主要組織適合抗原遺伝子群のDNAデ-タベ-ス構築とそのビジュアルソフトウェア開発

• Project/Area Number: 03266210
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: 堀 寛 広島大学, 原爆放射能医学研究所, 助教授 (60116663)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 吉田 和夫 広島大学, 理学部, 教授 (70022720) ; 松浦 正明 広島大学, 原爆放射能医学研究所, 助手 (40173794)
• Project Period (FY): 1991
• Project Status: Completed (Fiscal Year 1991)
• Budget Amount: ¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000); Fiscal Year 1991: ¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
• Keywords: 主要組織適合抗原系遺伝子群 / MHC / HLA / デ-タベ-ス / タイピング / 自己非自己識別

Research Abstract

本研究計画は,複雑なMHC遺伝子群の情報をGenBankなどの巨大デ-タベ-スから抽出し,より効率よく利用し補完する新たな基磁デ-タベ-スと検索解析ツ-ルを提供する。さらに解析結果のコンピュ-タ表現処理ツ-ルをも提供し最終目標としてバイオソフト用WINDOWS的統合化環境を提供しようとしている。これは臨床におけるHLAタイピングの基礎情報を提供するだけでなく,主要組織適合抗原遺伝子群を基礎とする生物の自己と非自己識別の分子機構の進化を検討する上でも重要な基礎的デ-タベ-スとなる。この目的のためGenBankデ-タベ-スよりMHC遺伝子群を切り出し,その配列のCDNA化を行い,並列化の作業を行った。このデ-タベ-スを利用し解析した結果は1990年1月のヒュ-マン・ゲノムプロジエクト・シンポジウム,国際人類生物学会シンポジウム,日本人類遺伝学会において発表した。また1992年の当研究領域の班会議(東京)においてさらに発展したデ-タベ-スの紹介とそれを利用した解析結果を報告することができた。我々はまたマイコン用GENEMAPと呼ぶ遺伝子デ-タベ-スの検索,構築用ソフトのプロトタイプを開発しこれにより遺伝子をデ-タベ-スからカラ-グラフィック表示し,染色体地図上で検索することも可能にした。今後はこのデ-タベ-スをより強力なグラフィック機能を持つUnix系ワ-クステ-ションに移植しその機能を更に拡張,強化してヒュ-マンインタフェ-スの充実を計る予定である。

Research Products

• [Publications] Hori,H.and Satow,Y.: "Deadーend evolution of the Cnidaria as deduced from 5S ribosomal RNA sequences." Hydrobiologia. 217. 505-508 (1991)
• [Publications] Okamoto,K.,Suzuki,K.and Yoshida,K.: "Physical mapping and RFLP analysis of mtDNAs from the ascosporogenous yeasts:Saccharomyces exiguus,S.Kluyveri and Hansenula wingei." Jpn.J.Genetics. 66. 709-718 (1991)
• [Publications] Nishikawa,M.,Suzuki,K.and Yoshida,K.: "DNA integration into recipient yeast chromosomes by transkinqgom conjugation between Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae." Current Genetics. 21. 101-108 (1992)
• [Publications] Hoshino,S.,Hori,H.,Kimura,A.,Fukuda,K.,Dohi,Y.,Sasazuki,T.: "PCRーSSCP analysis of HLA class II DRB1 and D〓B1 genes:a simple rapid method for histocompatibility test." Transplantation. (1992)
• [Publications] 堀 寛: "変異の分子進化:5SrRNAとヒト主要組織適合抗原遺伝子群" 月刊海洋. 23. 103-113 (1991)
• [Publications] 堀 寛: "陸上植物の分子進化系統樹:よみがえるコケの退行進化説" 遺伝. 34(5). (1992)
• [Publications] Hori,H.and Satow,Y.: "Archebacteria vs Metabacteria:phylogenetic tree of organisms indicated by comparison of 5S ribosomal RNA sequences.In:“Evolution of Life"(Eds:Osawa,S.,Honjo,T.)" Springer, 325-336 (1991)
• [Publications] Hori,H.: "Molecular phylogeny of organisms and cellular systems. In: Biological diversity and global change"(Eds:Solbrig,O.T.,Van Oordt,W.,Van Emden,T.)" proceedings of 1991 IOBS coutevence,Amsterdam., (1992)