ヒトゲノムのコーディング領域推定とGC含量モザイク構造の解析
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05254101
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
池村 淑道 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三田 和英 放射線医学総合研究所, 生物研究部, 主任研究官 (30159165)
和田 健之介 (株)ATR人間情報通信研究所, 第6研究室, 客員研究員
松本 健一 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助手 (30202328)
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| Project Period (FY) |
1993
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 1993)
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| Budget Amount *help |
¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
Fiscal Year 1993: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
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| Keywords | ヒトゲノム / タンパク質コーディング領域 / GC含量モザイク構造 / コドンデータベース / 判別分析 / DNAデータベース / コーディング配列 |
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| Research Abstract |
コンピュータによる遺伝子機能領域の推定のためには、実験的にコーディング領域として同定されている遺伝子塩基配列のコドン使用頻度の特徴を明らかし、その知見を基礎に、コーディング領域を推定する手法を確立する必要がある。GenBankの全体を解析し、総計92,000遺伝子のコドン使用を算出し、データベース化した。さらに各生物種ごとに集計を行い、各生物種の特徴パターンとして約300生物種についてもデータベース化した。従来から構築を続けてきたこれらコドンデータベースは、微生物や無脊椎動物のコーディング領域の推定法の基礎データとして利用されてるいだけでなく、有用遺伝子の化学合成の際のコドン選択、ならびに遺伝子クローニング用のプローブやPCRプライマー作成の際の指針となっており、ゲノム計画で得られる大量塩基配列を実用に役立てる上で、橋渡しをする有用データベースとしての実績をはたすと考えられる。
ヒトゲノムはGC含量についてMbレベルでのモザイク構造よりなり、これに起因して遺伝子コドン使用パターンに顕著な多様性が存在する。ヒトゲノムに適したコーディング領域の推定法が開発するために、GC含量モザイクメインごとのコドン使用の特徴抽出を行った。上記のコドンデータベースを構築する中間過程で、コーディング領域のみからなる塩基配列データセットを作成するが、これを利用することで、能率的で精度の良いヒト遺伝子コーディング領域の検索が行なえることも明らかとなった。我々の研究で明らかしたヒトMHC(HLA)領域のGC含量モザイク境界の塩基配列解析において、その境界近傍にNotch様遺伝子(Notch3と命名)並びにHomeo box遺伝子(PBX2mhcと命名)等の新遺伝子を見いだした。
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Report
(1 results)
Research Products
(4 results)
