Functional machinery for non-coding RNAs

• Project Area: Functional machinery for non-coding RNAs
• Project/Area Number: 21115001
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: TOMARI Yukihide 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90447368)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): KAGEYAMA Yuji 神戸大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90335480) ; SUZUKI Takeo 東京大学, 大学院工学系研究科, 講師 (90533125) ; TEI Kumiko 東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50213327) ; NAKAZAWA Takanobu 大阪大学, 大学院薬学研究科, 特任准教授 (00447335) ; WADA Takeshi 東京理科大学, 薬学部, 教授 (90240548) ; SADO Takashi 近畿大学, 農学部, 教授 (70321601)
• Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha): SIOMI Mikiko 東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (20322745) ; MIYAGAWA Satomi 大阪大学, 大学院医学系研究科, 特任講師 (90291153) ; NAKAGAWA Shinichi 独立行政法人理化学研究所, 中川RNA 生物学研究室, 准主任研究員 (50324679) ; TAKESHITA Fumitaka 独立行政法人国立がんセンター, 分子細胞治療研究分野, 主任研究員 (40466199) ; ODA Takeaki 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 研究員 (00608523) ; YAMASHITA Akio 横浜市立大学, 医学部, 講師 (20405020) ; NISHIMURA Yukiko 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 特任助教 (30514567)
• Project Period (FY): 2009-07-23 – 2014-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2014)
• Keywords: 遺伝子 / 発現制御 / 核酸 / 蛋白質 / ゲノム

Outline of Annual Research Achievements

H21～25年度の新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」領域からは非コードRNA動作原理に関する優れた研究成果が多数生み出され、本領域はホームページや雑誌企画、ワークショップ、一般向けのプレスリリースなど、外部に対して積極的に情報を発信し、得られた研究成果を社会に還元するように努めてきた。これまで、当該分野で顕著な成果を上げている海外の研究者と共に国際シンポジウムを開催することで、国際的にもこの分野を牽引する日本の非コードRNA研究を世界に向けて発信してきた。平成26年度の本研究取りまとめにおいては、過去の実績を踏まえ、本領域の研究期間である５年間を通して得られた研究成果を取りまとめ、その全体像を当該学問領域のみならず、一般国民に分かりやすく還元すると共に情報の発信を継続することを目的として下記の計画を遂行した。
①本分野をリードする著名な海外の研究者を第37回日本分子生物学会年会シンポジウムおよびワークショップに招聘するとともに、本領域主催の「非コードRNA作用マシナリー」をテーマとした国際シンポジウムの開催し、領域の研究成果を国内外に発信すると共に海外の研究者との情報交換を強化した。②領域の研究成果を広く社会・国民に発信するためのアウトリーチ活動の一環として、領域班員がRNA関連研究を伝える活動を地域の教育・研究機関で行った。③領域の研究成果や上記イベント等を広報するために、引き続きncrna.jpドメインを維持し、ホームページやブログを継続公開・更新した。④研究成果をわかりやすくまとめた成果報告書を作成し、本領域外の科学分野面にも広く配布した。
以上のように、本領域の研究成果を当該分野のみならず、広く一般国民に還元することができたと考える。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] Elements and machinery of non-coding RNAs : toward their taxonomy (2014)
  • Author(s): Hirose T, Mishima Y, Tomari Y.
  • Journal Title: EMBO Rep Volume: 15(5) Pages: 489-507
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nuclear lncRNAs as epigenetic regulators-beyond skepticism (2014)
  • Author(s): Nakagawa S, Kageyama Y.
  • Journal Title: Biochim Biophys Acta Volume: 39(3) Pages: 215-222
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Making piRNAs in vitro (2014)
  • Author(s): Kawaoka S, Katsuma S, Tomari Y.
  • Journal Title: Methods Mol Biol Volume: 1093 Pages: 35-46
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hsp90 facilitates accurate loading of precursor piRNAs into PIWI proteins (2013)
  • Author(s): Izumi N, Kawaoka S, Yasuhara S, Suzuki Y, Sugano S, Katsuma S, Tomari Y.
  • Journal Title: RNA Volume: 19(7) Pages: 896-901
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The comprehensive epigenome map of piRNA clusters (2013)
  • Author(s): Kawaoka S, Hara K, Shoji K, Kobayashi M, Shimada T, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Katsuma S
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Volume: 41(3) Pages: 1581-1590
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Targeted gene silencing in mouse germ cells by insertion of a homologous DNA into a piRNA generating locus (2013)
  • Author(s): Yamamoto Y, Watanabe T, Hoki Y, Shirane K, Li Y, Ichiiyanagi K, Kuramochi-Miyagawa S, Toyoda A, Fujiyama A, Oginuma M, Suzuki H, Sado T, Nakano T, Sasaki H
  • Journal Title: Genome Res Volume: 23(2) Pages: 292-299
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure and function of Zucchini endoribonuclease in piRNA biogenesis (2012)
  • Author(s): Nishimasu H, Ishizu H, Saito K, Fukuhara S, Kamatani MK, Bonnefond L, Matsumoto N, Nishizawa T, Nakanaga K, Aoki J, Ishitani R, Siomi H, Siomi MC, Nureki O
  • Journal Title: Nature Volume: 491(7423) Pages: 284-287
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A role for transcription from a piRNA cluster in de novo piRNA production (2012)
  • Author(s): Kawaoka S, Mitsutake H, Kiuchi T, Kobayashi M, Yoshikawa M, Suzuki Y, Sugano S, Shimada T, Kobayashi J, Tomari Y, Katsuma S
  • Journal Title: RNA Volume: 18(2) Pages: 265-273
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Translational inhibition by deadenylation-independent mechanisms is central to microRNA-mediated silencing in zebrafish (2012)
  • Author(s): Mishima Y, Fukao A, Kishimoto T, Sakamoto H, Fujiwara T, Inoue K
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci USA Volume: 109(4) Pages: 1104-1109
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA and epigenetic silencing : insight from fission yeast (2012)
  • Author(s): Goto DB, Nakayama J.
  • Journal Title: Dev Growth Differ Volume: 54(1) Pages: 129-141
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The silkworm W chromosome is a source of female-enriched piRNAs (2011)
  • Author(s): Kawaoka S, Kadota K, Arai Y, Suzuki Y, Fujii T, Abe H, Yasukochi Y, Mita K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S
  • Journal Title: RNA Volume: 17(12) Pages: 2144-2151
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 3' end formation of PIWI-interacting RNAs in vitro (2011)
  • Author(s): Kawaoka S, Izumi N, Katsuma S, Tomari Y
  • Journal Title: Mol Cell Volume: 43(6) Pages: 1015-1022
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Zygotic amplification of secondary piRNAs during silkworm embryogenesis (2011)
  • Author(s): Kawaoka S, Arai Y, Kadota K, Suzuki Y, Hara K, Sugano S, Shimizu K, Tomari Y, Shimada T, Katsuma S
  • Journal Title: RNA Volume: 17(7) Pages: 1401-1407
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Role for piRNAs and noncoding RNA in de novo DNA methylation of the imprinted mouse Rasgrf1 locus (2011)
  • Author(s): Watanabe T, Tomizawa S, Mitsuya K, Totoki Y, Yamamoto Y, Kuramochi-Miyagawa S, Iida N, Hoki Y, Murphy PJ, Toyoda A, Gotoh K, Hiura H, Arima T, Fujiyama A, Sado T, Shibata T, Nakano T, Lin H, Ichiyanagi K, Soloway PD, Sasaki H
  • Journal Title: Science Volume: 332 Pages: 848-852
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MITOPLD is a mitochondrial protein essential for nuage nuage formation and piRNA buigenesis in the mouse germline (2011)
  • Author(s): Watanabe T, Chuma S, Yamamoto Y, Kuramochi-Miyagawa S, Totoki Y, Toyoda A, Hoki Y, Fujiyama A, Shibata T, Sado T, Noce T, Nakano T, Nakatsuji N, Lin H, Sasaki H
  • Journal Title: Dev Cell Volume: 23 Pages: 364-375
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hsc70/Hsp90 chaperone machinery mediates ATP-dependent RISC loading of small RNA duplexes (2010)
  • Author(s): Iwasaki S, Kobayashi M, Yoda M, Sakaguchi Y, Katsuma S, Suzuki T, Tomari Y
  • Journal Title: Mol Cell Volume: 39(2) Pages: 292-299
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Sunspot, a link between Wingless signaling and endoreplication in Drosophila (2010)
  • Author(s): Taniue K, Nishida A, Hamada F, Sugie A, Oda T, Ui-Tei K, Tabata T, Akiyama T
  • Journal Title: Development Volume: 137(10) Pages: 1755-1764
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Agmatine-conjugated cytidine in a tRNA anticodon is essential for AUA decoding in archaea (2010)
  • Author(s): Ikeuchi Y, Kimura S, Numata T, Nakamura D, Yokogawa T, Ogata T, Wada T, Suzuki T, Suzuki T
  • Journal Title: Nat Chem Biol Volume: 6(4) Pages: 277-282
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA silencing in germlines--exquisite collaboration of Argonaute proteins with small RNAs for germline survival (2009)
  • Author(s): Siomi MC, Kuramochi-Miyagawa S
  • Journal Title: Curr. Opin. Cell. Biol Volume: 21(3) Pages: 426-434
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Yb integrates piRNA intermediates and processing factors into perinuclear bodies to enhance piRISC assembly
  • Author(s): Murota Y, Ishizu H, Nakagawa, S, Iwasaki YW, Shibata S, Kamatani, MK, Saito K, Okano H, Siomi H and Siomi MC
  • Journal Title: Cell Reports Volume: (in press)
  • Peer Reviewed
• [Remarks] 新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」ホームページ
  • URL: https://ncrna.jp/machinery/
• [Remarks] 新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」
  • URL: http://ncrna/jp/index.html
• [Remarks] 新学術領域研究「非コードRNA作用マシナリー」
  • URL: http://ncrna.jp/index.html
• [Remarks] 「非コードRNA作用マシナリー」のwebページ
  • URL: http://ncrna.jp/index.html
• [Remarks] 「非コードRNA作用マシナリー」のwebページ
  • URL: http://ncrna.jp/index.html
• [Remarks] 「非コード作用マシナリー」のwebページ
  • URL: http://ncrna.jp/index.html