| Project/Area Number |
11876002
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Breeding science
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
中村 千春 神戸大学, 農学部, 教授 (10144601)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宅見 薫雄 神戸大学, 農学部, 助手 (50249166)
朝倉 史明 神奈川大学, 工学部, 講師 (80301589)
吉田 晋弥 兵庫農業技術センター, 主任研究員
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| Project Period (FY) |
1999 – 2000
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2000)
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| Budget Amount *help |
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2000: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 1999: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
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| Keywords | トランスポゾン / トウモロコシMu / イネOsMu / オーソログ / パラログ / イネ / Muトランスポゾン / OsMuDR / イネ(Oryza sativa) / TIR / 標的配列 |
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| Research Abstract |
1.OsMuDRをプローブとしたイネゲノミッククローンのスクリーニングを行い、12の独立したクローンを単離した。このうち2クローンについてその塩基配列を決定した。OSMu4-2は、198-bpの末端反復配列(TIR)に挟まれた4.6-kbpの配列を有し、OSMu10-1は同様に198-bpの末端反復配列(TIR)に挟まれた1.1-kbpの配列を有していた。これらの因子は9-bpからなる標的配列を末端に有し、塩基配列と推定アミノ酸配列からトウモロコシMuトランスポゾンのホモローグであることを確認した。OSMu4-2とOSMu10-1は、ともにmudrA様転写産物をコードすると思われる領域を有するが、OSMu10-1では、3'端側の約330-bpのみが確認された。OSMuクローンのTIRの塩基配列について、既知のMuトランスポゾンとの比較では相同性が低く、MuトランスポゾンのTIR間では、遺伝的距離が0.06の範囲であるのに対して、最大で0.19の値を示した。
2.OsMuDRをプローブとしたノーザンハイブリダイゼーションの結果から、この転写産物の全長は約2.6-kbpで、mudrAが2.8-kbpであることと符合した。そこで、RT-PCRクローンを基に、cDNAクローンの単離を試みたが、1.1-kbpの部分クローンが得られたのみで、ORFを含む完全鎖長を得ることはできなかった。
3.各種イネゲノムを対象にOsMu4-2とOsMu10-1をプローブに用いたサザン解析でゲノム内コピーの分布を調べた。ジャポニカ、インディカ品種とも低コピー数であったが、多くのホモログ持つ野生ゲノムが見つかった。
4.以上の結果から、イネのOsMuはトウモロコシMuのorthologueであること、野生イネゲノムには多くのparaloguesを持つものがあることが明らかになった。
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