Functional analysis of nondomain-type lncRNAs

• Project Area: Biology of Non-domain Biopolymer
• Project/Area Number: 21H05276
• Research Category: Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Transformative Research Areas, Section (III)
• Research Institution: The University of Osaka
• Principal Investigator: 廣瀬 哲郎 大阪大学, 大学院生命機能研究科, 教授 (30273220)
• Project Period (FY): 2021-09-10 – 2026-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥92,170,000 (Direct Cost: ¥70,900,000、Indirect Cost: ¥21,270,000); Fiscal Year 2025: ¥18,070,000 (Direct Cost: ¥13,900,000、Indirect Cost: ¥4,170,000); Fiscal Year 2024: ¥17,810,000 (Direct Cost: ¥13,700,000、Indirect Cost: ¥4,110,000); Fiscal Year 2023: ¥17,940,000 (Direct Cost: ¥13,800,000、Indirect Cost: ¥4,140,000); Fiscal Year 2022: ¥17,940,000 (Direct Cost: ¥13,800,000、Indirect Cost: ¥4,140,000); Fiscal Year 2021: ¥20,410,000 (Direct Cost: ¥15,700,000、Indirect Cost: ¥4,710,000)
• Keywords: RNA / 非膜オルガネラ / lncRNA / RNA結合タンパク質 / 天然変性領域 / 非コードRNA

Outline of Research at the Start

アーキテクチュラルRNA (arcRNA) は、天然変性領域 (IDR) を持つ複数のタンパク質を集約して細胞内相分離を誘発し、非膜オルガネラの形成を主導する非ドメイン型RNAである。本研究では、近縁種間でのarcRNAの配列保存性の低さに注目して、一次配列以外の規則性に則って共通の機能を獲得するための非ドメイン型バイオポリマー特有の分子機構を解明する。さらにその機構に関わるarcRNA領域とIDRタンパク質が、非膜オルガネラの物性を決定している機構も取り上げ、arcRNAとIDRという二つの代表的な非ドメイン型バイオポリマーが協調して機能を獲得するための基盤則の確立を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

1. 非膜オルガネラのパラスペックルは、核質空間で他のオルガネラ内に取り込まれたり融合したりせずに独立に存在している。これまでに、このパラスペックルの独立性を規定する分子機構として、パラスペックルの分離促進因子SFPQを同定した。今回、この独立性維持を担うSFPQの機能ドメインを明らかにするために、SFPQのドメイン欠失各種変異体のMS2タグを介した変異NEAT1 RNA上へのテザリング実験を行い、N末端の天然変性領域(IDR)が独立性維持に重要な役割を果たしていることを見出した。このIDRはプロリンとグルタミンが大部分を占める偏ったアミノ酸組成を示しており、実際にプロリンとグルタミン含量が独立性に重要なことを見出した。特にこの場合、配列ではなくアミノ酸組成が重要なことが示され、新しいタイプのIDR機能を担う新しいルールの発見につながると期待される。
2. 新たな非ドメイン型RNAの3'伸長転写物DoGは、通常のRNA抽出法に対して著しい難抽出性を示す。DoGsは、RNAポリメラーゼIIのリードスルーによって産生されるが、今回これまでの誘導条件の浸透圧ストレスに、さらに翻訳阻害剤処理を加えると、10倍以上量のDoGsが蓄積することを見出した。タイムコース解析を実施したところ、単独のストレス処理の場合、ストレス処理後にDoG蓄積が一過的に上昇して、その後減少していくのに対して、二重ストレスの場合はDoGs蓄積が継続し続けた結果、大量のDoGsが検出されることが示された。このDoGs形成過程をさらに詳細に解析するために、上記の難抽出性を利用してDoGsが濃縮する中間画分からRNAを抽出する新しい方法を開発して、濃縮したDoGsをlong-read sequenceすることによって、RNA全長の特徴を解析することを開始し、シーケンスデータを取得した。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本学術変革領域の研究対象である非ドメイン型分子としてlncRNAだけでなく天然変性タンパク質の機能ドメインの同定まで成功し、双方の分子機能を詳細に解析したデータが蓄積してきたことから、この領域の目的に合致した先駆的知見が得られていると考えられる。DoGs解析については予期せぬ解析条件と新しい解析法が開発され、より効率よく解析が進むと期待できる。

Strategy for Future Research Activity

非ドメイン型lncRNAと天然変性タンパク質の機能ドメインの作用機構と生理機能に関する知見をさらに収集し、非ドメイン型分子種特有の機能獲得機構を明らかにするための実験を推進する。特にこれまで解析が進んでいないDoGs RNAについては、新しい誘導条件と抽出法を駆使して、全長のRNAを取得し、それをlong-read sequenceするという新しいアプローチによって、その生合成過程や機能についての新しい基盤的な知見を獲得できる。これらの解析を通じて非ドメイン型lncRNAの作動原理の確立や非ドメイン型タンパク質との相互作用からなる新たな分子間ネットワークの全貌とその重要性に関する基盤知見を確立することを目指したい。

Research Products

• [Int'l Joint Research] University of Western Australia(オーストラリア)
• [Int'l Joint Research] CNRS(フランス)
• [Int'l Joint Research] Indian Institue of Technology(インド)
• [Int'l Joint Research] University of Western Australia(オーストラリア)
• [Int'l Joint Research] CNRS(フランス)
• [Int'l Joint Research] Univ. Western Australia(オーストラリア)
• [Int'l Joint Research] CNRS(フランス)
• [Journal Article] Biophysical Aspect of Assembly and Regulation of Nuclear Bodies Scaffolded by Architectural RNA (2025)
  • Author(s): Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: Journal of Molecular Biology Volume: 437 Issue: 9 Pages: 169016-169016
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169016
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Speckle signatures dictate cancer prognosis (2025)
  • Author(s): Takakuwa Hiro、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: Nature Cell Biology Volume: 27 Issue: 2 Pages: 180-181
  • DOI: 10.1038/s41556-024-01569-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Huntingtin is an RNA binding protein and participates in <i>NEAT1</i> -mediated paraspeckles (2024)
  • Author(s): Yadav Manisha、Harding Rachel J.、Li Tiantian、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro、Prinos Panagiotis、Tippett Lynette、Turner Clinton、Curtis Maurice A.、Faull Richard L.M.、Pouladi Mahmoud A.、Pearson Christopher E.、He Housheng Hansen、Arrowsmith Cheryl H.
  • Journal Title: Science Advances Volume: 10 Issue: 29 Pages: 5264-5264
  • DOI: 10.1126/sciadv.ado5264
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] The RNA helicase DDX39 contributes to the nuclear export of spliceosomal U snRNA by loading of PHAX onto RNA (2024)
  • Author(s): Taniguchi Ichiro、Hirose Tetsuro、Ohno Mutsuhito
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 52 Issue: 17 Pages: 10668-10682
  • DOI: 10.1093/nar/gkae622
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The essential role of architectural noncoding RNA Neat1 in cold-induced beige adipocyte differentiation in mice (2024)
  • Author(s): Toya Hikaru、Okamatsu-Ogura Yuko、Yokoi Saori、Kurihara Misuzu、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Hirose Tetsuro、Nakagawa Shinichi
  • Journal Title: RNA Volume: 30 Issue: 8 Pages: 1011-1024
  • DOI: 10.1261/rna.079972.124
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Shell protein composition specified by the lncRNA NEAT1 domains dictates the formation of paraspeckles as distinct membraneless organelles (2023)
  • Author(s): Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Souquere Sylvie、Adachi Shungo、Yoshino Hyura、Fujiwara Naoko、Yamamoto Tetsuya、Natsume Tohru、Nakagawa Shinichi、Pierron Gerard、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: Nature Cell Biology Volume: 25 Issue: 11 Pages: 1664-1675
  • DOI: 10.1038/s41556-023-01254-1
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Satellite RNAs: emerging players in subnuclear architecture and gene regulation (2023)
  • Author(s): Ninomiya Kensuke、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: The EMBO Journal Volume: 42 Issue: 18
  • DOI: 10.15252/embj.2023114331
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines (2023)
  • Author(s): Zeng Chao、Chujo Takeshi、Hirose Tetsuro、Hamada Michiaki
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 51 Issue: 15 Pages: 7820-7831
  • DOI: 10.1093/nar/gkad567
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Functional domains of nuclear long noncoding RNAs: Insights into gene regulation and intracellular architecture (2023)
  • Author(s): Obuse Chikashi、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: Current Opinion in Cell Biology Volume: 85 Pages: 102250-102250
  • DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102250
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nascent ribosomal RNA act as surfactant that suppresses growth of fibrillar centers in nucleolus (2023)
  • Author(s): Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 6 Issue: 1 Pages: 1129-1129
  • DOI: 10.1038/s42003-023-05519-1
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Nondomain biopolymers: Flexible molecular strategies to acquire biological functions (2023)
  • Author(s): Arakawa K, Hirose T, Inada T, Ito T, Kai T, Oyama M, Tomari Y, Yoda T, Nakagawa S.
  • Journal Title: Genes to Cells Volume: 28 Issue: 8 Pages: 539-552
  • DOI: 10.1111/gtc.13050
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] 4.5SH RNA counteracts deleterious exonization of SINE B1 in mice (2023)
  • Author(s): Yoshimoto Rei、Nakayama Yuta、Nomura Ikuko、Yamamoto Ikuko、Nakagawa Yumeka、Tanaka Shigeyuki、Kurihara Misuzu、Suzuki Yu、Kobayashi Takehiko、Kozuka-Hata Hiroko、Oyama Masaaki、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro、Araki Kimi、Nakagawa Shinichi
  • Journal Title: Molecular Cell Volume: 83 Issue: 24 Pages: 4479-4493
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2023.11.019
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The early macrophage response to pathogens requires dynamic regulation of the nuclear paraspeckle. (2023)
  • Author(s): Azam S, Armijo KS, Weindel CG, Chapman MJ, Devigne A, Nakagawa S, Hirose T, Carpenter S, Watson RO, Patrick KL
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A Volume: 121 Issue: 9
  • DOI: 10.1073/pnas.2312587121
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations (2023)
  • Author(s): Mattick John S.、Amaral Paulo P.、Carninci Piero、et al.
  • Journal Title: Nature Reviews Molecular Cell Biology Volume: - Issue: 6 Pages: 430-447
  • DOI: 10.1038/s41580-022-00566-8
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Micellization: A new principle in the formation of biomolecular condensates (2022)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, and Tetsuro Hirose
  • Journal Title: Front. Mol. Biosci. Volume: 9 Pages: 974772-974772
  • DOI: 10.3389/fmolb.2022.974772
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] lncRNA Neat1 regulates neuronal dysfunction post sepsis via stabilization of hemoglobin subunit beta (2022)
  • Author(s): Wu Yan、Li Pengfei、Liu Liu、Goodwin Andrew J.、Halushka Perry V.、Hirose Tetsuro、Nakagawa Shinichi、Zhou Jiliang、Liu Meng、Fan Hongkuan
  • Journal Title: Molecular Therapy Volume: － Issue: 7 Pages: 2618-2632
  • DOI: 10.1016/j.ymthe.2022.03.011
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Triblock copolymer micelle model of spherical paraspeckles (2022)
  • Author(s): Tetsuya Yamamoto, Tomohiro Yamazaki, and Tetsuro Hirose
  • Journal Title: Front. Mol. Biosci. Volume: 9 Pages: 925058-925058
  • DOI: 10.3389/fmolb.2022.925058
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing (2022)
  • Author(s): Iwakiri Junichi、Tanaka Kumiko、Chujo Takeshi、Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: RNA Volume: 29 Issue: 2 Pages: 170-177
  • DOI: 10.1261/rna.079469.122
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A guide to membraneless organelles and their various roles in gene regulation (2022)
  • Author(s): Hirose Tetsuro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Yamazaki Tomohiro
  • Journal Title: Nature Reviews Molecular Cell Biology Volume: 24 Issue: 4 Pages: 288-304
  • DOI: 10.1038/s41580-022-00558-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] tRNA-like Transcripts from the NEAT1-MALAT1 Genomic Region Critically Influence Human Innate Immunity and Macrophage Functions (2022)
  • Author(s): Gast Martina、Nageswaran Vanasa、Kuss Andreas W.、et al.
  • Journal Title: Cells Volume: 11 Issue: 24 Pages: 3970-3970
  • DOI: 10.3390/cells11243970
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] ArcRNAs and the formation of nuclear bodies. (2021)
  • Author(s): Shinichi Nakagawa, Tomohiro Yamazaki, Taro Mannen, Tetsuro Hirose
  • Journal Title: Mammalian Genome Volume: - Issue: 2 Pages: 382-401
  • DOI: 10.1007/s00335-021-09881-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Paraspeckles are constructed as block copolymer micelles. (2021)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Journal Title: EMBO Journal Volume: - Issue: 12
  • DOI: 10.15252/embj.2020107270
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] m6A modification of HSATIII lncRNAs regulates temperature‐dependent splicing (2021)
  • Author(s): Ninomiya Kensuke、Iwakiri Junichi、Aly Mahmoud Khamis、Sakaguchi Yuriko、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Suzuki Tsutomu、Hirose Tetsuro
  • Journal Title: The EMBO Journal Volume: 40 Issue: 15
  • DOI: 10.15252/embj.2021107976
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Control of condensates dictates nucleolar architecture. (2021)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
  • Journal Title: Science Volume: 373 Issue: 6554 Pages: 486-487
  • DOI: 10.1126/science.abj8350
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A histone modifier, ASXL1, interacts with NONO and is involved in paraspeckle formation in hematopoietic cells (2021)
  • Author(s): Yamamoto Keita、Goyama Susumu、Asada Shuhei、Fujino Takeshi、Yonezawa Taishi、Sato Naru、Takeda Reina、Tsuchiya Akiho、Fukuyama Tomofusa、Tanaka Yosuke、Yokoyama Akihiko、Toya Hikaru、Kon Ayana、Nannya Yasuhito、Onoguchi-Mizutani Rena、Nakagawa Shinichi、Hirose Tetsuro、Ogawa Seishi、Akimitsu Nobuyoshi、Kitamura Toshio
  • Journal Title: Cell Reports Volume: 36 Issue: 8 Pages: 109576-109576
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109576
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] SPF45/RBM17-dependent, but not U2AF-dependent, splicing in a distinct subset of human short introns (2021)
  • Author(s): Fukumura Kazuhiro、Yoshimoto Rei、Sperotto Luca、Kang Hyun-Seo、Hirose Tetsuro、Inoue Kunio、Sattler Michael、Mayeda Akila
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 12 Issue: 1 Pages: 1-12
  • DOI: 10.1038/s41467-021-24879-y
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Distinct RNA polymerase transcripts direct the assembly of phase-separated DBC1 nuclear bodies in different cell lines (2021)
  • Author(s): Mannen Taro、Goto Masato、Yoshizawa Takuya、Yamashita Akio、Hirose Tetsuro、Hayano Toshiya
  • Journal Title: Molecular Biology of the Cell Volume: 32 Issue: 21
  • DOI: 10.1091/mbc.e21-02-0081
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Noncoding RNAs: biology and applications-a Keystone Symposia report. (2021)
  • Author(s): Jennifer Cable, Edith Heard, Tetsuro Hirose, 中略, Xuhang Liu
  • Journal Title: Annals of the New York Academy of Sciences Volume: 1506 Issue: 1 Pages: 118-141
  • DOI: 10.1111/nyas.14713
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] NEAT1 is essential for metabolic changes that promote breast cancer growth and metastasis. (2021)
  • Author(s): Mi Kyung Park, Li Zhang, Kyung-Won Min, 中略, Tetsuro Hirose, Je-Hyun Yoon, Min Sup Song
  • Journal Title: Cell metabolism Volume: 33 Issue: 12 Pages: 2380-2397
  • DOI: 10.1016/j.cmet.2021.11.011
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] Exploring the role of architectural noncoding RNAs in shaping and regulating phase-separated nuclear bodies (2024)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: Cold Spring Habor meeting: Regulatory & Non-Coding RNAs
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Roles of architectural noncoding RNAs in building and regulating phase-separated nuclear bodies (2024)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: Cold Spring Harbor Conferences Asia meeting: RNA Biology
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Multifaceted roles of Satellite RNAs in the nucleus and cytoplasm (2024)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: EMBO Symposium: The complex life of RNA
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Investigating the Role of Architectural Noncoding RNAs in Structuring and Regulating Phase-Separated Nuclear Bodies (2024)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: Paraspeckle and condensates conference
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] RIOK2 facilitates CLK1 localization to nuclear stress bodies by antagonizing PP1 for thermo-sensitive splicing regulation (2024)
  • Author(s): 上野剛志, 足達俊吾, 二宮賢介, 谷口一郎, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第25回日本RNA学会年会
• [Presentation] Exporing architectural RNAs associated to cellular senescence (2024)
  • Author(s): 藤原佐紀, 藤原奈央子, 中条岳志, Chao Zeng, 濱田道昭, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第25回日本RNA学会年会
• [Presentation] HSATIII-derived proteins are novel components of a pretein complex potentially associated with actin cytoskeleton dynamics (2024)
  • Author(s): 二宮賢介, 足達俊吾, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第25回日本RNA学会年会
• [Presentation] Mapping of the NEAT1_2 IncRNA domains that define the micelle structure and morphology of paraspeckles (2024)
  • Author(s): 梅崎創太, 山崎智弘, 高桑央, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第25回日本RNA学会年会
• [Presentation] Deciphering the role of HSATIII IncRNAs in nuclear stress body formation:Insights from reconstitution studies (2024)
  • Author(s): 松田優一, 角野愛美, 足達俊吾, 山崎智弘, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第25回日本RNA学会年会
• [Presentation] ストレス応答におけるHSATIII repeat RNAsの多面的な分子機能 (2024)
  • Author(s): 二宮賢介, 足達俊吾, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第47回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 血清飢餓ストレスによって誘導される新規難抽出性arcRNA SISTの解析 (2024)
  • Author(s): 金子修士, 藤原奈央子, 中条岳志, 曽 超, 濱田道昭, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第47回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] U snRNA核外輸送におけるDExD-box型RNAヘリカーゼUAP56の新たな役割 (2024)
  • Author(s): 谷口一郎, 廣瀬哲郎, 大野睦人
  • Organizer: 第47回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 核内ストレス体のサブクラス特異的な構造機能解析 (2024)
  • Author(s): 増田夢菜, 二宮賢介, 岩切淳一, 浅井潔, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第47回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 人工リピートRNAを用いた核内ストレス体の無細胞系再構築とその形成原理の解明 (2024)
  • Author(s): 松田優一, 足達俊吾, 角野愛美, 中村龍二郎, 岩切淳一, 浅井潔, 山崎智弘, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第47回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 非コードRNAによる相分離構造体の構築と機能制御 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: The 3rd Kansai RNA Club
  • Invited
• [Presentation] 非コードRNAによる総分離構造体の構築と機能制御 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第４回名古屋産学官・医連携研究会
  • Invited
• [Presentation] 非膜オルガネラを作動するRNAの多彩な機能 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第2回タンパク質シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] 非コードRNAによる相分離誘導のメカニズムと意義 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 3rd Fukuoka RNA commons
  • Invited
• [Presentation] 非コードRNAによる相分離誘導のメカニズムと意義 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 蛋白質研究所コロキウム
  • Invited
• [Presentation] RNA が誘発する細胞内相分離の分子機構と機能 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第33回フォーラム・イン・ドージン
  • Invited
• [Presentation] 連鎖的リン酸化が駆動する核内ストレス体による温度依存的スプライシング制御 (2023)
  • Author(s): 上野剛志, 足達俊吾, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] パラスペックルのミセル構造と形態を規定するNEAT1_2 RNAドメインマッピング (2023)
  • Author(s): 梅崎創太, 山崎智弘, 高桑央, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 人工リピートRNAを用いた核内ストレス体の細胞内・試験管内再構成 (2023)
  • Author(s): 角野愛美, 松田優一, 二宮賢介, 堀切淳一, 浅井 潔, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 難溶性核内リードスルー転写産物DoGsの蓄積量に翻訳活性が与える影響 (2023)
  • Author(s): 高生大希, 高桑 央, 藤原奈央子, 岩切淳一, 浅井 潔, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] NEAT1のRNAドメインによって決定されるシェル局在タンパク質はパラスペックルの核スペックルとの分離を制御する (2023)
  • Author(s): 高桑央, 山崎智弘, Sylvie Souquere, 足達俊吾, 藤原奈央子, 吉野彪羅, 山本哲也, 中川真一, 村上正晃, Gerard Pierron, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 血清飢餓ストレスによって誘導される新規難溶性architectural RNA SISTの解析 (2023)
  • Author(s): 金子修士, 藤原奈央子, 中條岳志, 曹超, 浜田道昭, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 血清飢餓ストレスにより誘導される新規architectural RNA SISTの解析 (2023)
  • Author(s): 金子修士, 藤原奈央子, 中條岳志, 曹超, 浜田道昭, 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2023
• [Presentation] 無細胞系での核内ストレス体再構成の試み (2023)
  • Author(s): 松田優一, 角野愛美, 山崎智弘, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2023
• [Presentation] Short-tandem repeat型RNAであるHSATIIIの多彩な分子機能 (2023)
  • Author(s): 二宮賢介, 足達俊吾, 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2023
• [Presentation] Architectural lncRNA domains dictating paraspeckle structure, function and independence (2023)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: The 1st Paraspeckle Biology Conference
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Architectural noncoding RNAによる細胞内構造構築と遺伝子発現制御機構 (2023)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAバイオインフォマティックス道場
• [Presentation] Analysis of SIST lncRNAs that form nuclear bodies upon serum starvation stress (2023)
  • Author(s): Shushi Kaneko, Naoko Fujiwara, Takeshi Chujo, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Reconfiguration of nuclear stress body assembly and subclass formation using artificial HSATIII-like repeat RNAs (2023)
  • Author(s): Manami Kakuno, Kensuke Ninomiya, Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A challenge to reconstitute nuclear stress bodies in cell-free system (2023)
  • Author(s): Yuichi Matsuda, Kensuke Ninomiya, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Characterization and functional analysis of HSATIII-derived repetitive proteins (2023)
  • Author(s): Kensuke Ninomiya, Shungo Adachi, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomolecular condensates in cells (2023)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Rie Doi, Mizuki Iwata, Wakana Isshiki, Hiro Takakuwa, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of a regulatory protein kinase in thermo-sensitive splicing through compositional switching of nuclear stress bodies (2023)
  • Author(s): Tsuyoshi Ueno, Shungo Adachi, Kensuke Ninomiya, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Exploring the Role of Architectural Long Noncoding RNAs in Shaping and Regulating Phase-Separated Cellular bodies (2023)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: 50 Years Shine-Dalgarno Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Shell protein composition specified by NEAT1 domains dictates the formation of paraspeckles as distinct membraneless organelles (2023)
  • Author(s): Hiro Takakuwa, Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Shungo Adachi, Hyura Yoshino, Naoko Fujiwara, Tetsuya Yamamoto, Tohru Natsume, Shinichi Nakagawa, Masaaki Murakami, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Organizer: RNA 2023
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Functional analysis of MPP6, a nuclear RNA exosome complex cofactor, using human cells (2023)
  • Author(s): Naoko Fujiwara, Tetsuro Hirose, Seiji Masuda
  • Organizer: RNA 2023
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Exploring the role of architectural noncoding RNAs in building and functioning of phase-separated membraneless organelles (2023)
  • Author(s): Tetsuro Hirose, Tomohiro Yamazaki, Hiro Takakuwa, Kensuke Ninomiya
  • Organizer: RNA 2023
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Recapitulation of nuclear stress bodies assembly using artificial HSATIII-like repeat RNAs (2023)
  • Author(s): Manami Kakuno, Kensuke Ninomiya, Junichi Iwakiri, Yuichi Matsuda, Kiyoshi Asai, Tetsuro Hirose
  • Organizer: RNA 2023
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Biomolecular condensates with RNA scaffolds: towards a theoretical and systematic understanding of their formation and function (2023)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hiro Takakuwa, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Rie Doi, Mizuki Iwata, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Organizer: RNA 2023
• [Presentation] Microphase Separation and Paraspeckles (2023)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: Keystone Symposia
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Construction mechanism of nuclear paraspeckle as an isolated RNP micell (2022)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: EMBO | EMBL Symposia: Cellular Mechanisms Driven by Liquid Phase Separation
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Regulatory Mechanisms of Intracellular Organization and Gene Expression by Noncoding RNAs (2022)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 千里ライフサイエンス振興財団セミナー
  • Invited
• [Presentation] The dynamics and functions of cytoplasmic HSATIII lncRNAs (2022)
  • Author(s): Kensuke Ninomiya, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Searching for regulatory proteins for temperature-dependent recruitment of CLK1 to nuclear stress bodies (2022)
  • Author(s): Tsuyoshi Ueno, Shungo Adachi, Kensuke Ninomiya, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Biomolecular condensates scaffolded by RNAs: towards their theoretical and systematic understandings (2022)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Combinations of repeat sequences in HSATIII lncRNAs dictate nSB subclasses (2022)
  • Author(s): Manami Kakuno, Kensuke Ninomiya, Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Protein compositions of the shells of the paraspeckles determine their positioning in the nucleus (2022)
  • Author(s): Hiro Takakuwa, Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Shungo Adachi, Tohru Natsume, Masaaki Murakami, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Regulatory Mechanisms of Intracellular Organization by Noncoding RNAs (2022)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAインフォマティクス道場
  • Invited
• [Presentation] Regulatory mechanisms of intracellular organization and gene expression by noncoding RNAs (2022)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 立命館大国際稀少疾患シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Construction mechanism of nuclear paraspeckle as an isolated RNP micell (2022)
  • Author(s): 廣瀬 哲郎, 高桑 央, 山本 哲也, 山崎 智弘
  • Organizer: 第60回日本生物物理学会年会
  • Invited
• [Presentation] 構成的アプローチを用いたSARS-CoV-2 viral RNP形成機構の解析 (2022)
  • Author(s): 土井 理恵, 山崎 智弘, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2022
• [Presentation] CLK1の温度依存的な核内ストレス体への リクルートを担う制御タンパク質の同定 (2022)
  • Author(s): 上野 剛志, 足達 俊吾, 二宮 賢介, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2022
• [Presentation] 非膜性構造体パラスペックルの表面に局在するタンパク質の組成がパラスペックルの核内における空間的な配置を決定する (2022)
  • Author(s): 高桑 央, 山崎 智弘, Sylvie Souquere, 足達 俊吾, 夏目 徹, 村上 正晃, Gerard Pierron, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2022
• [Presentation] HSATIII lncRNAのリピート配列パターン抽出による 核内ストレス体の再構成の試み (2022)
  • Author(s): 角野 愛美, 二宮 賢介, 岩切 淳一, 松田優一, 浅井 潔, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2022
• [Presentation] Intracellular Architecture by Noncoding RNAs (2022)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: Academia Sinica IBMS seminar
  • Invited
• [Presentation] 非コードRNAを足場に形成される核内相分離構造体におけるRNA結合タンパク質の役割 (2022)
  • Author(s): 廣瀬哲郎, 山崎智弘, 二宮賢介
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
  • Invited
• [Presentation] 理論と構成的アプローチを用いたRNAを足場とする非膜オルガネラの形成原理の解析 (2022)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 構成的手法を用いた核内ストレス体の形成機構の解析 (2022)
  • Author(s): 岩田瑞季, 山崎智弘, 上野 剛志, 二宮賢介,廣瀬哲郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 構成的アプローチを用いたSARS-CoV-2 viral RNP形成機構の解析 (2022)
  • Author(s): 土井理恵, 山崎智弘, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] The multifunctionality of HSATIII lncRNAs and its control mechanisms (2022)
  • Author(s): 二宮賢介, 足達俊吾, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] CLK1の温度依存的な核内ストレス体へのリクルートを担う 制御タンパク質の同定と解析 (2022)
  • Author(s): 上野 剛志, 足達 俊吾, 二宮 賢介, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ヒトゲノム完全配列から読み解くHSATIII lncRNAの配列パターン抽出とその人工化による核内ストレス体再構成の試み (2022)
  • Author(s): 角野 愛美, 二宮 賢介, 岩切 淳一, 浅井 潔, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 非膜性構造体の骨格として働くRNA：NEAT1_2 lncRNA が構築するパラスペックルの研究から学んだこと (2022)
  • Author(s): 山崎智弘, 山本哲也, 高桑央, 吉野彪羅, 一色和奏, Sylvie Souquere, 中川真一, Gerard Pierron, 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2021
• [Presentation] HSATIII lncRNAの細胞質における動態と分子機能 (2022)
  • Author(s): 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2021
• [Presentation] 人工リピートRNA発現系による核内ストレス体形成機構の 解析 (2022)
  • Author(s): 角野愛美, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2021
• [Presentation] The Elements and Machinery of Architectural Long Noncoding RNAs (2021)
  • Author(s): Tetsuro Hirose
  • Organizer: Keystone Symposia
• [Presentation] 非コードRNAによる相分離構造体の形成と機能制御 (2021)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第35回JBICバイオ関連基盤技術研究会
• [Presentation] Analyses of the temperature-dependent recruitment mechanism of Cdc2-like kinase 1 to nuclear stress body (2021)
  • Author(s): 上野剛志, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第22回 日本RNA学会年会
• [Presentation] Paraspeckles are constructed as block copolymer micells (2021)
  • Author(s): 山崎智弘, 山本哲也, SOUQUERE Sylvie, 中川真一, PIERRON Gerard, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第22回 日本RNA学会年会
• [Presentation] Molecular grammar of the SFPQ prion-like domain for the paraspeckle segregation from nuclear speckles (2021)
  • Author(s): 高桑央, 山崎智弘, SOUQUERE Sylvie, PIERRON Gerard, 村上正晃, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第22回 日本RNA学会年会
• [Presentation] The novel molecular function of HSATIII lncRNAs in cytoplasm (2021)
  • Author(s): 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第22回 日本RNA学会年会
• [Presentation] 人工リピートRNA発現系による核内ストレス体の形成原理の解析 (2021)
  • Author(s): 角野 愛美, 二宮 賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] CLK1 の温度依存的な核内ストレス体へのリクルート機構の解明 (2021)
  • Author(s): 上野 剛志, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 非膜性構造体パラスペックルが核スペックルと分離して存在するためのSFPQプリオン様ドメインの分子法則 (2021)
  • Author(s): 高桑 央, 山崎 智弘, Sylvie Souquere, Gerard Pierron, 村上 正晃, 廣瀬 哲郎
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] 霊長類特異的なHSATIII lncRNAの細胞質における新規分子機能 (2021)
  • Author(s): 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] Architectural roles of noncoding RNAs in formation and function of nuclear bodies (2021)
  • Author(s): Tetsuro Hirose, Tomohiro Yamazaki, Kensuke Ninomiya
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Presentation] RNAs as scaffolds of biomolecular condensates: from LLPS to micellization (2021)
  • Author(s): Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
  • Organizer: 第44回 日本分子生物学会年会
• [Book] RNAの科学 (2024)
  • Author(s): 廣瀬哲郎（金井明夫編）
  • Total Pages: 10
  • Publisher: 朝倉書店
  • ISBN: 9784254171860
• [Book] Phase Separation in Living Cells - Benefits and Risks (2023)
  • Author(s): Hiro Takakuwa, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
  • Total Pages: 24
  • Publisher: Springer Nature
  • ISBN: 9789819948857
• [Book] 細胞 2022年7月号 Architectural RNAと液－液相分離（ArcRNAとストレス応答） (2022)
  • Author(s): 二宮賢介, 廣瀬哲郎
  • Total Pages: 62
  • Publisher: ニューサイエンス社
• [Book] 細胞 2022年7月号 Architectural RNAと液－液相分離（総論 細胞内構造の足場としてのRNAの役割） (2022)
  • Author(s): 廣瀬哲郎
  • Total Pages: 62
  • Publisher: ニューサイエンス社
• [Book] セントラルドグマの新常識（第3章 RNAの新常識 6.細胞内構造体の骨格として働くRNA） (2022)
  • Author(s): 廣瀬哲郎, 山崎智弘, 山本哲也
  • Total Pages: 264
  • Publisher: 羊土社
  • ISBN: 9784758104043
• [Remarks] 生成中のRNAは核小体の内部構造を制御する「界面活性剤」として働く
  • URL: https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1076
• [Remarks] 膜を持たないオルガネラが混じり合わずに存在できるしくみを解明
  • URL: https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1074
• [Remarks] ヒトゲノムの繰り返し配列から作られるRNAとその反復のなせる技
  • URL: https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1068
• [Remarks] 5種類のヒト培養細胞から新たな1,074種類の難溶性RNAを同定
  • URL: https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1065