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Development and application of ECM information analysis using decellularized matrix and proteomics.

Planned Research

Project AreaIntegration of extracellular information by multimodal ECM activity
Project/Area Number 23H04937
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (III)
Research InstitutionKumamoto University

Principal Investigator

大槻 純男  熊本大学, 大学院生命科学研究部(薬), 教授 (60323036)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 剛  東洋大学, 生命科学部, 教授 (10393216)
岸田 晶夫  東京医科歯科大学, 生体材料工学研究所, 教授 (60224929)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2028-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥103,220,000 (Direct Cost: ¥79,400,000、Indirect Cost: ¥23,820,000)
Fiscal Year 2025: ¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2024: ¥18,330,000 (Direct Cost: ¥14,100,000、Indirect Cost: ¥4,230,000)
Fiscal Year 2023: ¥28,080,000 (Direct Cost: ¥21,600,000、Indirect Cost: ¥6,480,000)
Keywords脱細胞化マトリクス / プロテミクス / 細胞外マトリクス / 液性因子 / 微粒子 / プロテオミクス / 脱細胞化マトリックス / 細胞外マトリックス
Outline of Research at the Start

生体組織から細胞成分を除去して得られる脱細胞化マトリックスは新しい医療用材料として期待されている。脱細胞化マトリックスのプロテオームを解析することで、ECMに含まれる細胞外情報を担うタンパク質の同定および数値化が期待できるが、脱細胞化組織を構成するタンパク質は難可溶性であるため解析が困難である。本研究では、プロテオーム解析と脱細胞化マトリックスの独自技術を融合し、ECM情報タンパク質を明らかにし定量化することで、脱細胞化マトリックスならびにECMの機能の包括的な理解とデザイナーマトリックス構築の基盤を築くことを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

生体組織から細胞成分を除去して得られる脱細胞化マトリクスは、新しい医療用材料として期待されている。脱細胞化マトリクスのプロテオームを解析することで、ECMに含まれる細胞外情報を担うタンパク質の同定および数値化が期待できるが、脱細胞化組織を構成するタンパク質は難可溶性であるため解析が困難である。そこで、令和5年度は脱細胞化マトリクスから質量分析装置で解析が可能な消化ペプチドを調製する技術の開発を行った。複数の界面活性剤・変性剤による可溶化に加えて、タンパク質の切断をおこなう化合物の検討を行った。さらに高圧抽出機を導入し、高圧処理条件を検討した。その結果、短時間で効率よくタンパク質を抽出する条件を決定し、ラット脳の脱細胞化マトリックスから4000分子以上のタンパク質を同定することができた。本解析法はさまざまな組織由来の脱細胞化マトリクスの構成タンパク質の定量データを得る有用な方法である。また、脱細胞化マトリクス結合液性因子およびマトリックス結合膜小胞(MBV)の解析のために小腸、膀胱、血管組織を脱細胞化し、溶出物の収集と分析を行った。MBVの精製においては、用いる組織・臓器の種類によりMBVの含有量が異なることが明らかとなった。また、MBVの精製プロセスにおいて、用いるECM分解酵素の種類により精製効率が異なることが明らかとなった。しかしながら、MBVの分離精製の効率は十分ではなかったため、次年度も引き続きMBVの分離精製効率の改善に取り組む。一方、MBVはECMに結合した細胞外小胞の総称であるが、MBVとECMの結合についての詳細なメカニズムは明らかとなっておらず、また、得られるMBVの収量が制限されている。このため、細胞成分からなる人工の細胞外小胞を大量に作成する方法の開発に着手し、細胞由来のナノオーダーの小胞の作製する方法の開発に成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

脱細胞化マトリクスのプロテオーム解析技術に関しては順調に開発が進んでいる。当初計画で想定していなかった化合物と高圧抽出が脱細胞化マトリクスからのタンパク質抽出に非常に有用であることが明らかとなった。また、用いる組織・臓器の種類や脱細胞化方法の違いにより得られる脱細胞化マトリックスに差異が生じる可能が示唆され、この点についてさらなる理解を要すると考えられた。脱細胞化マトリックスに含有されるナノスケールの脂質二重膜であるMBVの細胞機能への影響について、内皮細胞の増殖促進効果などのいくつかの細胞機能への影響が示されており、他の細胞機能への影響を検討している。MBVの分離精製に関しては、想定以上の困難さが認められ来年度も引き続き技術開発を継続する。これについて、新たに細胞由来のマイクロからナノオーダーの小胞を大量に作製する事に成功し、本技術はECMと細胞外小胞の結合解析やMBVに含有する機能性分子の解析等への応用を目指し、さらに研究を展開していく予定である。

Strategy for Future Research Activity

脱細胞化マトリックスの調製について、用いる組織、臓器と脱細胞化方法の組み合わせを検討し、残存する細胞外マトリックスのプロテオーム解析等を行う。また、脱細胞化マトリックスを凍結融解、加熱処理などの加工を施し、MBV含有量、組織組成・構造等への影響を検討するとともに、in vitroおよびin vivo評価系において生体適合性等への寄与についてマトリックス組成・構造等と関連させて検討する。特に、今年度は、免疫細胞を用いた脱細胞化マトリックスの炎症性について理解を深める。

Report

(1 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2023 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Effect of antibiotic-administration period on hepatic bile acid profile and expression of pharmacokinetic-related proteins in mouse liver, kidney, and brain capillaries2023

    • Author(s)
      Yagi Ryotaro、Masuda Takeshi、Ito Shingo、Ohtsuki Sumio
    • Journal Title

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      Volume: 50 Pages: 100494-100494

    • DOI

      10.1016/j.dmpk.2023.100494

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of a method for isolating brain capillaries from a single neonatal mouse brain and comparison of proteomic profiles between neonatal and adult brain capillaries2023

    • Author(s)
      Hamada Yudai、Ogata Seiryo、Masuda Takeshi、Ito Shingo、Ohtsuki Sumio
    • Journal Title

      Fluids and Barriers of the CNS

      Volume: 20 Issue: 1 Pages: 50-50

    • DOI

      10.1186/s12987-023-00449-w

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proteomic alterations in the brain and blood?brain barrier during brain Aβ accumulation in an APP knock-in mouse model of Alzheimer’s disease2023

    • Author(s)
      Ito Shingo、Yagi Ryotaro、Ogata Seiryo、Masuda Takeshi、Saito Takashi、Saido Takaomi、Ohtsuki Sumio
    • Journal Title

      Fluids and Barriers of the CNS

      Volume: 20 Issue: 1 Pages: 66-66

    • DOI

      10.1186/s12987-023-00466-9

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Methodologies and applications of proteomics for biomarker research2023

    • Author(s)
      Sumio Ohtsuki
    • Organizer
      2023 ICCP450/JSSX
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 組織関門透過環状ペプチドを用いたバイオ医薬品送達技術の開発2023

    • Author(s)
      大槻純男
    • Organizer
      第44回 生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1細胞プロテオミクスのハイスループット化に向けた油中駅適法の改良2023

    • Author(s)
      山廣万貴、増田豪、伊藤慎悟、大槻純男
    • Organizer
      第71回質量分析総合討論
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 定量プロテオミクスを利用した新生児マウス単離脳毛細血管の評価と血液脳関門プロテオームの成長変化の解明2023

    • Author(s)
      濱田祐大、緒方星陵、増田豪、伊藤慎悟、大槻純男
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Analysis of the differences in brain microvascular endothelial cells between mice and humans by deep proteomics2023

    • Author(s)
      Haruka Kumabe, Takeshi Masuda, Tomomi Furihata, Shingo Ito, Norie Araki, Sumio Ohtsuki
    • Organizer
      Cerebral Vascular Biology 2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高深度プロテオミクスを用いた血液脳関門の種差の解明2023

    • Author(s)
      隈部遥香、増田豪、降幡知巳、伊藤慎悟、荒木令江、大槻純男
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 最新プロテオームを活用した細胞機能の解析2023

    • Author(s)
      大槻純男
    • Organizer
      第3回NCBAワーキンググループ研究会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Narrow isolation windowsによるSWATH-DIAによるタンパク質同定数の向上2023

    • Author(s)
      孔新、 山本 拓実、 隈部 遥香、 田代 尚人、 増田 豪、 伊藤 慎悟、 大槻 純男
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of soft-hard internal tissue by mineralization of decellularized membrane.2023

    • Author(s)
      Tsuyoshi Kimura, Mika Suzuki, Yoshihide Hashimoto, Masahiro Okasa, Takuya Matsumoto, Naoko Nakamura, Akio Kishida
    • Organizer
      Biomaterials International 2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 石灰化脱細胞化膜の硬-軟境界組織への応用2023

    • Author(s)
      木村剛,鈴木美加,岡田正弘,松本卓也,高橋宏信, 清水達也, 中村奈緒子, 橋本良秀, 岸田晶夫
    • Organizer
      第72回高分子討論会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 硬-軟境界組織応用を目指した石灰化dECM膜のin vivo骨親和性評価2023

    • Author(s)
      鈴木美加,木村剛,橋本良秀,岡田正弘,松本卓也,高橋宏信,清水達也,山田将博,江草宏,中村奈緒子,岸田晶夫
    • Organizer
      第45回日本バイオマテリアル学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 高静水圧処理細胞を用いた人工細胞外小胞の調製2023

    • Author(s)
      海田こころ,木村剛,橋本良秀,秋吉一成,佐々木善浩,岸田晶夫
    • Organizer
      第45回日本バイオマテリアル学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Evaluation of macrophage response of decellularized tissues using gene-modified THP-1.2023

    • Author(s)
      Mika Suzuki, Tsuyoshi Kimura, Varja Cuculuvic, Ruri Ishigaki, Yoshihide Hashimoto, Takahide Matsushima, Hiroshi Asahara, Wataru Nomura, Tadao Tanabe, Masaya Yamamoto, Kishida Akio
    • Organizer
      MRM2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] HHP処理細胞を用いた人工細胞外小胞の調製とその生医学応用2023

    • Author(s)
      海田こころ, 木村剛, 橋本良秀, 秋吉一成, 佐々木善浩, 岸田晶夫
    • Organizer
      第23回日本再生医療学会総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Remarks] 熊本大学大学院生命科学研究部微生物薬学分野

    • URL

      https://ohtsuki-lab.jp/ja/

    • Related Report
      2023 Annual Research Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2025-04-17  

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