Study on Anthropogenic Environmental Formation by Prehistoric Humans (Flora)
| Project Area | Integrative bioarchaeological studies on human prehistory in the Japanese archipelago |
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| Project/Area Number |
23H04847
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Transformative Research Areas, Section (I)
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| Research Institution | Okayama University of Science |
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Principal Investigator |
那須 浩郎 岡山理科大学, 基盤教育センター, 准教授 (60390704)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
内藤 健 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 遺伝資源研究センター, 上級研究員 (20581705)
大田 竜也 総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (30322100)
菅 裕 県立広島大学, 生物資源科学部, 教授 (30734107)
石川 亮 神戸大学, 農学研究科, 准教授 (70467687)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2028-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥99,970,000 (Direct Cost: ¥76,900,000、Indirect Cost: ¥23,070,000)
Fiscal Year 2024: ¥19,370,000 (Direct Cost: ¥14,900,000、Indirect Cost: ¥4,470,000)
Fiscal Year 2023: ¥20,800,000 (Direct Cost: ¥16,000,000、Indirect Cost: ¥4,800,000)
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| Keywords | ドメスティケーション / 古代DNA / アズキ / イネ / ウルシ / 古DNA |
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| Outline of Research at the Start |
日本列島の植物相は、ヒトが移住して以来、大きく変化してきた。先史人類がどのように植物やその生息環境を人為的に改変し、自らの社会を変化させてきたのか、その共進化の過程を知ることは、今後のヒトと植物の関わりを考えるうえで重要である。本研究では、植物考古学と植物遺伝学を統合することにより、先史時代の日本列島における植物の移入・ドメスティケーション・品種改良の歴史を明らかにするための方法を確立する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、以下の項目を中心に研究を実施した。
1. ウルシ：本年度は、中国湖北省のサンプルを中心とした現生ウルシの全ゲノム解析を行った。加えて、京都周辺のウルシを自然の山林からサンプリングし、これも全ゲノム解析を行った。さらに、ウルシの古代DNA分析を進めるための基礎研究として、現在の生漆にDNAが含まれているかどうかを検証した。
2．アズキ：本年度は、現生アズキと野生種ヤブツルアズキのゲノム解析を実施した。その結果、日本列島の栽培アズキが野生種ヤブツルアズキに最も近縁であり、アズキが日本列島起源の栽培植物である可能性が極めて高いことが示された。また、縄文時代の遺跡から出土したアズキ亜属の炭化種子のサイズ変化と種皮厚の変化を調べた結果、縄文時代から弥生時代までのアズキ亜属の種皮厚は、野生種ヤブツルアズキの変異内に収まっており、種皮厚の形質変化は起きていないことが明らかになった。
3．イネ：本年度は、イネの種子脱粒性の喪失に関わる原因遺伝子の特定を進めた。その結果、イネの種子脱粒性を制御する遺伝子は少なくとも3つ（sh4，qsh1，qsh3）あり、穂の開帳性を制御する遺伝子１つ（SPR3）との組み合わせにより、脱粒性が喪失されることが明らかとなった。突帯文期から弥生時代のイネにこれらの変異があるかどうかを古代DNAと形態（脱粒痕）の双方から検討することが今後の課題となった。古代DNA分析については、鳥取県青谷上寺地遺跡において、弥生時代の堆積物から未炭化のイネの籾殻を多数採取した。これについてイネの古代DNA抽出に成功しており、すでに5.2xのゲノム配列の決定を行なっている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
イネの古代DNAの抽出に成功し、ゲノム解析が当初の予定よりも早く進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後も予定通り、ウルシ、アズキ、イネを中心にDNA解析と遺跡出土植物種子の形態解析を進める。古代DNA分析が当初の予定よりも順調に進んでいるため、この解析を優先して進める予定である。
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Report
(1 results)
Research Products
(14 results)
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[Journal Article] Genome sequencing reveals the genetic architecture of heterostyly and domestication history of common buckwheat2023
Author(s)
Fawcett JA, Takeshima R, Kikuchi S, Yazaki E, Katsube-Tanaka T, Dong Y, Li M, Hunt HV, Jones MK, Lister DL, Ohsako T, Ogiso-Tanaka E, Fujii K, Hara T, Matsui K, Mizuno N, Nishimura K, Nakazaki T, Saito H, Takeuchi N, Ueno M, Matsumoto D, Norizuki M, Shirasawa K, Li C, Hirakawa H, Ota T, Yasui Y.
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Journal Title
Nature Plants
Volume: 9
Issue: 8
Pages: 1236-1251
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] 孤児作物のゲノム遺伝学およびその展望2023
Author(s)
大田竜也, Fawcett Jeffrey A, 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 小木曽映里, 藤井健一郎, 原尚資, Jones Martin K, 平川英樹, Li Cheng-Yun, 安井康夫
Organizer
日本進化学会第25回大会
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Invited
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