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哺乳動物細胞における核内non-coding RNAの特異的分解制御機構の解明

Research Project

Project/Area Number 09J05282
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biological pharmacy
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

谷 英典  東京大学, アイソトープ総合センター, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2009 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2011: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2010: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2009: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywordsnon-coding RNA / RNA分解 / Bromo-uridine / BRIC / RNA-se / SLiT / HOTAIR / CDKN2B-AS1 / MALAT-1 / MENε/β / exosome / 哺乳動物細胞 / BRIC法 / パラスペックル / Xrn2 / PM / Scl-75 / Scl-100 / PARN / Mtr4
Research Abstract

数十塩基長の短鎖non-codingRNA(ncRNA)はその機能や動態の理解が深まっているが,数百,数千塩基長の長鎖ncRNAの機能のほとんどが未解明であり,膨大なデータから機能性長鎖ncRNAを区別する革新的な指標が望まれていた。mRNAにおいてRNAの安定性とその機能が密接に結びついており,ハウスキーピングタンパク質をコードするmRNAは長寿命だが,調節性タンパク質をコードするmRNAは短寿命であることがわかっている。そこで我々はncRNAにおいてもRNAの安定性を指標とすることで長鎖ncRNAの機能を定義できるのではないかと考えた。まず,細胞内のRNAの安定性をゲノムワイドにモニタできる手法として,BRIC-seq(5'-BRomo-uridine Immunoprecipitation Chase-deep sequencing analysis)を開発し,HeLa細胞中の11,052個のmRNA,1,389個のncRNAの安定性を測定した。その結果,mRNAでは上記で予想された結果が得られ,さらに,ncRNAにおいては,細胞内で安定な状態で存在するRNA群にはハウスキーピング様の機能を有するncRNAが有意に濃縮されており,不安定なRNA群には調節性の核内longncRNAが含まれていることを発見した。我々はこの不安定なncRNA群をSLiTs(Short Lived non-coding Transcripts)と命名した。さらに機能未知のSLITsに対して解析を進めた結果,細胞増殖に重要な役割を担う長鎖ncRNAや,外部刺激により安定性が変化する長鎖ncRNAを多数発見した。以上のことから,RNAの安定性は長鎖ncRNAの機能を定義する上で重要な指標となっており,その安定性を調べることは,長鎖ncRNAの機能解明への強力なカギになると考えられる。

Report

(3 results)
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (38 results)

All 2012 2011 2010 2009 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (26 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results)

  • [Journal Article] Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived non-coding transcripts in mammals2012

    • Author(s)
      Tani, H.
    • Journal Title

      Genome Res

      Volume: (in press) Issue: 5 Pages: 947-956

    • DOI

      10.1101/gr.130559.111

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    • Journal Title

      J.Nat.Prod.

      Volume: (in press) Issue: 4 Pages: 650-654

    • DOI

      10.1021/np200883s

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    • Author(s)
      Tani, H., et al.
    • Journal Title

      Drug Discoveries and Therapeutics

      Volume: 4 Pages: 235-239

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      Tani, H., et al.
    • Journal Title

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      Pages: 131-136

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      Miyata, R., et al
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      Tani, H., et al
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      Kyoto International Conference Center, Kyoto, Japan
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      第11回東京大学生命科学シンポジウム
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      東京(東京大学)
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      2011-06-04
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      2009-09-24
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      新潟
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      野田尚宏, ら
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      279
    • Publisher
      シーエムシー出版
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      秋光信佳, 谷英典
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人東京大学
    • Industrial Property Number
      2010-154640
    • Filing Date
      2010-07-05
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      金川貴博, 野田尚宏, 谷英典
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • Acquisition Date
      2010-02-12
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      野田尚宏, 関口勇地, 須藤恭子, 宮田亮, 谷英典, 常田聡
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所,学校法人早稲田大学
    • Industrial Property Number
      2009-254354
    • Filing Date
      2009-11-05
    • Related Report
      2009 Annual Research Report

URL: 

Published: 2009-04-01   Modified: 2024-03-26  

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