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Exploration of the impact of prehistoric human activities on animal communities and environmental conditions

Planned Research

Project AreaIntegrative bioarchaeological studies on human prehistory in the Japanese archipelago
Project/Area Number 23H04846
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (I)
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

長田 直樹  北海道大学, 情報科学研究院, 准教授 (70416270)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 孝雄  慶應義塾大学, 文学部(三田), 教授 (20269640)
本郷 一美  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (20303919)
寺井 洋平  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (30432016)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2028-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥74,360,000 (Direct Cost: ¥57,200,000、Indirect Cost: ¥17,160,000)
Fiscal Year 2025: ¥15,600,000 (Direct Cost: ¥12,000,000、Indirect Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2024: ¥15,470,000 (Direct Cost: ¥11,900,000、Indirect Cost: ¥3,570,000)
Fiscal Year 2023: ¥12,480,000 (Direct Cost: ¥9,600,000、Indirect Cost: ¥2,880,000)
Keywordsゲノム / 日本列島 / 古代ゲノム / 家畜化 / 環境適応 / 動物考古学 / 哺乳類 / 進化 / 考古学
Outline of Research at the Start

本研究計画では,日本列島における人類と環境とのかかわりを明らかにするために,動物相に注目した研究を行う.以下の3つの動物群を中心的対象とする.①人類が作り出した環境に片利共生するコメンサルアニマルとして重要なネズミ類の遺伝的多様性をゲノム解析により調べ,渡来とその後のヒトの往来に伴う遺伝的交流についての推定を行う.②イヌの古代ゲノム情報から,時代ごとのイヌの形態と形質を復元し,その当時の人類との共生関係を明らかにする.③野生イノシシと家畜化されたブタとの関連を,動物考古学的手法や現代・古代ゲノム解析によって明らかにする.

Outline of Annual Research Achievements

本年度は多くの動物を対象としたゲノム解析や古代ゲノム解析を行った.主要な成果を以下にまとめる.
1)世界中から集められたハツカネズミ全ゲノム解析を行い,日本列島および中国南部における亜種ゲノムの混合様式について明らかにした.日本列島においては,これまで北海道・東北にcastaneus亜種,それ以南にmusculus亜種が分布していると考えられてきたが,日本海側の個体がよりcastaneus亜種の遺伝的成分が高いことが示された.その他,日本列島の個体において,免疫にかかわる遺伝子やフェロモンの受容体において,castaneus亜種由来のゲノムが有意に多くなっている領域があることがわかった.これは,南方由来のゲノムが何らかの理由で日本列島において選択を受けて広がったせいだと考えられる.
2)沖縄や東南アジア由来の個体のジャコウネズミ全ゲノム解析を行い,1)沖縄の個体は自然分布ではなく東南アジアから渡来したものである.2)移入は一度ではなく,その後も繰り返し起こってきた.ということを示した.ミトコンドリアゲノムの解析では,最初の渡来時期は約3000年前と推定された.成果は次の論文で発表されました.
3)ニホンオオカミと日本犬の高深度ゲノム解析を通して,1)ニホンオオカミは単系統であり,遺伝的に他のオオカミと異なるグループであること.2)ニホンオオカミはイヌに最も遺伝的に近縁なオオカミであること.3)ユーラシア大陸東側のイヌにはニホンオオカミの祖先がもっていたゲノムが含まれていること.などが明らかになった.これらの結果はイヌの起源が東アジアであることをサポートしている.また,縄文時代の犬のミトコンドリア解析も行なった.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

計画の中心として据えている動物種以外の生物種についても着実に成果が出ており,今後様々な成果について論文発表が可能であると期待することができる.

Strategy for Future Research Activity

これまで成果のでたハツカネズミ,ジャコウネズミ,イヌ,オオカミについては,研究を更に進めより詳細な解析によって人とのかかわりを明らかにしていく.これらに加え,ヤマネコ,ラット,イノシシ,ブタなどについても研究を進めて行く.また,公募班と連携し,多くの生物について古代ゲノム解析等を進めていき,領域の発展に貢献する.

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (43 results)

All 2024 2023

All Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 5 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 10 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Phylogenetics and Population Genetics of the Asian House Shrew, Suncus murinus-S. montanus Species Complex, Inferred From Whole-Genome and Mitochondrial DNA Sequences, with Special Reference to the Ryukyu Archipelago, Japan2024

    • Author(s)
      Ohdachi Satoshi D.、Fujiwara Kazumichi、Shekhar Chandra、Son Nguyn Trung、Suzuki Hitoshi、Osada Naoki
    • Journal Title

      Zoological Science

      Volume: 41 Issue: 2 Pages: 216-229

    • DOI

      10.2108/zs230030

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  • [Journal Article] Inference of selective force on house mouse genomes during secondary contact in East Asia2024

    • Author(s)
      Fujiwara Kazumichi、Kubo Shunpei、Endo Toshinori、Takada Toyoyuki、Shiroishi Toshihiko、Suzuki Hitoshi、Osada Naoki
    • Journal Title

      Genome Research

      Volume: 34 Pages: 366-375

    • DOI

      10.1101/gr.278828.123

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    • Author(s)
      Gojobori Jun、Arakawa Nami、Xiaokaiti Xiayire、Matsumoto Yuki、Matsumura Shuichi、Hongo Hitomi、Ishiguro Naotaka、Terai Yohey
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 1680-1680

    • DOI

      10.1038/s41467-024-46124-y

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  • [Journal Article] The history of ancient Japanese dogs revealed by mitogenomes2024

    • Author(s)
      Xiayire Xiaokaiti, Takao Sato, Kenji Kasai, Kenichi Machida, Kyomi Yamazaki, Naomitsu Yamaji, Hiroki Kikuchi, Jun Gojobori1, Hitomi Hongo, Yohey Terai, Takashi Gakuhari
    • Journal Title

      Anthropological Science

      Volume: 132 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1537/ase.230617

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
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    • Author(s)
      宇根宏紀, 釼持輝久, 佐藤孝雄
    • Journal Title

      横須賀市博物館研究報告

      Volume: 68 Pages: 11-24

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    • Author(s)
      安藤広道, 佐藤孝雄, 山口徹, 渡辺丈彦
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      考古学ジャーナル

      Volume: 791 Pages: 31-32

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    • Author(s)
      Zakoh Kazuhiro、Fujiwara Kazumichi、Takada Toyoyuki、Osada Naoki、Suzuki Hitoshi
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 98 Issue: 2 Pages: 73-87

    • DOI

      10.1266/ggs.22-00157

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
    • Year and Date
      2023-04-01
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  • [Journal Article] Genome analysis of the Jomon dogs reveals the oldest domestic dog lineage in Eastern Eurasia2023

    • Author(s)
      Yohey Terai, Xiayire Xiaokaiti, Jun Gojobori, Nami Arakawa, Takao Sato, Kenji Kasai, Kenichi Machida, Kyomi Yamazaki, Naomitsu Yamaji, Hitomi Hongo, Takashi Gakuhari
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: ー

    • DOI

      10.1101/2023.09.29.560089

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  • [Journal Article] 日本犬とニホンオオカミの関係をゲノムから知る2023

    • Author(s)
      寺井洋平
    • Journal Title

      BIOSTORY

      Volume: 40 Pages: 77-83

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  • [Journal Article] 日本犬の成り立ちをゲノムから探る2023

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      寺井洋平
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      milsil

      Volume: 96

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  • [Journal Article] Faunal remains from Salat Cami Yani: An Early Pottery Neolithic site in the Upper Tigris Valley. Animals and humans through time and space: Investigating diverse relationships2023

    • Author(s)
      Hongo, H., Arai, S., Gundem, C. Y., Oksuz, B, Miyake, Y.
    • Journal Title

      Documenta Archaeobiologiae

      Volume: 16 Pages: 201-211

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  • [Journal Article] 狩猟から家畜化への過程」2023

    • Author(s)
      本郷一美
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      食肉の科学

      Volume: 62(2) Pages: 91-99

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  • [Journal Article] 弥生時代のブタ飼養: 神奈川県池子遺跡における試論. 春成秀爾(編)2023

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      米田穰, 本村航介, 本郷一美
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      何が歴史を動かしたのか 第2巻 弥生文化と世界の考古学

      Volume: 第2巻 Pages: 43-56

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      佐藤孝雄
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      BIOSTORY

      Volume: 39 Pages: 16-17

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  • [Presentation] Inference of population history and selective force on house mouse genomes during secondary contact in East Asia2024

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      本郷一美
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      長田直樹
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      Takeru Tsunoi, Gohta Kinoshita, Masashi Harada, Jun J Sato, Go Yasuhiro, Shoji Tatsumoto, Reiko Mitsuhashi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada
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      Yu Endo, Naoki Osada, Tsutomu Mano, Alexei V. Abramov, Ryuichi Masuda
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      SMBE2023
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  • [Presentation] Genomic Insights into the Hybridization of House Mouse Subspecies in East Asia2023

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      Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada
    • Organizer
      SMBE2023
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  • [Presentation] 日本列島のイヌの起源とその後の変遷2023

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      寺井洋平
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      Yohey Terai, Hitomi Hongo, Hirofumi Kato, and Takao Sato
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      寺井洋平、本郷一美、加藤博文、佐藤孝雄
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      Aono, K., Katagiri, C., Namiki, M., Hongo, H.
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  • [Presentation] Archaeogenetical Study of Domestic Dog in East Asia.2023

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      Xiaokaiti, S., Gojobori, J., Hongo, H., Kasai, K., Machida, K., Sato, T., Terai, Y., Yamazaki, K., Yamaji, N., Gakuhari, T.
    • Organizer
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      日本動物考古学会第10回ポスター発表
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      日本動物考古学会第10回ポスター発表
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  • [Presentation] 社会体制の転換期における琉球列島のイノシシ属利用文化:今帰仁城跡遺跡出土資料を例にして2023

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      山田英佑・本郷一美・遠藤秀紀
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  • [Presentation] ベトナム北部フンクウェン岩陰の発掘調査(予報)/Preliminary report on the excavation of the Phung Quyen rock-shelter in northern Vietnam2023

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      澤田純明・Nguyen Thi Mai Huong・Nguyen Anh Tuan・江田真毅・佐藤孝雄・澤浦亮平・樋泉岳二・本郷一美・平澤悠・山形眞理子
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  • [Presentation] ヒツジ・ヤギの家畜化と乳利用の開始2023

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      本郷一美
    • Organizer
      月いち!オリ博オンライン講座
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  • [Presentation] Our Prey to My Sheep: Comestication of Ungulates in Southwest Asia.2023

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      Hongo Hitomi
    • Organizer
      中国社会科学院考古研究所
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  • [Presentation] Multidisciplinary Research on the Japanese Lynx2023

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      Sato T., Sawaura R., Sawada J., Yoneda M., Masuda R
    • Organizer
      14th ICAZ conference
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  • [Presentation] 白保竿根田原洞穴遺跡出土人骨に観察される傷痕について2023

    • Author(s)
      永島 萌, 片桐千亜紀, 大藪由美子, 佐藤孝雄, 河野礼子
    • Organizer
      第77回日本人類学会
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  • [Book] 弥生文化と世界の考古学2023

    • Author(s)
      春成秀爾
    • Total Pages
      312
    • Publisher
      雄山閣
    • ISBN
      9784639029229
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  • [Book] 動物たちの日本近代 : ひとびとはその死と痛みにいかに向きあってきたのか2023

    • Author(s)
      志村 真幸
    • Total Pages
      336
    • Publisher
      ナカニシヤ出版
    • ISBN
      9784779517525
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Published: 2023-04-13   Modified: 2025-04-17  

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