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Development of cross-scale technologies for investigating correlations of structures, dynamics, and functions of intracellular molecules

Planned Research

Project AreaNew cross-scale biology
Project/Area Number 21H05252
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

水上 進  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30420433)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤原 敬宏  京都大学, 高等研究院, 特定准教授 (80423060)
Project Period (FY) 2021-09-10 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2025)
Budget Amount *help
¥91,780,000 (Direct Cost: ¥70,600,000、Indirect Cost: ¥21,180,000)
Fiscal Year 2025: ¥16,770,000 (Direct Cost: ¥12,900,000、Indirect Cost: ¥3,870,000)
Fiscal Year 2024: ¥17,030,000 (Direct Cost: ¥13,100,000、Indirect Cost: ¥3,930,000)
Fiscal Year 2023: ¥16,640,000 (Direct Cost: ¥12,800,000、Indirect Cost: ¥3,840,000)
Fiscal Year 2022: ¥17,030,000 (Direct Cost: ¥13,100,000、Indirect Cost: ¥3,930,000)
Fiscal Year 2021: ¥24,310,000 (Direct Cost: ¥18,700,000、Indirect Cost: ¥5,610,000)
Keywordsクロススケール / マルチ計測 / 1分子超解像イメージング / 細胞内標識
Outline of Research at the Start

本課題では、高機能性プローブ開発と先端光学技術を組み合わせることにより、細胞内分子・構造体を様々な空間・時間スケールで可視化するための基盤技術を開発する。具体的には、化学プローブ設計による細胞内分子および化学環境の可視化技術、汎用可能な細胞内分子修飾プラットフォーム技術、1分子超解像ライブイメージング技術、の三つを開発する。いずれの技術も領域内の各班に提供し、共同研究により細胞内分子および構造体の機能・構造・動態の相関を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

課題①の細胞内局所環境を可視化するプローブ技術の開発については、前年度までに開発した局在型pH蛍光プローブを用いて、マイトファジーの可視化に取り組んだ。HaloTag蛋白質をミトコンドリアのマトリクスに発現させて、pH蛍光プローブをミトコンドリア内に局在化させた後、薬剤によりマイトファジーを誘導した。レシオ蛍光イメージングにより、マイトファジーによるミトコンドリア内pHの酸性化の可視化に成功した。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発については、標的の細胞内標的蛋白質に対して蛋白質ラベル化技術と細胞内クリックケミストリーを利用して二種類の機能性分子(蛍光色素と電子顕微鏡で観察可能な構造体)を修飾するための分子モジュールを合成した。また、低分子が結合する蛋白質モジュールのプラスミド設計および蛋白質の精製を行った。低分子モジュールの構築が完了し次第、低分子-蛋白質複合体を形成し、電子顕微鏡で観察する予定である。
課題③の高速1分子超解像イメージング技術の開発については、ブリンキングプローブの誘導体化を行った。新たに開発したブリンキングプローブの酸解離定数(pKcycl)、1分子ブリンキング特性を評価し、化合物構造との相関を調べた。さらに、生細胞標識方法の最適化とアクチン細胞骨格の高速1分子超解像イメージングへの応用を進めた。福間班との共同研究では、In-cell AFMと全反射蛍光顕微鏡の複合機を立ち上げ、接着斑の形成動態研究のための技術開発を進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

概ね当初の予定通りに研究計画が進行している。

Strategy for Future Research Activity

課題①の細胞内局所環境を可視化するプローブ技術の開発については、本年度開発した細胞内局在が可能なpH蛍光プローブを用いて 、pH変化を伴う様々な細胞内現象を可視化する。具体的には、オートファジーに着目し、領域内研究者と共同してpH変化を引き起こす前のオートファジーの進行過程を可視化する。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発については、引き続き標的の細胞内標的蛋白質に対して蛋白質ラベル化技術と細胞内クリックケミストリーを利用して蛍光色素と電子顕微鏡で観察可能な構造体を修飾するための分子モジュールを開発する。
課題③の高速1分子超解像イメージング技術の開発については、超高速1分子観察の結果をもとに引き続きプローブ改良を行う。また、秒オーダーの高速1分子超解像画像を取得し、細胞内の様々なスケールのメゾ複雑体の構造・動態・機能の相関を明らかにする。In-cell AFM-全反射蛍光顕微鏡複合機での技術的問題 (蛍光褪色等)を解決し、1分子イメージングとの複合化に発展させる。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (43 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 3 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Book (2 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Arylazopyrazole-Based Photoswitchable Inhibitors Selective for Escherichia coli Dihydrofolate Reductase2023

    • Author(s)
      Himadri S. Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Satoshi Hamaguchi, Toshizo Sato, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi, Toshitaka Matsui, and Shin Mizukami*
    • Journal Title

      ACS Chem. Biol.

      Volume: 18 Issue: 2 Pages: 340-346

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00749

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    • Author(s)
      水上 進
    • Journal Title

      YAKUGAKU ZASSHI

      Volume: 142 Issue: 5 Pages: 503-511

    • DOI

      10.1248/yakushi.21-00203-4

    • ISSN
      0031-6903, 1347-5231
    • Year and Date
      2022-05-01
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  • [Journal Article] Clip to Click: Controlling Inverse Electron-Demand Diels窶鄭lder Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • Author(s)
      Ira Novianti, Toshiyuki Kowada, and Shin Mizukami*
    • Journal Title

      Org. Lett.

      Volume: 24 Issue: 17 Pages: 3223-3226

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c01010

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  • [Journal Article] Quantitative and Repetitive Control of Subcellular Protein窶撤rotein Interaction Using a Photochromic Dimerizer2022

    • Author(s)
      Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Hayashi Yamamoto, Satoshi Hamaguchi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Journal Title

      ChemRxiv

      Volume: 巻号無し

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-7vq8s-v2

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    • Author(s)
      Hirano Masahiko、Ando Ryoko、Shimozono Satoshi、Sugiyama Mayu、Takeda Noriyo、Kurokawa Hiroshi、Deguchi Ryusaku、Endo Kazuki、Haga Kei、Takai-Todaka Reiko、Inaura Shunsuke、Matsumura Yuta、Hama Hiroshi、Okada Yasushi、Fujiwara Takahiro、Morimoto Takuya、Katayama Kazuhiko、Miyawaki Atsushi
    • Journal Title

      Nature Biotechnology

      Volume: - Issue: 7 Pages: 1132-1142

    • DOI

      10.1038/s41587-022-01278-2

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    • Author(s)
      Yamamoto Taisei、Yasuda Satoshi、Kasai Rinshi S.、Nakano Ryosuke、Hikiri Simon、Sugaya Kanna、Hayashi Tomohiko、Ogasawara Satoshi、Shiroishi Mitsunori、Fujiwara Takahiro K.、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 31 Issue: 10

    • DOI

      10.1002/pro.4425

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    • Author(s)
      Liu Rong、Kowada Toshiyuki、Du Yuyin、Amagai Yuta、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • Journal Title

      ACS Sensors

      Volume: 7 Issue: 3 Pages: 748-757

    • DOI

      10.1021/acssensors.1c02153

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    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Journal of Synthetic Organic Chemistry, Japan

      Volume: 79 Issue: 11 Pages: 1020-1032

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.79.1020

    • NAID

      130008114811

    • ISSN
      0037-9980, 1883-6526
    • Year and Date
      2021-11-01
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    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Arai Keisuke、Yoshimura Akimasa、Matsui Toshitaka、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Issue: 20 Pages: 11378-11383

    • DOI

      10.1002/anie.202016684

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    • Author(s)
      Soma Godo, Klaudia Barabas, Ferenc Lengyel, David Ernszt, Tamas Kovacs, Miklos Kecskes, Csaba Varga, Tibor Z. Janosi, Geza Makkai, Gergely Kovacs, Barbara Orsolits, Takahiro Fujiwara, Akihiro Kusumi, Istvan M. Abraham
    • Journal Title

      Front. Cell Dev. Biol.

      Volume: 9 Pages: 708715-708715

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.708715

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      Tomohiro Minakawa, Tetsuya Matoba, Fumiyoshi Ishidate, Takahiro K. Fujiwara, Sho Takehana, Yasuhiko Tabata, Jun Yamashita
    • Journal Title

      J. Extracell. Vesicles

      Volume: 10 Issue: 11

    • DOI

      10.1002/jev2.12147

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      水上進,イラノヴィアンティ,小和田俊行
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人 東北大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
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URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2025-06-20  

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