モデル生物ゲノム配列情報のデータベース解析

• Project/Area Number: 07780585
• Research Category: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Biophysics
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 中井 謙太 大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 (60217643)
• Project Period (FY): 1995
• Project Status: Completed (Fiscal Year 1995)
• Budget Amount: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000); Fiscal Year 1995: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
• Keywords: ゲノム / モデル生物 / データベース / インターネット / 配列解析

Research Abstract

本研究では、近年特にゲノム塩基配列決定が進んでいるモデル生物遺伝子の組織特異的発現情報と、タンパク質の細胞内局在部位のデータを収集整理して、解析することを目標とした。
タンパク質の局在部位データに関しては、大腸菌と酵母をとりあげ、実験的に局在部位が決定されているタンパク質のアミノ酸配列を収集した。その結果、大腸菌は合計336のデータを、局在メカニズムに基づき、次の8つに分類した(細胞質タンパク質、N末端にシグナルをもたない内膜タンパク質、ペリプラズムタンパク質、非切断シグナルをもつ内膜タンパク質、切断シグナルをもつ内膜タンパク質、外膜タンパク質、内膜リポタンパク質、外膜リポタンパク質)。一方、酵母は、1484のデータが得られたので、それらを10のクラスに分類した(細胞骨格を含む細胞質、核、ミトコンドリア、ペルオキシソーム、液胞、細胞壁を含む細胞外、小胞体内腔、切断シグナル付き膜タンパク質、非切断シグナル付き膜タンパク質、N末シグナルがない膜タンパク質)。これらの分類は、解析の都合上意識的に単純化してある。さらにこの中で50%以上の一致がある場合の冗長配列を除くと、データ数は1368となった。これらは局在化部位予測システムPSORTの新バ-ジョンを作るために利用されており、新システムともどもインターネット上での公開を予定している。
一方、遺伝子の発現情報の解析は、研究室で進行中のヒトとマウスのcDNA解析プロジェクトと密接に協力しながら進めた。まず、ヒトのデータについては、BodyMapサーバとして、分類整理したデータをインターネット上で公開した。それらは海外からも多数参照されている。マウスのデータについても、近日中に公開すべく現在準備中である。また、マウスmRNAに含まれる多数のB2繰り返し配列についても、クラスター分析などの手法で現在解析を進めている。