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大腸菌ゲノムの一次構造の解析

Research Project

Project/Area Number 01655005
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

磯野 克己  神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宮澤 三造  国立遺伝学研究所, 遺伝情報センター, 助教授 (60190774)
藤田 信之  国立遺伝学研究所, 分子遺伝, 助手 (90173434)
水野 猛  名古屋大学, 農学部, 教授 (10174038)
橘 秀樹  神戸大学, 理学部, 助教授 (70126118)
椙崎 弘幸  京都大学, 化学研究所, 助手 (60135598)
Project Period (FY) 1989
Project Status Completed (Fiscal Year 1989)
Budget Amount *help
¥32,000,000 (Direct Cost: ¥32,000,000)
Fiscal Year 1989: ¥32,000,000 (Direct Cost: ¥32,000,000)
Keywords整列クローンバンク / 塩基配列決定 / DNAシーケンサー / コンピュータープログラム / 大腸菌データベース
Research Abstract

大腸菌ゲノム構造の全体像を解明するためには、(1)実験データを効率よく得るための方法・技術を開発すること、及び、(2)データの収録・整理・統合などを効率よく行なうこと、が必要である。(1)の目的のためには、大腸菌の全ゲノムを網羅したいわゆる「整列クローンバンク」から、個々のクローンを取り出して塩基配列を決定する過程、および塩基配列決定を可能な限り機械化・自動化することを検討する必要がある。そこで本研究では、個々のクローンのDNAを直接、塩基配列決定のための酵素反応(ジデオキシ法)の鋳型として用いる方法を開発し、これを市販されているDNAシーケンサーで使用できるようにした。さらに、DNAシーケンサーをよりよく駆使できるように、ハード、ソフトの両面から改良を加えた。また、(2)の目的のためにはコンピューターの使用が不可欠であり、これを最大限有効に利用する方法を講じなければならない。大腸菌ゲノムの全構造が解明されれば、その約470万塩基対からなる塩基配列データは、それ自身で一個の独立のデータベースとして、取り扱われるようになるものと考えられる。そこで、すでに発表されている塩基配列データーを収録して整理し、これに遺伝子地図データおよび整列クローンのデータを加えて「大腸菌データーベース」として整理し、班員の利用に供した。
このように本年度の研究では、実験方法の改良、特に実験の機械化、コンピューター化を計ることを綿密に検討するとともに、データの評価法を確立し、研究を進めていく過程でこれらをより普遍的なものに編成し、本重点領域研究の他の計画研究・公募研究を含めた実際の研究に反映させてきた。それとともに、各種の領域の塩基配列決定を行ない、大腸菌のゲノム全構造の解明に向けての努力を重ねた。

Report

(1 results)
  • 1989 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All Other

All Publications (21 results)

  • [Publications] Ueshima R.,Fujita N.,Ishihama A.: "DNA supercoiling and temperature shift affect the promoter activity of the Escherichia coli rpoH gene encoding the heat-shock sigma subunit of RNA rolymerase." Mol.Gen.Genet.215. 185-189 (1989)

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  • [Publications] Nakayama M.,Fujita N.,Ohama T.,Osawa S.,Ishihama A.: "Micrococcus luteus,a bacterium with a high G+C content,contains Escherichia coli-type promoters." Mol.Gen.Genet.218. 384-389 (1989)

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  • [Publications] Tanaka Y.,Tsujimura A.,Fujita N.,Isono S.,Isono K.: "Cloning and analysis of an Escherichia coli operon containing the rpmF gene for ribosomal protein L32 and the gene for a 30-kilodalton protein." J.Bacteriol.171. 5707-5712 (1989)

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  • [Publications] Igarashi K.,Fujita N.,Ishihama A.: "Promoter selectivity of Escherichia coli RNA polymerase:omega factor is responsible for the ppGpp sensitivity." Nucleic Acids Res.17. 8755-8765 (1989)

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  • [Publications] Wada A.,Yamazaki Y.,Fujita N.,Ishihama A: "Identification and probable genetic location of the ribosome modulation factor associated with 100S ribosomes in stationaryphase Escherichia coli cells." Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.87. (1990)

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  • [Publications] Igarashi K.,Fujita N.,Ishihama A.: "Functional mapping of alpha subunit of Escherichia coli RNA polymerase."

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  • [Publications] Kang,W.-K.,Icho T.,Isono S.,Kitakawa M.,Isono K.: "Characterization of the gene rimK responsible for the addition of glutamic acid residues to the C-terminus of ribosomal protein S6 in Escherichia coli K12." Mol.Gen.Genet.217. 281-288 (1989)

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  • [Publications] Tanaka S.,Matsushita Y.,Yoshikawa A.,Isono K.: "Cloning and molecular characterization of the gene rimL which encodes an enzyme acetylating ribosomal protein L12 of Escherichia coli." Mol.Gen.Genet.217. 289-293 (1989)

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  • [Publications] Matsushita Y.,Kitakawa M.,Isono K.: "Cloning and analysis of the nuclear genes for two mitochondrial ribosomal proteins in yeast." Mol.Gen.Genet.219. 119-124 (1989)

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  • [Publications] Tanaka Y.,Tujimura A.,Fujita N.,Isono S.,Isono K.: "Cloning and analysis of an Escherichia coli operon containing the rpmF gene for ribosomal protein L32 and the gene for a 30 kilodalton protein." J.Bacteriol.171. 5707-5712 (1989)

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  • [Publications] Kitakawa M.,Isono K.,Grohmann L.,Graack.H.-R.: "Cloning and characterization of nuclear genes for two mitochondrial ribosomal proteins in Saccharomyces cerevisiae." Nucl.Acids Reds.(1990)

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  • [Publications] Yoshikawa A.,Isono K.: "Chromosome III of Saccharomyces cerevisiae:An ordered clone bank,a detailed restriction map and analysis of transcripts suggests the presence of 160 genes." Yeast. (1990)

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  • [Publications] Oh,B.-K.,Isono K.,Apirion,D.: "THE location of a gene for a small stable(10Sa)RNA in the Escherichia coli choromosome." J.Bacteriol.(1990)

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  • [Publications] Miyazawa S.: "DNA data bank of Japan: Present status and future plans." Computers and DNA, SFI Studies in the Sciences of Complexity. VII. 47-61 (1990)

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  • [Publications] Miyauchi T.: "Basigi,a new member of the immunoglobulin superfamily of broad distribution has strong homology with both immunoglobulin V domain and the β-chain of major histocompatibility complex class II antigen." J.Biochem.(1990)

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  • [Publications] Muramatsu S.,Mizuno T.: "Nucleotide sequence of the region encompassing the glpFKF operon and its upstream region containing a bent DNA sequence of E.coli." Nucleic Acids Research. 17. 1898 (1989)

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  • [Publications] Muramatsu S.,Mizuno T.: "Nucleotide Sequence of the fabE gene and flanking regions containing a bent DNA sequence of E.coli." Nucleic Acids Research. 17. 3982 (1989)

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  • [Publications] Muramatsu S.,Mizuno T.: "Nucleotide sequence of the region encompassing the int gene of a cryptic prophage and the dnaY gene flanked by a curved DNA sequence of E.coli Kー12" Mol Gen Genet. 220. 325-328 (1990)

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  • [Publications] K.Kita,H.Kotani,H.Sugisaki & M.Takanami: "The FokI Restriction-Modification System I.Organization and Nucleotide Sequences of the Restriction and Modification Genes." The Journal of Biological Chemistry. 264. 5751-5756 (1989)

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  • [Publications] H.Sugisaki,K.Kita & M.Takanami: "The FokI Restriction-Modification System II.Presence of Two Domains in FokI Methylase Responsible for Modification of Different DNA Strands." The Journal of Biological Chemistry. 264. 5757-5761 (1989)

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  • [Publications] Hideki Tachibana: "An 'initiator-terminator vector'suitable for direct expression of genic segments in Escherichia coli" Protein Engineering. (1990)

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Published: 1989-04-01   Modified: 2016-04-21  

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