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シアノバクテリア光化学系II複合体に関する構造生物学的研究

Research Project

Project/Area Number 10J02491
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field 植物分子生物・生理学
Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

川上 恵典  大阪市立大学, 大学院・理学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2010 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2011: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords光化学系II複合体 / 光合成 / X線結晶構造解析 / 光化学系II
Research Abstract

光化学系II複合体(以下PSII)は、植物のチラコイド膜内に存在し、光誘起電荷分離反応によって電子伝達を行う超分子複合体である。この電荷分離によって反応中心である二量体クロロフィルP680はラジカルカチオンとなり、酸素発生中心であるMn4CaO5クラスターで水酸化による酸素発生反応を可能とする。植物の酸素発生機構を解明するため、世界の複数の研究グループがPSIIの結晶構造解析に取り組んできたが、これまで報告されてきた立体構造はどれも低分解能であったため、Mn4CaO5クラスターとその配位子群の詳細な立体構造情報を得ることが出来なかった。この最大の理由として、どの研究グループも良質なPSII結晶を作製することが出来なかったことが挙げられる。研究代表者は、長年PSIIの精製・結晶化方法の最適化を行い、1.9A分解能のX線回折強度データを収取できる、非常に良質なPSII結晶の作製方法を確立させた。本研究の目的は、このPSII結晶作製法を用いて酸素発生反応に不可欠な塩素イオンをヨウ素イオンに置換したことによって引き起こされる酸素発生反応の停止機構を構造学的に明らかにするとともに、PSIIの酸素発生反応における塩素イオンの役割を解明することである。PSIIの立体構造を原子レベルで解析することは、人類が探求し続けてきた植物の酸素発生の仕組みを明ちかにするばかりでなく、植物の酸素発生中心構造を模倣した触媒開発研究が進展し、太陽光エネルギーを利用した革新的なエネルギー生産システムの開発が期待できる。研究実施計画として、Native-PSII結晶の作製法を用いて、塩素イオンと置換可能な臭素イオン(Br)・ヨウ素イオン(I)を用いてそれぞれの置換体結晶の作製・構造解析を行い、ヨウ素置換によって引き起こされる立体構造変化をNative-PSII及びBr-PSIIの構造と比較することで明らかにする。そして、明らかとなった立体構造変化が酸素発生反応の失活に直接影響しているかどうか確認するため、様々な分光学的装置による測定を行う。

Report

(2 results)
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (25 results)

All 2012 2011 2010 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 14 results) Presentation (9 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Possible Mechanisms of Water Splitting Reaction Based on Proton and Electron Release Pathways Revealed for CaMn_4O_5 Cluster of PSII Refined to 1.9 Å X-Ray Resolution2012

    • Author(s)
      Toru Saito
    • Journal Title

      International Journal of Quantum Chemistry

      Volume: 112 Issue: 1 Pages: 253-276

    • DOI

      10.1002/qua.23218

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      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and reactivity of the mixed-alence CaMn_4O_5(H_2O)_4 and CaMn_4O_4(OH)(H_2O)_4 clusters at oxygen evolution complex of photosystem II.Hybrid DFT (UB3LYP and UBHANDHLYP) calculations2012

    • Author(s)
      T.Saito, S.Yamanaka, K.Kanda, H.Isobe, Y.Takano, Y.Shigeta, Y.Umena, K.Kawakami, J.-R.Shen, N.Kamiya, M.Okumura, M.Shoji, Y.Yoshioka, K.Yamaguchi
    • Journal Title

      International Journal of Quantum Chemistry

      Volume: 112 Issue: 1 Pages: 321-343

    • DOI

      10.1002/qua.23261

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      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distribution of the cationic state over the chlorophyll pair of photosystem II reaction center2011

    • Author(s)
      Saito K., Ishida T., Sugiura M., Kawakami K., Umena Y., Kamiya N., Shen J.-R., Ishikita H
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc.

      Volume: 133 Issue: 36 Pages: 14379-14388

    • DOI

      10.1021/ja203947k

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Possible mechanisms for the O-O bond formation in oxygen evolution reaction at the CaMn_4O_5(H_2O)_4 cluster of PSII refined to 1.9 Å X-ray resolution2011

    • Author(s)
      S.Yamanaka, H.Isobe, K.Kanda, T.Saito, Y.Umena, K.Kawakami, J.-R.Shen, N.Kamiya, M.Okumura, H.Nakamura, K.Yamaguchi
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett.

      Volume: 511 Pages: 138-145

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      2011 Annual Research Report
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  • [Journal Article] S1-state model of the O_2-evolving complex of photosystem II2011

    • Author(s)
      Sandra Luber, Ivan Rivalta, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, Gary W.Brudvig, Victor S.Batista, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, Doug Bruce, Gary W.Brudvig, M.R.Gunner, Victor S.Batista
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Issue: 29 Pages: 6308-6311

    • DOI

      10.1021/bi200681q

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      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural-functional role of chloride in photosystem II2011

    • Author(s)
      Ivan Rivalta, Muhamed Amin, Sandra Luber, Serguei Vassiliev, Ravi Pokhrel, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, Doug Bruce, Gary W.Brudvig, M.R.Gunner, Victor S.Batista
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Issue: 29 Pages: 6312-6315

    • DOI

      10.1021/bi200685w

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      2011 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Structure of the catalytic, inorganic core of oxygen-evolving photosystem II at 1.9 Å resolution2011

    • Author(s)
      Kawakami K., Umena Y., Kamiya N., Shen J.-R
    • Journal Title

      J.Photochem.Photobiol.B

      Volume: 104 Issue: 1-2 Pages: 9-18

    • DOI

      10.1016/j.jphotobiol.2011.03.017

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  • [Journal Article] Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II at a resolution of 1.9 Å2011

    • Author(s)
      *Umena Y., *Kawakami K., Shen J.-R., Kamiya N.(*equally authors)
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 473 Issue: 7345 Pages: 55-60

    • DOI

      10.1038/nature09913

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  • [Journal Article] Purification and crystallization of oxygen-evolving photosystem II core complex from thermophilic cyanobacteria2011

    • Author(s)
      J.-R.Shen, K.Kawakami, H.Koike
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 684 Pages: 41-51

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      2010 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Photosynthetic oxygen evolution in mesoporous silica material : adsorption of photosystem II reaction center complex into 23nm nanopores in SBA2011

    • Author(s)
      T.Noji, C.Kamidaki, K.Kawakami, J.-R.Shen, T.Kajino, Y.Fukushima, T.Sekitoh, S.Itoh
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 27 Pages: 705-713

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Roles of PsbI and PsbM in photosystem II dimer formation and stability studied by deletion mutagenesis and X-ray crystallography2011

    • Author(s)
      K.Kawakami, Y.Umena, M.Iwai, Y.Kawabata, M.Ikeuchi, N.Kamiya, J.-R.Shen
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta.

      Volume: 1807 Pages: 319-325

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II at a resolution of 1.9Å *These authors contributed equally to this work.2011

    • Author(s)
      Y.Umena, K.Kawakami, J.-R.Shen, N.Kamiya
    • Journal Title

      Nature

      Volume: (in press)

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the catalytic, inorganic core of oxygen-evolving photosystem II at 1.9Å resolution2011

    • Author(s)
      K.Kawakami, Y.Umena, N.Kamiya, J.-R.Shen
    • Journal Title

      J Photochem Photobiol B

      Volume: (in press)

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Labile electronic and spin states of the CaMn4O5 cluster in the PSII system refined to the 1.9Å X-ray resolution. UB3LYP computational results2011

    • Author(s)
      K.Kanda, S.Yamanaka, T.Saito, Y.Umena, K.Kawakami, J.-R.Shen, N.Kamiya, M.Okurura, H.Nakamura, K.Yamaguchi
    • Journal Title

      Chemical Physics Letter.

      Volume: 506 Pages: 98-103

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      2010 Annual Research Report
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  • [Presentation] どのようにしてヨウ素イオンは光化学系II複合体の酸素発生反応を阻害するのか?2012

    • Author(s)
      川上恵典, 萩原大介, 梅名泰史, 沈建仁, 神谷信夫
    • Organizer
      第53回植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      京都産業大学,京都
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] How iodide ions inhibit the oxygen evolution of photosystem II?2011

    • Author(s)
      Keisuke Kawakami, Daisuke Hagiwara, Yasufumi Umena, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya
    • Organizer
      International Union of Crystallography 2011
    • Place of Presentation
      Madrid, Spain
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Hydrogen-bonding networks and channels in oxygen-evolving Photosystem II revealed at 1.9 Å resolution2011

    • Author(s)
      Keisuke Kawakami
    • Organizer
      PCET2011
    • Place of Presentation
      Loire Valley, France(招待講演)
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  • [Presentation] 酸素発生光化学系II複合体の1.9 A分解能におけるX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      神谷信夫・梅名泰史・川上恵典・沈建仁
    • Organizer
      第24回日本放射光学会年会
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      筑波,つくば国際会議場
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  • [Presentation] 1.9Å分解能における光化学系II複合体内の色素配置2011

    • Author(s)
      川上恵典・梅名泰史・神谷信夫・沈建仁
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所セミナー「分子科学と生理学が解き明かす植物の光エネルギー変換の新展開」
    • Place of Presentation
      大阪,大阪大学蛋白質研究所
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Characteristics of channels and arrangement of cofactors in the 1.9 angstrom resolution structure of photosystem II2011

    • Author(s)
      川上恵典・梅名泰史・神谷信夫・沈建仁
    • Organizer
      第52回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台,東北大学川内北キャンパス
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 光化学系II複合体結晶の分解能向上2010

    • Author(s)
      川上恵典・梅名泰史・田代隆慶・神谷信夫・沈建仁
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道,札幌コンベンションセンター
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  • [Presentation] Improvement of the quality of photosystem II crystals for its structural analysis at an atomic resolution2010

    • Author(s)
      K.Kawakami, Y.Umena, T.Tashiro, N.Kamiya, J.-R.Shen
    • Organizer
      15th International Congress of Photosynthesis
    • Place of Presentation
      Beijing, China
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 光化学系II複合体結晶の分解能向上2010

    • Author(s)
      川上恵典・梅名泰史・田代隆慶・神谷信夫・沈建仁
    • Organizer
      第60回日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      大阪,大阪大学コンベンションセンター
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      2010 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.ocarina.osaka-cu.ac.jp/profile/keisuke_kawakami.html

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      2011 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.Osaka-cu.ac.jp/news/20110418110425/research.html

    • Related Report
      2010 Annual Research Report

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Published: 2010-12-03   Modified: 2024-03-26  

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