| Project/Area Number |
10J03618
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Research Field |
Structural biochemistry
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| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
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Principal Investigator |
中村 健介 総合研究大学院大学, 高エネルギー加速器科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2010 – 2012
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2012)
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| Budget Amount *help |
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2012: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2010: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
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| Keywords | オートファジー / 結晶化 / 結晶構造 / 異常散乱法 / X線小角散乱 |
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| Research Abstract |
Atg16L単体およびAtg16L-Rab33B複合体の結晶構造の解明
Atg16Lコイルドコイル領域単体の構造解析の精密化を行い、逆平行コイルドコイルに重票な残基を割り出した。1.逆平行の二量体化がAtg5-Atg12/Atg16L複合体にどの様な影響を与えるのか、2.酵母Atg16複合体の構造との違いが哺乳類でどの様な役割を果たすのか、これらを解明する手がかりが出来た。
Atg16LのRab33b結合領域に関しては、様々なコンストラクトやタグの付与での安定化を試みたが、Rab33bとの複合体の構造解析には成功しなかった。
Arfaptin1/2 BARドメインとArl1の複合体の結晶構造解析
Arfaptin-2とArl1との複合体の構造解析および、Arfaptin-2上でのArl1とRac1とも競合を解析し、この成果が論文に掲載された。また、Arfapin-2とアイソフォームであるArfaptin-1との違いを結晶構造と生化学的実験で示し、これに関しては現在、別の論文を投稿中である。
SYLFドメインタンパク質SH3YL1の結晶構造解析
前年度に続き、様々なコンストラクトで結晶化スクリーニングを行ったが、今までに結晶構造に耐えうる結晶は得られていない。特に、様々なタグでの発現・精製・結晶化を試みた。N末端の両親媒性のヘリックスとそれに続く構造不安定領域が発現および結晶化を阻害していることが分かりつつある。そこでこれらを除いた、N末端欠損型のタンパク質で結晶化スクリーニングを行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
Atg16に関しては複合体の構造を解くことが出来なかったが、逆平行構造であることを解明し、その原因となる残基の特定に成功した。また、Arfaptinに関しては、新しくArfaptin-1のアイソフォームを解き、その違いを示すことができた。
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