• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

光制御型DNAナノマシンの開発

Research Project

Project/Area Number 10J05017
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

西村 隆宏  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2010 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2012: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2010: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywords分子ナノマシン / DNAナノマシン / DNAナノテクノロジー / DNA論理回路 / 光制御型DNAナノマシン
Research Abstract

本研究では,光技術とDNAナノ技術を利用し,センシング,情報処理、アクチュエータ機能を備えた光制御型DNAナノマシンの実装手法の開発を行った.DNAの分子認識能と自律的反応は,ナノスケール領域で生体分子に関する情報を取り扱う際に有用である.また,光と物質との相互作用の利用により,非侵襲かつ遠隔的に外界とプロセッサの情報通信が可能となる.
光制御型DNAナノマシンの実装には,センシング,演算,出力の一連の動作をナノスケールで実現することが求められる.実現のための要素技術として,分子センサ機能の光制御手法とDNA構造変化を利用した状態遷移表現を検討した.その上で,光信号のタイミングに従って,DNAフラグメントを検知し,特定のフラグメントの有無を判断し,その結果を蛍光信号として出力するナノマシンを提案した.実験により,光制御型DNAナノマシンの基本動作を確認し,光とDNAを利用してセンサ・演算・アクチュエータの一連の動作が実装できることを示した.
演算機能の拡張手法として,蛍光共鳴エネルギー移動(Fluroescence Resonance Energy Transfer,FRET)による信号処理を導入したDNA論理回路の構成手法を提案する.この手法をDNA足場論理と呼ぶ.入力分子情報に従って,足場となるDNA上の蛍光分子の配置を制御し,FRETによるシグナル伝達を切り替えて演算結果を得る.NOT,AND,OR演算を含む論理回路の動作を実証実験により確認した.乗法標準形で表された演算を処理可能であることから,任意の論理演算が実装可能であることを示した.
DNA足場論理においてメモリ機能を実現するために,FRET回路に組み込み可能なセット/リセットフリップフロップを検討した.蛍光分子の光制御によるFRETの変調を利用し,状態に応じてFRETのオン/オフを切り替えるフリップフロップを実装した.繰り返し遷移や状態保持可能であることを示した.

Report

(3 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2013 2012 2011 2010 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] A nanoscale set-reset flip-flop in fluorescence resonance energy transfer-based circuits2013

    • Author(s)
      T. Nishimura, Y. Ogura, and J. Tanida
    • Journal Title

      Applied Physics Express

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 15201-15201

    • DOI

      10.7567/apex.6.015201

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Keusable molecular sensor based on photonic activation control of DNA probes2012

    • Author(s)
      T. Nishimura, Y. Ogura, and J. Tanida
    • Journal Title

      Biomedical Optics Express

      Volume: 3 Pages: 920-926

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluorescence resonance energy transfer-based molecular logic circuit using a DNA scaffold2012

    • Author(s)
      T. Nishimura, Y. Ogura, and J. Tanida
    • Journal Title

      Applied Physics Letters

      Volume: 101 Issue: 23 Pages: 233703-233703

    • DOI

      10.1063/1.4769812

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optofluidic DNA computation based on optically manipulated microdroplets2012

    • Author(s)
      T.Nishimura, Y.Ogura, J.Tanida
    • Journal Title

      Microfluidics and Nanofluidics

      Volume: Vol. 13 Issue: 1 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1007/s10404-012-0934-6

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatially parallel control of DNA reactions in optically manipulated micro-droplets

    • Author(s)
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Jun Tanida
    • Journal Title

      Journal of Nanophotonics

      Volume: (掲載確定)

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] DNA logic circuit using fluorescence resonance energy transfer for signal cascade2012

    • Author(s)
      T. Nishimura, Y. Ogura, H. Yamamoto, K. Yamada, and J. Tanida
    • Organizer
      18th international Conference on DNA Computing and Molecular programming
    • Place of Presentation
      Aarhus, Denmark
    • Year and Date
      2012-08-14
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛍光共鳴エネルギー移動を利用した分子入力・光出力論理回路の実装2012

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 山本裕紹, 山田憲嗣, 谷田純
    • Organizer
      第59回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-03-16
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛍光共鳴エネルギー移動を利用したスキャフォールドDNA論理演算2011

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 山本裕紹, 山田憲嗣, 谷田純
    • Organizer
      日本光学会年次学術講演会Optics & Photonics Japan
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2011-11-29
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Bio-molecular sensing by use of DNA that can be activated and reset via photonic signals2011

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 山本裕紹, 山田憲嗣, 谷田純
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫
    • Year and Date
      2011-09-21
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] A photonic DNA processor : concept and implementation2011

    • Author(s)
      T.Nishimura, Y.Ogura, K.Yamada, H.Yamamoto, J.Tanida
    • Organizer
      SPIE NanoScience+Engineering
    • Place of Presentation
      San Diego(アメリカ合衆国)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-08-23
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Prototype demonstration of a photonic DNA processor : a photonically-controlled DNA nanomachine of sensing, computing, and actuating2011

    • Author(s)
      T.Nishimura, Y.Ogura, K.Yamada, H.Yamamoto, J.Tanida
    • Organizer
      The 7th Annual Conference on Foundations of Nanoscience
    • Place of Presentation
      Snowbird(アメリカ合衆国)
    • Year and Date
      2011-04-14
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子センサ機能を有する光制御型DNAナノマシン2011

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 山田憲嗣, 山本裕紹, 谷田純
    • Organizer
      第58回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      神奈川工科大学(神奈川)
    • Year and Date
      2011-03-27
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子センサ機能を有する光制御型DNAナノマシン2010

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 山田憲嗣, 山本裕紹, 谷田純
    • Organizer
      日本光学会年次学術講演会Optics & Photonics Japan 2010
    • Place of Presentation
      駿河台記念会館(東京都)
    • Year and Date
      2010-11-10
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Photoregulating Activation of Functionality in Molecular Recognition of DNA2010

    • Author(s)
      西村隆宏, 小倉裕介, 谷田純
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学川内キャンパス(宮城)
    • Year and Date
      2010-09-21
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Nanoscale logic operation in optically manipulated micro-droplets2010

    • Author(s)
      Y.Ogura, T.Nishimura, J.Tanida
    • Organizer
      SPIE Optics & Photonics 2010
    • Place of Presentation
      San Diego, CA, USA(Invited)
    • Year and Date
      2010-08-03
    • Related Report
      2010 Annual Research Report

URL: 

Published: 2010-12-03   Modified: 2024-03-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi