ノンコーディングRNAから産生されるタンパク質の生理機能

• Project Area: Multifaceted Proteins: Expanding and Transformative Protein World
• Project/Area Number: 20H05928
• Research Category: Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Transformative Research Areas, Section (III)
• Research Institution: Nagoya University (2023-2024); Kyushu University (2020-2022)
• Principal Investigator: 松本 有樹修 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (60741519)
• Project Period (FY): 2020-11-19 – 2025-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥120,250,000 (Direct Cost: ¥92,500,000、Indirect Cost: ¥27,750,000); Fiscal Year 2024: ¥20,280,000 (Direct Cost: ¥15,600,000、Indirect Cost: ¥4,680,000); Fiscal Year 2023: ¥20,670,000 (Direct Cost: ¥15,900,000、Indirect Cost: ¥4,770,000); Fiscal Year 2022: ¥20,670,000 (Direct Cost: ¥15,900,000、Indirect Cost: ¥4,770,000); Fiscal Year 2021: ¥19,630,000 (Direct Cost: ¥15,100,000、Indirect Cost: ¥4,530,000); Fiscal Year 2020: ¥39,000,000 (Direct Cost: ¥30,000,000、Indirect Cost: ¥9,000,000)
• Keywords: Long non-coding RNA / ポリペプチド

Outline of Research at the Start

Long non-coding RNA（lncRNA）の定義は「タンパク質をコードしない200塩基以上のRNA」とされているが、われわれはこれまでにlncRNAに存在する小さなORFから翻訳される新規タンパク質を同定した。すなわち、これらlncRNAは「ノンコーディング」ではなく「コーディング」RNAである。本申請課題ではこのような新規タンパク質を網羅的に同定し、生理機能を明らかにしていく。

Outline of Annual Research Achievements

Long non-coding RNA（lncRNA）の定義は「タンパク質をコードしない200塩基以上のRNA」とされているが、われわれはこれまでにlncRNAに存在する小さなORFから翻訳される新規タンパク質を同定し、それらが重要な機能を持つことを明らかにした [Matsumoto et al., Nature 541: 228-232 (2017)]。すなわち、これらlncRNAは「ノンコーディング」ではなく、「コーディング」RNAであり、存在すらしないと思われていた未開拓のタンパク質を翻訳している。lncRNAは進化に伴い数が増加し、組織特異的に発現するlncRNAはその数が進化と共に飛躍的に増加することが知られている。さらにlncRNAは、組織特異的(脳や精巣、血球系、肝臓など)に発現しているlncRNAが多い。すなわち、lncRNAと思われていたRNAから翻訳されるタンパク質も同様に、組織特異的に発現し、進化と共にその数が増加していくと考えられる。
昨年度までにノックアウトマウスを用いて行動解析や妊孕性の確認などを行い、さらにタグノックインマウスの組織を用いて、免疫沈降と質量分析解析により、新規タンパク質に対する結合タンパク質などを同定しており、それらリストを元に詳細な分子機構の解析を進めている。また分子機構の解析をさらに進めるために、関連する因子のノックアウトマウスなどの作成も行った。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の予定通り、結合因子を元にした分子機構の解析が進行中である。

Strategy for Future Research Activity

詳細に分子機構の解析を進めるために、関連する因子とのダブルノックアウトマウスなどの作成も進めていくことにより、詳細な分子機構を明らかにしていく。

Research Products

• [Journal Article] Identification of unannotated coding sequences and their physiological functions (2022)
  • Author(s): Ichihara Kazuya、Nakayama Keiichi I、Matsumoto Akinobu
  • Journal Title: The Journal of Biochemistry Volume: 173 Issue: 4 Pages: 237-242
  • DOI: 10.1093/jb/mvac064
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Kastor and Polluks polypeptides encoded by a single gene locus cooperatively regulate VDAC and spermatogenesis. (2022)
  • Author(s): Mise S#, Matsumoto A#*, Shimada K, Hosaka T, Takahashi M, Ichihara K, Shimizu H, Shiraishi C, Saito D, Suyama M, Yasuda T, Ide T, Izumi Y, Bamba T, Kimura-Someya T, Shirouzu M, Miyata H, Ikawa M, Nakayama KI*.
  • Journal Title: Nat. Commun. Volume: 13(1) Issue: 1 Pages: 1071-1071
  • DOI: 10.1038/s41467-022-28677-y
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A ubiquitin-like protein encoded by the “noncoding” RNA TINCR promotes keratinocyte proliferation and wound healing (2021)
  • Author(s): Nita Akihiro、Matsumoto Akinobu、Tang Ronghao、Shiraishi Chisa、Ichihara Kazuya、Saito Daisuke、Suyama Mikita、Yasuda Tomoharu、Tsuji Gaku、Furue Masutaka、Katayama Bumpei、Ozawa Toshiyuki、Murata Teruasa、Dainichi Teruki、Kabashima Kenji、Hatano Atsushi、Matsumoto Masaki、Nakayama Keiichi I.
  • Journal Title: PLOS Genetics Volume: 17 Issue: 8 Pages: 1009686-1009686
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1009686
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] Translatome解析を基軸とした生命分子基盤の解明 (2023)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: The 2nd Yon-moku Forum
  • Invited
• [Presentation] Identification of hidden ORFs and their biological significance (2023)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 35th Tokyo RNA club
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Hidden ORF の同定と機能解析 (2023)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 第 21 回遺伝学談話会
  • Invited
• [Presentation] Hidden ORFの同定と機能解析 (2023)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 2023年度植物RNA研究者ネットワークシンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Translatome解析を基軸とした生命分子基盤の解明 (2023)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 日本薬学会 東海支部主催 特別講演会
  • Invited
• [Presentation] Hidden ORFの同定と機能解析 およびその発現制御機構の解明 (2022)
  • Author(s): 松本 有樹修
  • Organizer: タンパク質研究シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] 発見：ゲノムに隠れていたタンパク質たちとその働き (2022)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 生命誌の日(JT生命誌研究館セミナー)
  • Invited
• [Presentation] 未踏ORFの同定と生理機能の解析 (2021)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 日本プロテオーム学会2021年大会
  • Invited
• [Presentation] Translation of long non-coding RNAs and brain evolution (2021)
  • Author(s): Akinobu Matsumoto
  • Organizer: 第44回日本神経科学大会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 未踏ORFの生命科学 (2021)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 第15回日本臨床ストレス応答学会
  • Invited
• [Presentation] 未踏ORFの生命科学 (2021)
  • Author(s): 松本有樹修
  • Organizer: 循環器研究会CREATEシンポジウム
  • Invited