| Project/Area Number |
01655005
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宮澤 三造 国立遺伝学研究所, 遺伝情報センター, 助教授 (60190774)
藤田 信之 国立遺伝学研究所, 分子遺伝, 助手 (90173434)
水野 猛 名古屋大学, 農学部, 教授 (10174038)
橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授 (70126118)
椙崎 弘幸 京都大学, 化学研究所, 助手 (60135598)
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| Project Period (FY) |
1989
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 1989)
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| Budget Amount *help |
¥32,000,000 (Direct Cost: ¥32,000,000)
Fiscal Year 1989: ¥32,000,000 (Direct Cost: ¥32,000,000)
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| Keywords | 整列クローンバンク / 塩基配列決定 / DNAシーケンサー / コンピュータープログラム / 大腸菌データベース |
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| Research Abstract |
大腸菌ゲノム構造の全体像を解明するためには、(1)実験データを効率よく得るための方法・技術を開発すること、及び、(2)データの収録・整理・統合などを効率よく行なうこと、が必要である。(1)の目的のためには、大腸菌の全ゲノムを網羅したいわゆる「整列クローンバンク」から、個々のクローンを取り出して塩基配列を決定する過程、および塩基配列決定を可能な限り機械化・自動化することを検討する必要がある。そこで本研究では、個々のクローンのDNAを直接、塩基配列決定のための酵素反応(ジデオキシ法)の鋳型として用いる方法を開発し、これを市販されているDNAシーケンサーで使用できるようにした。さらに、DNAシーケンサーをよりよく駆使できるように、ハード、ソフトの両面から改良を加えた。また、(2)の目的のためにはコンピューターの使用が不可欠であり、これを最大限有効に利用する方法を講じなければならない。大腸菌ゲノムの全構造が解明されれば、その約470万塩基対からなる塩基配列データは、それ自身で一個の独立のデータベースとして、取り扱われるようになるものと考えられる。そこで、すでに発表されている塩基配列データーを収録して整理し、これに遺伝子地図データおよび整列クローンのデータを加えて「大腸菌データーベース」として整理し、班員の利用に供した。
このように本年度の研究では、実験方法の改良、特に実験の機械化、コンピューター化を計ることを綿密に検討するとともに、データの評価法を確立し、研究を進めていく過程でこれらをより普遍的なものに編成し、本重点領域研究の他の計画研究・公募研究を含めた実際の研究に反映させてきた。それとともに、各種の領域の塩基配列決定を行ない、大腸菌のゲノム全構造の解明に向けての努力を重ねた。
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