| Project/Area Number |
04261210
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
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Principal Investigator |
篠原 武 九州工業大学, 情報工学部, 助教授 (60154225)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
下薗 真一 九州工業大学, 情報工学部, 助手 (70243988)
溝口 佳寛 九州工業大学, 情報工学部, 講師 (80209783)
新島 耕一 九州工業大学, 情報工学部, 教授 (30047881)
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| Project Period (FY) |
1992 – 1994
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 1992)
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| Budget Amount *help |
¥3,000,000 (Direct Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 1992: ¥3,000,000 (Direct Cost: ¥3,000,000)
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| Keywords | テキストデータベース / パターン照合アルゴリズム / 連想記憶モデル / 情報圧縮 / 機械学習 |
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| Research Abstract |
本年度の研究によって得られた結果は次の2点に要約できる.
1.DNA塩基配列データ用テキストデータベース管理システムの構築
篠原らがすでに開発し、九州大学大型計算機センターで一般に公開している汎用のテキストデータベース管理システムSIGMAは、高速な文字列パターン照合アルゴリズムを駆使した効率的な情報システムである.本年度の研究においては、このSIGMAシステムを一般のワークステーション上で利用可能なように、検索機能を中心にUNIX上に移植した.また、塩基配列の文字種が極めて少ないことに着目し、情報圧縮の手法をSIGMAシステムに組み込むことにより、外部記憶装置の容量が比較的制限されるような場合にも大量のデータが処理しやすくなった.このことにより、さまざまな遺伝子情報データベースを、一般のワークステーション上のSIGMAシステムで操作することが可能になった。
2.塩基配列用高速パターン照合アルゴリズムの開発
さまざまな観点から塩基配列用の高速パターン照合アルゴリズムを開発した.とくに、情報圧縮の手法を利用したパターン照合の高速化や、連想記憶モデルによる全く新しいアルゴリズムの考察を行った。さらに、パターン言語の帰納学習に組み合わせ最適化の手法を取り入れることで、タンパク質データベースのような比較的文字種の多いデータベースに対しても、これらの手法が応用できることがいえた。
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