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DNA塩基配列の二次元パターン化による解析

Research Project

Project/Area Number 09878140
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Biophysics
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

大澤 研二  名古屋大学, 大学院・多元数理科学研究科, 助教授 (50203758)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 尾畑 伸明  名古屋大学, 大学院・多元数理科学研究科, 助教授 (10169360)
Project Period (FY) 1997
Project Status Completed (Fiscal Year 1997)
Budget Amount *help
¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 1997: ¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
KeywordsDNA / タンパク質 / ゲノム / データベース / 色彩化 / インフォーマティックス / 情報処理 / 構造予測
Research Abstract

DNA塩基配列を色彩化し、二次元平面上に並べることにより、配列の中に含まれる情報を決まったパターンとして顕在化することを試みた。変換法式としては、それぞれの塩基の種類に対して決まった色をあてはめる方法をとり、様々な配列の解析を試みた。その結果、ヒトのcDNA配列中のアミノ酸配列を決定する領域とそうでない領域の区別がつくことを示すとともに、DNA配列中に含まれる反復配列を繰り返しのあるパターンとして容易に顕在化できることを示した。特に後者では、最近報告された大腸菌のゲノムに関して、反復長が24塩基対から541塩基対までの反復配列が合計42個存在することを見いだした。また、この方法はタンパク質のアミノ酸配列の解析にも応用でき、疎水性の度合などといったアミノ酸残基の性質に応じた色彩化を行うことにより球状やロッド状といった全体的な構造の違いを示すとともに、αヘリックスやコラーゲンヘリックスなどの特徴も顕在化できることが示された。特徴の顕在化において重要となる要素の解析については、円周率などの無理数や循環小数などの有理数を数字列として扱って、この方法を適用することで、文字列の中のどのような特徴が明らかになるのかを調べ、反復配列などの繰り返しのパターンだけでなく、特定の文字や文字のグループの分布の偏りによって色彩パターンが顕在化することが明らかとなった。これらの結果は、日本生物物理学会年会、ゲノムインフォーマティックスワークショップ、国際シンポジウム「DNA解析技術の最近の進歩」等において発表した。

Report

(1 results)
  • 1997 Annual Research Report
  • Research Products

    (1 results)

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All Publications (1 results)

  • [Publications] S. Miyano: "Genome Informatics 1997" Universal Academy Press, Inc., 365 (1997)

    • Related Report
      1997 Annual Research Report

URL: 

Published: 1997-04-01   Modified: 2016-04-21  

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