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細胞・臓器老化におけるタンパク質寿命動態

Planned Research

Project AreaShin-biology regulated by protein lifetime
Project/Area Number 23H04918
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

村田 茂穂  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (20344070)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2028-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥185,250,000 (Direct Cost: ¥142,500,000、Indirect Cost: ¥42,750,000)
Fiscal Year 2025: ¥34,190,000 (Direct Cost: ¥26,300,000、Indirect Cost: ¥7,890,000)
Fiscal Year 2024: ¥33,800,000 (Direct Cost: ¥26,000,000、Indirect Cost: ¥7,800,000)
Fiscal Year 2023: ¥46,800,000 (Direct Cost: ¥36,000,000、Indirect Cost: ¥10,800,000)
Keywordsプロテアソーム / 細胞老化 / タンパク質寿命 / ユビキチン / 質量分析 / 個体老化 / プロテオーム / 液滴
Outline of Research at the Start

タンパク質恒常性の破綻は老化において普遍的に観察され、プロテアソームの加齢依存性機能低下の関与が知られる。しかし、その結果としてどのようなタンパク質動態変化が生じ、臓器の機能低下や個体老化に影響を及ぼしているのか不明である。また、老化細胞においてプロテアソームはどのようなタンパク質を分解し、表現型に役割を果たしているのか、ほとんど知られていない。本研究では、老化細胞におけるプロテアソームによるタンパク質分解の役割の解明、加齢依存性プロテアソーム機能低下によるタンパク質寿命動態変動の解析とその病態生理的意義の解明、老化に関与するタンパク質の寿命を自在に操るケミカルツールの開発を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、老化細胞におけるプロテアソームによるタンパク質分解の役割の解明、加齢依存性プロテアソーム機能低下による各種組織のタンパク質寿命動態変動の解析とその病態生理的意義の解明、さらにその理解に基づいて老化に関与するタンパク質の寿命を自在に操るケミカルツールの開発を目的とする。本研究では、老化におけるタンパク質動態変動がほとんど未解明である哺乳類細胞およびマウス個体を用い、以下の計画により老化時のタンパク質寿命制御の基本原理の解明を目指した。
1.老化細胞特異的核内プロテアソーム液滴(SANPs)の役割の解明:プロテアソームは、非老化細胞では核と細胞質に均一に存在するが、細胞が老化すると核内に多数の液滴を形成することを発 見し、SANPs (senescence-associated nuclear proteasome foci)と命名した。SANPsはタンパク質分解の場として働くこと、液滴解消により老 化細胞の特徴であるSASPが著しく減弱することを見出した。老化細胞におけるタンパク質分解の基質とその意義はこれまで全く研 究されていないたえ、細胞老化の過程を通じた経時的なタンパク質寿命の網羅的計測を実施した。
2.加齢依存性に蓄積するタンパク質探索と臓器老化における役割の解析:タンパク質恒常性の破綻は老化の大きな要因と考えられているが、実際にどの臓器にどのようなタンパク質が蓄積され、臓器機能障害や老化に 影響しているのか、未解明である。マウス各種臓器を用いて加齢に伴うプロテオーム変動、ユビキチン化ペプチドの網羅的同定(ユビキトーム )、RNA-Seqを同一サンプルで解析した。一つのタンパク質について、実際に加齢依存性プロテアソーム機能低下依存的に蓄積することを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

老化細胞特異的に出現する核内プロテアソーム液滴の解析が一段落し、論文として発表することが出来た。さらに、老化細胞におけるタンパク質寿命の網羅的解析が進行中であり、老化細胞で短寿命化するタンパク質、長寿命化するタンパク質を複数同定することに成功しており、今後の進展が期待出来る。

Strategy for Future Research Activity

老化細胞で短寿命化するタンパク質、長寿命化するタンパク質を複数同定するすることに成功しており、これらタンパク質寿命変動のメカニズムの解明およびその病態生理的意義を明らかにしていく。また、核内プロテアソーム液滴により積極的に分解されているタンパク質の同定、核内プロテアソーム液滴の構成因子の同定を行う。

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 3 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Changes in brain proteasome dynamics associated with aging2024

    • Author(s)
      Nago Nodoka、Murata Shigeo、Tanaka Keiji、Tanahashi Nobuyuki
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: - Issue: 5 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1111/gtc.13113

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relationships between protein degradation, cellular senescence, and organismal aging2024

    • Author(s)
      Hamazaki Jun、Murata Shigeo
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 0 Issue: 5 Pages: 0-0

    • DOI

      10.1093/jb/mvae016

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  • [Journal Article] Acute irradiation causes a long-term disturbance in the heterogeneity and gene expression profile of medullary thymic epithelial cells2023

    • Author(s)
      Horie Kenta、Namiki Kano、Kinoshita Kyouhei、Miyauchi Maki、Ishikawa Tatsuya、Hayama Mio、Maruyama Yuya、Hagiwara Naho、Miyao Takahisa、Murata Shigeo、Kobayashi Tetsuya J.、Akiyama Nobuko、Akiyama Taishin
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 14 Pages: 1186154-1186154

    • DOI

      10.3389/fimmu.2023.1186154

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  • [Journal Article] Senescent cells form nuclear foci that contain the 26S proteasome2023

    • Author(s)
      Iriki Tomohiro、Iio Hiroaki、Yasuda Shu、Masuta Shun、Kato Masakazu、Kosako Hidetaka、Hirayama Shoshiro、Endo Akinori、Ohtake Fumiaki、Kamiya Mako、Urano Yasuteru、Saeki Yasushi、Hamazaki Jun、Murata Shigeo
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 42 Issue: 8 Pages: 112880-112880

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.112880

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  • [Journal Article] Caspase cleaves<i>Drosophila</i><scp>BubR1</scp>to modulate spindle assembly checkpoint function and lifespan of the organism2023

    • Author(s)
      Shinoda Natsuki、Horikoshi Misuzu、Taira Yusuke、Muramoto Masaya、Hirayama Shoshiro、Murata Shigeo、Miura Masayuki
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 290 Issue: 17 Pages: 4200-4223

    • DOI

      10.1111/febs.16811

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  • [Journal Article] PAC1 deficiency protects obese male mice from immobilization-induced muscle atrophy by suppressing FoxO-atrogene axis2023

    • Author(s)
      Li Qifang、Ishii Kiyo-aki、Kamoshita Kyoko、Takahashi Kenta、Abuduwaili Halimulati、Takayama Hiroaki、Galicia-Medina Cynthia M、Tanida Ryota、Oo Hein Ko、Gafiyatullina Guzel、Yao Xingyu、Abuduyimiti Tuerdiguli、Hamazaki Jun、Harada Kenichi、Murata Shigeo、Takamura Toshinari
    • Journal Title

      Endocrinology

      Volume: - Issue: 6 Pages: 164-165

    • DOI

      10.1210/endocr/bqad065

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      Yusen Men, Shoshiro Hirayama, Shinpei Ao, Yasuyuki Sakurai, Megan Lo, Shigeo Murata
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      第22回東京大学生命科学シンポジウム
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      Ayaka Watanabe, Shoshiro Hirayama, Itsuki Kominato, Sho Takatori, Juan A Varela, Taisuke Tomita, and Shigeo Murata
    • Organizer
      12th General Meeting of the International Proteolysis Society
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  • [Presentation] ESCRT-I複合体は、小胞体上のコレステロール合成酵素のプロテアソーム分解に関与する2023

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      松井 誠杜、門 禹森、平山 尚志郎、小迫 英尊、村田 茂穂
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      第96回日本生化学会大会
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  • [Presentation] The ubiquitin ligase RNF181 plays a pivotal role in sustaining the mammalian proteasome activity under proteasome impairment2023

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      Jun Kishiki, Shota Okuno, Eiichi Hashimoto, Shoshiro Hirayama, Hidetaka Kosako, Jun Hamazaki, and Shigeo Murata
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
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  • [Presentation] 核UFD経路 E3 ligaseとMDM2の連携によるp53の分解メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      柳川貴宏、平山尚志郎、西澤晏理、小迫英尊、村田茂穂
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
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  • [Presentation] 哺乳類プロテアソームの新規転写因子の同定2023

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      橋本創太、 王妍、董瑶加、平山尚志郎、濱崎純、 村田茂穂
    • Organizer
      第96回生化学会大会
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  • [Presentation] ユビキチン様タンパク質FUBIによるタンパク質修飾機構とその生理的意義の解明2023

    • Author(s)
      石田 ちひろ、平山 尚志郎、高橋 宏隆、澤崎 達也、村田 茂穂
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
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  • [Presentation] 細胞老化に伴う新規プロテアソーム核内foci SANPs(senescence-associated nuclear proteasome foci)の発見2023

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      飯尾浩章
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  • [Presentation] プロテアソーム活性を指標にしたCRISPRスクリーニングによる哺乳類プロテアソームの機能制御因子の網羅的探索2023

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      稲見真紀, 川邉明広, 平山尚志郎, 榎本豊, 北村俊雄, 濱崎純, 村田茂穂
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
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  • [Presentation] 非典型的翻訳産物を含めた新規タンパク質品質管理機構のユビキトームによる可視化2023

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      平山尚志郎、伊藤隆裕、村田茂穂
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      学術変革領域「マルチファセット・プロテインズ」 第5回領域会議
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  • [Presentation] ESCRT-I複合体が小胞体上のコレステロール合成酵素のプロテアソーム分解に関与することの生理的意義の解明2023

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      平山 尚志郎、松井 誠杜、門 禹森、小迫 英尊、村田 茂穂
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      _部科学省 科学研究費補助_「新学術領域研究」 第5 回「マルチモードオートファジー」班会議 第15 回 オートファジー研究会
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  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      https://tanpaku.f.u-tokyo.ac.jp/index.html

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  • [Remarks] 学術変革領域「タンパク質寿命」ホームページ

    • URL

      https://www.proteinlifetime.jp

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Published: 2023-04-13   Modified: 2025-04-17  

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