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3次共生に伴う真核共生体退化核ゲノム構造と縮退過程の解明

Research Project

Project/Area Number 09J00508
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biodiversity/Systematics
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

松本 拓也  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2009 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2010: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2009: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywordsヌクレオモルフ / Lepidodinium / 葉緑体 / 3次共生 / 渦鞭毛藻類
Research Abstract

本研究では、緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium chlorophurumが持つ、共生藻退化核であるヌクレオモルフ (Nm) の探索を行っている。Lepidodnium葉緑体周辺区画内には、2重膜に囲まれ、穴の空いた構造体が電子顕微鏡観察により確認されている。葉緑体周辺区画は共生緑藻のかつての細胞質に相当し、そこに存在する2重膜構造体は退化・縮小した緑藻核、すなわちNMではないかと考えられている。しかし、Nm様構造体は、電子顕微鏡写真により確認されているだけで、DNAの存在は未知である。本研究では、EST解析を行い、ヌクレオモルフゲノムの構造を決定する。そして、クリプト藻類、クロララクニオン藻類が持つヌクレオモルフゲノム構造と比較することにより、真核共生体核ゲノムの縮退過程の解明を目的とする。
H23年度では、H22年度作成したcDNAライブラリーを用いて網羅的発現遺伝子(Expression Sequence TagあるいはEST)解析により配列情報を獲得した。そめ中で特に緑藻類に相同性を示すハウスキーピング遺伝子(転写、翻訳、複製に関する遺伝子)を、BLASTサーチプログラムを用いて探索した。これらの配列は、L.chlorophorumが持つNm関連遺伝子である可能性が高い。その結果、緑藻類と近縁性を示すHistonや、eukaryotic initiation factor(翻訳開始因子)遺伝子の部分配列が得られた。これら配列データは、NMにゲノムが存在し、翻訳、転写が行われている事を示唆している。得られた配列情報を基に分子系統解析を行ったがその起源ははっきりとはしなかった。
今後は、完全長配列を取得し、分子系統解析に基づいて起源を精査していく。また、輸送システムについても輸送配列の精査を行い、そのメカニズムについて言及する。

Report

(3 results)
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2012 2011 2010 2009

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Prasinoxanthin is absent in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum strain NIES-1868 : pigment composition and 18S rRNA phylogeny2012

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Masanobu Kawachi, Hideaki Miyashita, Yuji Inagaki
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: (印刷中) Issue: 6 Pages: 705-711

    • DOI

      10.1007/s10265-012-0486-6

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Green-colored plastids in the dinoflagellate genus Lepidodinium are a member of core chlorophytes in origin2011

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Fumihiko Shinozaki, Tomoko Chikuni, Akinori Yabuki, Kiyotaka Takishita, Masanobu Kawachi, Takeshi Nakayama, Isao Inouye, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki
    • Journal Title

      Protist

      Volume: 162 Pages: 268-276

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A deviant genetic code in the green alga-derived plastid in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum2011

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Sohta A Ishikawa, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki
    • Journal Title

      Mol Phylogenet Evol

      Volume: 60 Pages: 68-72

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chromera velia及びCMP3155株葉緑体ゲノム解析から推測するアルベオラータ葉緑体の進化2010

    • Author(s)
      石川奏太、松本拓也
    • Journal Title

      藻類Jpn J Phycol (Sorui)

      Volume: 58 Pages: 129-132

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Journal Article] Rooting for the root of elongation factor-like protein phylogeny2010

    • Author(s)
      Ryoma Kamikawa, Miako Sakaguchi, Takuya Matsumoto, Hashimoto Tetsuo, Yuji Inagaki
    • Journal Title

      Mol Phylogenet Evol

      Volume: 56 Pages: 1082-1088

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium chlorophorumが持つ共生体退化核遺伝子について2011

    • Author(s)
      松本拓也、神川竜馬、橋本哲男、稲垣祐司
    • Organizer
      日本進化原生生物学研究会第5回大会
    • Place of Presentation
      富山大学(富山)
    • Year and Date
      2011-06-11
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum2011

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Ryoma Kamikawa, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki
    • Organizer
      the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE) 2011 Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Kyoto
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum2011

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Ryoma Kamikawa, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki
    • Organizer
      Memorial Symposium for the 26th International Prize for Biology
    • Place of Presentation
      Tsukuba International Congress Center, Tsukuba, Ibaraki
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Green-colored plastids in the dinoflagellate genus Lepidodinium are of core chlorophyte origin2010

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Fumihiko Shinozaki, Tomoko Chikuni, Akinori Yabuki, Kiyotaka Takishita, Masanobu Kawachi, Takuro Nakayama, Isao Inouye, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki
    • Organizer
      The 18th meeting of the International Society for Evolutionary Protistology
    • Place of Presentation
      Ishikawa Prefectural Museum of Art, Kanazawa, Ishikawa
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum2010

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Ryoma Kamikawa, Yuji Inagaki
    • Organizer
      XI^<th> International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis
    • Place of Presentation
      University of Tromso, Tromso, Norway
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] クロロフィルa, bを持つ緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium Chlorphorumの葉緑体起源探索:11葉緑体遺伝子配列データに基づく解析2010

    • Author(s)
      松本拓也, 篠崎文彦, 千國友子, 矢吹彬憲, 瀧下清貴, 河地正伸, 中山剛, 橋本哲男, 稲垣祐司
    • Organizer
      日本藻類学会第34回大会
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] クロロフィルa, bを持つ緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium Chlorphorumの葉緑体起源探索:11葉緑体遺伝子配列データに基づく解析2009

    • Author(s)
      松本拓也, 瀧下清貴, 篠崎文彦, 千國友子, Marianne Aastebol Minge, Kamran Shalchian-Tabrizi, 河地正伸, 渡邉信, 井上勲, 橋本哲男, 稲垣祐司
    • Organizer
      第4回日本進化原生生物学研究会
    • Place of Presentation
      宮城教育大学
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] クロロフィルa,bを持つ緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium Chlorphorumの葉緑体起源2009

    • Author(s)
      松本拓也, 瀧下清貴, 千國友子, 篠崎文彦, Marianne Aastebol Minge, Kamran Shalchian-Tabrizi, 河地正伸, 橋本哲男, 稲垣祐司
    • Organizer
      第11回日本進化学会
    • Place of Presentation
      北海道大学
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      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Searching for the origin of green-colored plastids in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum2009

    • Author(s)
      Takuya Matsumoto, Kiyotaka Takishita, Tomoko Chikuni, Fumihiko Shinozaki, Marianne A.Minge, Kamran Shalchian-Tabrizi, Masanobu Kawachi, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki
    • Organizer
      Leopoldina Symposium
    • Place of Presentation
      ドイツ
    • Related Report
      2009 Annual Research Report

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Published: 2009-04-01   Modified: 2024-03-26  

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