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蛋白質が認識するDNA構造

Research Project

Project/Area Number 04254105
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

西村 善文  横浜市立大学, 大学院総合理学研究科, 教授 (70107390)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 甲斐荘 正恒  東京都立大学, 理学部, 助教授 (20137029)
上杉 晴一  横浜国立大学, 工学部, 教授 (70028851)
神藤 平三郎  東京薬科大学, 薬学部, 助教授 (80138966)
京極 好正  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)
水野 猛  名古屋大学, 農学部, 教授 (10174038)
Project Period (FY) 1992
Project Status Completed (Fiscal Year 1992)
Budget Amount *help
¥33,500,000 (Direct Cost: ¥33,500,000)
Fiscal Year 1992: ¥33,500,000 (Direct Cost: ¥33,500,000)
Keywordsタンパク質 / DNA / 立体構造 / NMR / X線結晶解析 / DNA給合ドメイン / がん遺伝子産物 / Myb
Research Abstract

核内原がん遺伝子産物MybのDNA結合ドメインは3個のリピート構造からなり、N末から順にR1,R2,R3と呼ばれている。各リピートの立体構造と機能に関して以下の事がわかった。
1.R3の立体構造をNMRにより解析し、3個のヘリックスからなり、2番目と3番目のヘリックスは、ホメオドメインや細菌のリプレッサータンパク質のDNA認識モチーフであるヘリックス・ターン・ヘリックス構造と類似した構造をとっていた。3番目のヘリックスがDNAの大きな溝にはまり、AACの配列を認識していることが示唆された。
2.R1の立体構造をNMRにより解析し、R3と類忍した立体構造で、同じく3個のヘリックスからなっていた。保存性の高い3個のトリプトファンは他の脂肪族アミノ酸とともに疎水性コアを形成していたが、ヒスチジンは関与していなかった。
3.R2とR3の両方を含むR23,DNA結合ドメイン全体のR123のNMRの解析からR3単独の立体構造はR23やR123中に保存されていた。
4.特異的なDNAとの相互作用の結果、DNAとの特異的な結合にはR23が必須であることがわかった。
5.DNAの一連の変異実験から、特異的な配列としてAACXGX(C/T/A)配列が同定できた。またDNA側のデリーションの実験と組み合わせることにより、R3がAAC配列をR2がGX(C/T/A)配列を認識していることが示された。
6.そのほかOmpR、HーNS,HU等に関してもDNA認識機構を検討した。

Report

(1 results)
  • 1992 Annual Research Report
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    (6 results)

All Other

All Publications (6 results)

  • [Publications] 緒方 一博: "Solution structure of a DNA-binding unit of Myb" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 89. 6428-6432 (1992)

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      1992 Annual Research Report
  • [Publications] 平尾 一郎: "Extra ordinary stable mini-hairpins" Nucleic Acids Res.20. 3891-3896 (1992)

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      1992 Annual Research Report
  • [Publications] 谷川 潤: "Interaction of a protooncogene product,Myb with DNA" Nucleic Acids Symposium Series. 27. 163-164 (1992)

    • Related Report
      1992 Annual Research Report
  • [Publications] 平尾 一郎: "Stability difference between DNA and RNA minihairpins containing two G-C pairs" Nucleic Acids Symposium Series. 27. 127-128 (1992)

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  • [Publications] 上杉 晴一: "NMR studies of a DNA containing 8-Methoxy-deoxy guanosine" Nucleosides Nucleotides. 11. 261-272 (1992)

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  • [Publications] 皿井 明倫: "Stress-strain analysis of the B-A conformation transition" Biochemistry.

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Published: 1992-04-01   Modified: 2016-04-21  

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