cells by insertion of a homologous DNA into a piRNA generating locus2013

    • Author(s)
      Yamamoto Y, Watanabe T, Hoki Y, Shirane K, Li Y, Ichiiyanagi K, Kuramochi-Miyagawa S, Toyoda A, Fujiyama A, Oginuma M, Suzuki H, Sado T, Nakano T, Sasaki H
    • Journal Title

      Genome Res

      Volume: 23(2) Pages: 292-299

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and function of Zucchini endoribonuclease in piRNA biogenesis2012

    • Author(s)
      Nishimasu H, Ishizu H, Saito K, Fukuhara S, Kamatani MK, Bonnefond L, Matsumoto N, Nishizawa T, Nakanaga K, Aoki J, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 491(7423) Pages: 284-287

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A role for transcription from a piRNA cluster in de novo piRNA production2012

    • Author(s)
      Kawaoka S, Mitsutake H, Kiuchi T, Kobayashi M, Yoshikawa M, Suzuki Y, Sugano S, Shimada T, Kobayashi J, Tomari Y, Katsuma S
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 18(2) Pages: 265-273

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Translational inhibition by deadenylation-independent mechanisms is central to microRNA-mediated silencing in zebrafish2012

    • Author(s)
      Mishima Y, Fukao A, Kishimoto T, Sakamoto H, Fujiwara T, Inoue K
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA

      Volume: 109(4) Pages: 1104-1109

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA and epigenetic silencing : insight from fission yeast2012

    • Author(s)
      Goto DB, Nakayama J.
    • Journal Title

      Dev Growth Differ

      Volume: 54(1) Pages: 129-141

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The silkworm W chromosome is a source of female-enriched piRNAs2011

    • Author(s)
      Kawaoka S, Kadota K, Arai Y, Suzuki Y, Fujii T, Abe H, Yasukochi Y, Mita K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 17(12) Pages: 2144-2151

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 3' end formation of PIWI-interacting RNAs in vitro2011

    • Author(s)
      Kawaoka S, Izumi N, Katsuma S, Tomari Y
    • Journal Title

      Mol Cell

      Volume: 43(6) Pages: 1015-1022

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Zygotic amplification of secondary piRNAs during silkworm embryogenesis2011

    • Author(s)
      Kawaoka S, Arai Y, Kadota K, Suzuki Y, Hara K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 17(7) Pages: 1401-1407

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role for piRNAs and noncoding RNA in de novo DNA methylation of the imprinted mouse Rasgrf1 locus2011

    • Author(s)
      Watanabe T, Tomizawa S, Mitsuya K, Totoki Y, Yamamoto Y, Kuramochi-Miyagawa S, Iida N, Hoki Y, Murphy PJ, Toyoda A, Gotoh K, Hiura H, Arima T, Fujiyama A, Sado T, Shibata T, Nakano T, Lin H, Ichiyanagi K, Soloway PD, Sasaki H
    • Journal Title

      Science

      Volume: 332 Pages: 848-852

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MITOPLD is a mitochondrial protein essential for nuage nuage formation and piRNA buigenesis in the mouse germline2011

    • Author(s)
      Watanabe T, Chuma S, Yamamoto Y, Kuramochi-Miyagawa S, Totoki Y, Toyoda A, Hoki Y, Fujiyama A, Shibata T, Sado T, Noce T, Nakano T, Nakatsuji N, Lin H, Sasaki H
    • Journal Title

      Dev Cell

      Volume: 23 Pages: 364-375

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hsc70/Hsp90 chaperone machinery mediates ATP-dependent RISC loading of small RNA duplexes2010

    • Author(s)
      Iwasaki S, Kobayashi M, Yoda M, Sakaguchi Y, Katsuma S, Suzuki T, Tomari Y
    • Journal Title

      Mol Cell

      Volume: 39(2) Pages: 292-299

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sunspot, a link between Wingless signaling and endoreplication in Drosophila2010

    • Author(s)
      Taniue K, Nishida A, Hamada F, Sugie A, Oda T, Ui-Tei K, Tabata T, Akiyama T
    • Journal Title

      Development

      Volume: 137(10) Pages: 1755-1764

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Agmatine-conjugated cytidine in a tRNA anticodon is essential for AUA decoding in archaea2010

    • Author(s)
      Ikeuchi Y, Kimura S, Numata T, Nakamura D, Yokogawa T, Ogata T, Wada T, Suzuki T, Suzuki T
    • Journal Title

      Nat Chem Biol

      Volume: 6(4) Pages: 277-282

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA silencing in germlines--exquisite collaboration of Argonaute proteins with small RNAs for germline survival2009

    • Author(s)
      Siomi MC, Kuramochi-Miyagawa S
    • Journal Title

      Curr. Opin. Cell. Biol

      Volume: 21(3) Pages: 426-434

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Yb integrates piRNA intermediates and processing factors into perinuclear bodies to enhance piRISC assembly

    • Author(s)
      Murota Y, Ishizu H, Nakagawa, S, Iwasaki YW, Shibata S, Kamatani, MK, Saito K, Okano H, Siomi H and Siomi MC
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: (in press)

    • Related Report
      2013 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Remarks] 新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」ホームページ

    • URL

      https://ncrna.jp/machinery/

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks] 新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」

    • URL

      http://ncrna/jp/index.html

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Remarks] 新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」

    • URL

      http://ncrna.jp/index.html

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Remarks] 「非コードRNA作用マシナリー」のwebページ

    • URL

      http://ncrna.jp/index.html

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Remarks] 「非コードRNA作用マシナリー」のwebページ

    • URL

      http://ncrna.jp/index.html

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Remarks] 「非コード作用マシナリー」のwebページ

    • URL

      http://ncrna.jp/index.html

    • Related Report
      2009 Annual Research Report

URL: 

Published: 2009-04-01   Modified: 2019-07-29  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi