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Understanding the holism of the brain by whole rodent brain simulation

Planned Research

Project AreaHolism in neuroscience: Large-scale recording and simulation
Project/Area Number 21H05137
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

Igarashi Jun  国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 上級研究員 (60452827)

Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥30,030,000 (Direct Cost: ¥23,100,000、Indirect Cost: ¥6,930,000)
Fiscal Year 2023: ¥10,920,000 (Direct Cost: ¥8,400,000、Indirect Cost: ¥2,520,000)
Fiscal Year 2022: ¥10,920,000 (Direct Cost: ¥8,400,000、Indirect Cost: ¥2,520,000)
Fiscal Year 2021: ¥8,190,000 (Direct Cost: ¥6,300,000、Indirect Cost: ¥1,890,000)
Keywordsスパイキングニューラルネットワーク / 大脳皮質 / 小脳 / 大脳基底核 / コネクトーム / 筋骨格 / 神経振動 / HPC / Spiking Neural Networks / 視床 / データ同化 / 高性能計算 / 全脳シミュレーション
Outline of Research at the Start

脳・身体・外界が相互作用する中で実行される脳の高次認知処理において、複数脳領域が一つのシステムとして協調動作する機構はよくわかっていない。本研究課題では大型計算機の膨大な並列計算性能を利用して、大規模脳計測データやコネクトームデータに基づくげっ歯類全脳と身体モデルの連関シミュレーションを実現する。そのため、大規模計測データを脳モデル構築や脳モデルの活動の拘束条件として、データ同化の手法を導入した大規模脳シミュレーションプラットフォームの開発を行う。細胞から全脳規模の神経回路を扱うことで複数脳領域が一つのシステムとして動作する仕組み、脳の全体性について、構成論的手法による理解を目指す。

Outline of Final Research Achievements

We constructed a neural circuit model of the mouse cerebral cortex, basal ganglia, and cerebellum based on mouse brain atlas and connectome data and conducted simulations. As a result, the synchronous neural activity of 30-50Hz in the primary motor cortex was caused by stimulation, which propagated to the secondary motor cortex, pons, and cerebellum and exhibited a specific firing phase distribution for each cell type. Oscillatory activity propagated between the primary and secondary motor cortices in adjacent regions representing the same body part. These results suggest that it may act as a coordinated mechanism for the behavior of neural populations via oscillatory activity between regions. We have achieved simultaneous execution of simulations of 100 mouse cerebral cortices in both hemispheres using "Fugaku." We have achieved a coordinated simulation of mouse brain and musculoskeletal models.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

脳の情報処理において脳全体の神経細胞の協調機構についてはまだよくわかっていない。本研究の領域内、領域間の振動的同期活動のシミュレーションは、脳の複雑な結合を通した振動による協調の可能性について示唆する。本研究成果は、様々な脳疾患でみられる領域間協調における問題の理解やその治療法開発、脳の協調機構にヒントを得た省エネルギーのプロセッサ開発に役立つ可能性がある。「富岳」によるマウス大脳皮質100体のシミュレーションはデータ同化によるデータの効率的利用への第一歩となる。マウス脳―筋骨格シミュレーションは神経相互作用と身体・脳の相互作用をデジタル上で統合し、神経科学研究の新たなアプローチを可能にする。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] The Future of Mammalian Whole-brain Simulations Estimated from Technological Trends in Supercomputers and Brain Measurements2021

    • Author(s)
      五十嵐潤
    • Journal Title

      The Brain & Neural Networks

      Volume: 28 Issue: 4 Pages: 172-182

    • DOI

      10.3902/jnns.28.172

    • NAID

      130008139721

    • ISSN
      1340-766X, 1883-0455
    • Year and Date
      2021-12-05
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 大規模計算機による脳シミュレーションの現在と今後の展望2024

    • Author(s)
      五十嵐潤
    • Organizer
      Neuroscience Network
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Gamma oscillations in a connectome-based spiking neural network model of the mouse cortico-cerebellar circuit2023

    • Author(s)
      Jun Igarashi and Tadashi Yamazaki
    • Organizer
      日本神経回路学会第33回全国大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Propagation of gamma oscillations in a connectome based spiking neural network model of the mouse cortico-cerebellar circuit2023

    • Author(s)
      Jun Igarashi, Tadashi Yamazaki
    • Organizer
      Neuroscience2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Connectome-base spiking neural network simulation of the mouse cerebral cortex using supercomputer Fugaku2023

    • Author(s)
      Jun Igarashi
    • Organizer
      第46回日本神経科学大会 - 日本神経科学学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] げっ歯類の大脳皮質 - 大脳基底核 - 小脳回路を用いた中規模スパイキングニューラルネットワークモ デルの構築2023

    • Author(s)
      山本日菜子, 五十嵐潤, 礒村宜和, 平理一郎
    • Organizer
      第100回日本生理学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] A Spiking Neural Network Simulation of Layered Sheet of Cortico-Cerebello-Thalamic Circuit at Human-Scale2022

    • Author(s)
      J Igarashi, Tadashi Yamazaki, Hiroshi Yamaura, Kentaro Nomura, Sun Zhe, Carlos Enrique Gutierrez, Kenji Doya
    • Organizer
      Neuroscience2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Large-scale simulations of mammalian brains using peta- to exa-scale computing2022

    • Author(s)
      Jun Igarashi
    • Organizer
      The First International Workshop COmputing using EmeRging EXotic AI-Inspired Systems (CORtEX'22)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 富岳を用いたげっ歯類全脳規模大脳皮質―小脳―視床神経回路シミュレーション2022

    • Author(s)
      五十嵐潤
    • Organizer
      「次世代脳」プロジェクト 冬のシンポジウム2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Acceleration of spiking neural network simulation by temporal blocking method and parallelization of input summation using spatial connectivity patterns2022

    • Author(s)
      Jun Igarashi, Tadashi Yamazaki, Hiroshi Yamaura, Kentaro Nomura
    • Organizer
      NEURO2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 脳の大規模シミュレーションの現状と未来2021

    • Author(s)
      五十嵐潤
    • Organizer
      神経回路学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Book] はじめての神経回路シミュレーション2021

    • Author(s)
      山﨑 匡、五十嵐 潤
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      森北出版
    • ISBN
      9784627856318
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Remarks] 脳の全体性

    • URL

      http://cath.sakura.ne.jp/holistic_brain/index.html

    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2025-01-30  

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