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集合系マシーナリーのモデル細胞としての高度好熱菌T.thermophilus

Research Project

Project/Area Number 11169224
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

倉光 成紀  大阪大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60153368)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 増井 良治  大阪大学, 大学院・理学研究科, 助手 (40252580)
Project Period (FY) 1999 – 2000
Project Status Completed (Fiscal Year 2000)
Budget Amount *help
¥8,200,000 (Direct Cost: ¥8,200,000)
Fiscal Year 2000: ¥3,200,000 (Direct Cost: ¥3,200,000)
Fiscal Year 1999: ¥5,000,000 (Direct Cost: ¥5,000,000)
KeywordsMutM / MutY / UvrA / UvrB / UvrC / UvrD / MutS / MutL / 高度好熱菌 / Thermus thermophilus HB8 / 構造生物学 / 構造ゲノム科学 / ゲノム解析 / X線結晶解析 / DNA修復系 / アミノ酸代謝系
Research Abstract

高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のゲノム解析をほぼ完了した(理化学研究所との共同研究)。その結果によれば,T.thermophilus HB8のゲノムサイズは2Mbpで,約2000個の遺伝子からなり,DNA修復に関与する酵素は約50種類存在することが明らかになった。これまでに,塩基除去修復系のMutM,MutY,EndoV,ヌクレオチド除去修復系のUvrA,UvrB,UvrC,UvrD,組換え修復系のRecA蛋白質,その他,DNA polymerase I,DNA ligase等についての,遺伝子のクローニング・蛋白質の量産化・精製・結晶化を行った。さらに,UvrB,MutM,photolyase,DNA polymerase Iについては,立体構造解析を行った。
その中で,UvrA,UvrB,UvrCの他,ミスマッチ修復系のMutS,MutLは,集合系マシーナリーを形成していた。
また,酸化傷害修復系のMutMとMutYは,酸化された塩基を修復するための基質特異性が相補し合っていることが示唆された。MutMについては立体構造解析を完了したので,その結果を基にして,酸化傷害DNA基質との反応機構を推定することができた。それを基にして,触媒基と考えられる2つのグルタミン酸やリジン残基を置換した変異型酵素を作製し,傷害DNAを含む基質との反応を解析した結果,より詳細な反応機構が明らかにすることができた。

Report

(2 results)
  • 2000 Annual Research Report
  • 1999 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All Other

All Publications (13 results)

  • [Publications] Nakai,T.: "Structure of Thermus thermophilus HB8 Aspartate Aminotransferase and Its Complex with Maleate"Biochemistry. 38(8). 2413-2424 (1999)

    • Related Report
      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Hoseki,J.: "Directed Evolution of Thermostable Kanamycin-Resistant Gene Products in an Extremely Thermophilic Bacterium, Thermus thermophilus"J.Biochem.. 126(5). 951-956 (1999)

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      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Nakagawa,N.: "Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 UvrB Protein, A Key Enzyme of Nucleotide Excision Repair"J.Biochem.. 126(6). 986-990 (1999)

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      2000 Annual Research Report
  • [Publications] 倉光成紀: "好熱菌全ゲノムの配列決定とその意義"蛋白質核酸酵素. 44(2). 165-170 (1999)

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      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Sugahara,M.: "Crystal Structure of a Repair Enzyme of Oxidatively-Damaged-DNA, MutM (Fpg), from an Extreme Thermophile, Thermus thermophilus HB8"EMBO J.. 19(15). 3857-3869 (2000)

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      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Yokoyama,S.: "Structural Genomics Projects in Japan"Nature Struct.Biol.. 7. 943-945 (2000)

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      2000 Annual Research Report
  • [Publications] Shibata, A.: "Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of a DNA Excision Repair Enzyme, UvrB, from Thermus thermophilus"Acta Cryst.. D55. 1-3 (1999)

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      1999 Annual Research Report
  • [Publications] Nakai, T.: "Structure of Thermus thermophilus HB8 Aspartate Aminotransferase and Its Complex with Maleate"Biochemistry. 38・8. 2413-2424 (1999)

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      1999 Annual Research Report
  • [Publications] Hoseki, J.: "Directed Evolution of Thermostable Kanamycin-Resistant Gene Products in an Extremely Thermophilic Bacterium, Thermus thermophilus"J. Biochem.. 126・5. 951-956 (1999)

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      1999 Annual Research Report
  • [Publications] Nakagawa, N.: "Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 UvrB Protein, A Key Enzyme of Nucleotide Excision Repair"J. Biochem.. 126・6. 986-990 (1999)

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      1999 Annual Research Report
  • [Publications] Sugahara, M.: "Crystallization and Preliminary X-ray Crystallography of T. thermophilus MutM Involved in Repairs of Oxidative DNA Damage"J. Biochem.. 127・1. 9-11 (1999)

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      1999 Annual Research Report
  • [Publications] 増井良治,倉光成紀: "好熱菌全ゲノムの配列決定とその意義"蛋白質核酸酵素. 44・2. 165-170 (1999)

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      1999 Annual Research Report
  • [Publications] 倉光成紀: "実験室の小さな生きものたち"羊土社. 4 (1999)

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      1999 Annual Research Report

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Published: 1999-04-01   Modified: 2018-03-28  

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