GUI環境下の遺伝子解析ソフトウェアの作成

• Project/Area Number: 05254208
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 那須 正夫 大阪大学, 薬学部, 助教授 (90218040)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 高木 達也 大阪大学, 遺伝情報実験施設, 講師 (80144517)
• Project Period (FY): 1993
• Project Status: Completed (Fiscal Year 1993)
• Budget Amount: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000); Fiscal Year 1993: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
• Keywords: 2次構造推定 / アルゴリズム / ニューラルネットワーク / GUI / 高次構造予測

Research Abstract

今年度は、RNAの2次構造推定ルーチンを中心に作成した。なお、このアルゴリズムは、秋山等のHopfield型ニューラルネットワークを利用した手法によっているが、細かい点で彼らの方法を必ずしも参照していない部分もある。プログラムの作成に当たって、大量の中間データの処理に本科研費補助金により購入したハードディスクを利用した。本プログラムでは、例えば下記40塩基のテストデータを入力すれば、2種類のペア構造列が選択されて戻ってくる。
入力データファイルの内容
AUGCGCGCUAUACAGCUAGCUGCUAGCUGUGCAUCGUAC
この他の計算結果として、秋山等の報告している3例の結果が再現されることを確かめている。これらの出力様式は現在のところ、エンドユーザーにとって必ずしも理解し易いようにはできていないため、次年度の研究計画により日本語GUI環境下に移植する予定である。この他、蛋白質等の高次構造予測に用いられるバックプロパゲーション型ニューラルネットワークに、ロバスト推定法を応用し、従来ニューラルネットワークが弱いとされてきた外挿的予測性の向上に関する研究を行った。その結果、ロバスト推定法の応用により、クロスヴァリデーション法により得られる予測性が向上することを見いだした。