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ゲノムワイド疾患関連遺伝子同定のための遺伝統計学手法の開発

Research Project

Project/Area Number 09F09353
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Research Field Medical sociology
Research InstitutionNiigata University

Principal Investigator

赤澤 宏平  新潟大学, 医歯学総合病院, 教授

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) HOQUE Md.Aminul  新潟大学, 医歯学総合病院, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2009 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2010: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2009: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywords生存時間解析 / 生存予後 / 多変量回帰モデル / 比例ハザードモデル / 前立腺癌 / リスク分類 / ベイジアンネットワーク / ロジスティック回帰モデル / 再発リスク / マイクロアレイデータ / 研究デザイン / サンプルサイズ / ロジスティック回帰分析 / リスク解析
Research Abstract

個々の患者の生存予後予測、即ち、遺伝子解析データ、先天的要因、診断時の臨床所見等から癌摘出手術を行ってから再発・死亡するまでの生存率曲線を予測することが、臨床の現場では有用となる。生存時間解析での打ち切り症例(フォローアップ途中に観察が打ち切られた症例のこと)を考慮に入れた多変量回帰モデルにより、個々の患者の無再発率や生存率を予測することが可能である。そこで、それぞれの疾患での独立で有意な予後規定因子から、ある経過年後の生存率(たとえば、5年生存率)を臨床の現場で推定する方法を検討した。
前立腺癌患者の生存率予測を行った。対象症例は211例の根治的前立腺切除症例である。癌摘出後、癌が再発するまでの時間を評価尺度とした。収集されたデータ項目は、PSA値(他の論文を参照して5つのカテゴリーに分割)、Gleasonスコア、癌の深達度分類(T1/T2,T3a)、PPB、手術時年齢(50歳未満、50歳以上)、の5因子である。また、これら5因子を使い米国で開発されたUCSF-CAPRAスコア(0点から10点まで)が計算された。無再発率を予測するために、多変量生存時間解析手法のCoxの比例ハザードモデルを用いた。また、Harrellの一致係数(c-index)が予測精度を定量的に評価するために用いられた。比較のために、D'Amico分類やCAPRAのリスク分類も計算された。
CAPRAスコアによる低リスク群、中間リスク群、高リスク群の人数は、それぞれ85例(40.3%)、106例(50.2%)、20例(9.5%)であった。D'Amicoのリスク分類の低リスク群、中間リスク群、高リスク群の人数は、それぞれ66例(31.3%)、89例(42.2%)、56例(26.5%)であった。cAPRAスコアとD'Amicoのリスク分類の一致係数(c-index)は、それぞれ0.755と0.713でありCAPRAスコアの方が予測精度が高いことが示唆された。これらに基づき、日本人にあった予後予測モデルの構築がなされた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究計画書に記載された研究目的がほぼ達成され、その成果は英文論文誌に掲載された。

Strategy for Future Research Activity

すでに終了した研究である。

Report

(3 results)
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2012 2011 2010

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] High-Risk Ovarian Cancer Based on 126-Gene Expression Signature Is Uniquely Characterized by Downregulation of Antigen Presentation Pathway2012

    • Author(s)
      Kosuke Yoshihara
    • Journal Title

      Clinical Cancer Research

      Volume: 18 Issue: 5 Pages: 1374-1385

    • DOI

      10.1158/1078-0432.ccr-11-2725

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] External Validation of the UCSF-CAPRA (University of California, San Francisco, Cancer of the Prostate Risk Assessment) in Japanese Patients Receiving Radical Prostatectomy2011

    • Author(s)
      Fumio Ishizaki
    • Journal Title

      Japanese Journal of Clinical Oncology

      Volume: 41 Issue: 11 Pages: 1259-1264

    • DOI

      10.1093/jjco/hyr136

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metabolic flux distribution and mathematical models of dynamic simulation of carbon metabolism in Escherichia coli2011

    • Author(s)
      Hoque M.A, Attia K, Alattas O, Merican, A.F.
    • Journal Title

      African Journal of Biotechnology

      Volume: 10(12) Pages: 2340-2352

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Application of Bayesian Networks to Decision Making in Lymph Node Metastasis of Colorectal Cancer2011

    • Author(s)
      Md.Aminul Hoque
    • Organizer
      19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology
    • Place of Presentation
      オーストリア・ウィーンAUSTRIA CENTER VIENNA
    • Year and Date
      2011-07-17
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Book] Application of Bayesian network model to decision making in clinical practice2010

    • Author(s)
      Md.Aminul Hoque
    • Publisher
      SCIYO Inc(In press)
    • Related Report
      2009 Annual Research Report

URL: 

Published: 2009-04-01   Modified: 2024-03-26  

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