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タンパク質の機能調節機構における電子的効果の定量的解明

Research Project

Project/Area Number 11J00949
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Chemistry related to living body
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

柴田 友和  筑波大学, 数理物質系, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2011 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2012: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2011: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywordsミオグロビン / 酸素親和性 / 自動酸化 / 電子密度 / トリフルオロメチル基 / 共鳴ラマン / 変異体 / 水素結合 / ヘムタンパク質 / 共鳴ラマン分光法 / 伸縮振動
Research Abstract

酸素貯蔵タンパク質ミオグロビン(Mb)のヘム活性部位の電子構造(特にヘム鉄の電子密度(ρ_<Fe>))と機能の関係を明らかにする研究を行った.私どもの以前の研究からρ_<Fe>が減少するとMbの酸素親和性が低下することが明らかとなった.そこで,このρ_<Fe>と酸素親和性の関係がどのような要因で決定されているかを明らかにするため,ヘム近傍のアミノ酸の役割も含めて解析を行った.酸素はMbのヘム鉄と配位結合し,さらに,ヘム近傍に存在するヒスチジン(His64)と水素結合することで,その結合状態を安定化している.そこで,ρ_<Fe>によるMbの機能の制御における,His64と結合酸素の水素結合の役割を明らかにするため,His64を水素結合できないロイシンに置換した変異体(H64L)を作成し解析を行った.ρ_<Fe>を大きくかつ系統的に変化させるため,ヘム側鎖に電子求引性の高いCF_3基を導入する数が違うヘムを合成し,天然MbとH64Lに組み詳細な解析を行った.機能解析した結果,H64Lは水素結合を形成しないので,酸素親和性は約100分の1に低下した.しかし,H64Lでもρ_<Fe>の減少で天然のMbと同程度,酸素親和性が低下した.このことから,ρ_<Fe>は水素結合の有無にかかわらず,Mbの機能に同程度影響をあたえることが分かった.また,共鳴ラマンによる配位結合強度の解析により,ρ_<Fe>の減少で配位結合が弱くなることがわかった.つまり,ρ_<Fe>によるMbの機能制御は,水素結合の強度を変化させるのではなく,主に配位結合強度に変化に起因することが明らかになった.最後に,Mbが酸素貯蔵するためには,ヘム鉄の自動酸化を防ぐ必要がある.そこで,天然のMbのρ_<Fe>と自動酸化速度の関係を解析した.その結果,ρ_<Fe>を減少させると,自動酸化が抑制されることが明らかになった.また,H64Lも自動酸化の解析を行った結果,水素結合が無いことで自動酸化速度は増大したが,ρ_<Fe>を減少させることである程度,自動酸化を抑制できることが明らかになった.アミノ酸置換では酸素親和性が高いと自動酸化速度が遅いという傾向があり,ρ_<Fe>による機能の制御では,酸素親和性が低いと自動酸化速度が遅い傾向がある.従って,アミノ酸置換とρ_<Fe>の変化を組み合わせれば,酸素親和性と自動酸化を独立して制御できると考えられる.この知見は人工血液の創成に応用できると考えられる.

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2013 2012 2011

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (18 results)

  • [Journal Article] Relationship between the Electron Density of the Heme Fe Atom and the Vibrational Frequencies of the Fe-Bound Carbon Monoxide in Myoglobin2013

    • Author(s)
      R. Nishimura, T. Shibata, H. Tai, I. Ishigami, T. Ogura, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, K. Imai, S. Neya, A. Suzuki, and Y, Yamamoto
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 52 Issue: 6 Pages: 3349-3355

    • DOI

      10.1021/ic3028447

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relationship between Oxygen Affinity and Autoxidation of Myoglobin2012

    • Author(s)
      T. Shibata, D. Matsumoto, R. Nishimura, H. Tai, A. Matsuoka, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, K. Imai, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 51 Issue: 21 Pages: 11955-11960

    • DOI

      10.1021/ic301848t

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural characterization of a carbon monoxide adduct of heme-DNA complex2011

    • Author(s)
      K.Saito, H.Tai, M.Fukaya, T.Shibata, R.Nishimura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Journal Title

      J.Biol.Inorg.Chem.

      Volume: 17 Issue: 3 Pages: 437-445

    • DOI

      10.1007/s00775-011-0866-8

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Effect of Heme Electronic Structure on Ligand Affinity and Coordination Bond between Heme Fe and Exogenous Ligand in Myoglobin2012

    • Author(s)
      T. Shibata, R. Nishimura, M. Fukaya, H. Tai, Y.Yamamoto, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, I. Ishigami, T. Ogura, K. Imai, S. Neva, and A. Suzuki
    • Organizer
      筑波大学戦略イニシアティブ(A)「機能物質創製研究拠点」第3回国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば)
    • Year and Date
      2012-12-10
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Effect of heme electronic structure on coordination bondbetween heme Fe and exogenous ligand in myoglobin2012

    • Author(s)
      T. Shibata, R. Nishimura, M. Fukaya, H. Tai, Y. Yamamoto, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, I. Ishigami, T. Ogura, K. Imai, S. Neya, and A. Suzuki
    • Organizer
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-7)
    • Place of Presentation
      チェジュ島(大韓民国)
    • Year and Date
      2012-07-05
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Regulation of Functional Properties of Myoglobinthrough Tuning Heme Electronic Structure2012

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, R. Nishimura, T. Shibata, H. Tai, K. Nishiyama, D. Matsumoto, M.Fukaya, S.Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, I. Ishigami, T.Ogura, S. Neya, O.Shoji, Y.Watanabe, K. Imai, and A. Suzuki
    • Organizer
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines(ICPP-7)
    • Place of Presentation
      チェジュ島(大韓民国)
    • Year and Date
      2012-07-03
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミオグロビンの酸素親和性と自動酸化反応速度の関係2012

    • Author(s)
      西村龍,松本大地,柴田友和,太虎林,長尾聡,松尾貴史,廣田俊,鈴木秋弘,根矢三郎,今井清博,石上泉,小倉尚志,庄司長三,渡辺芳人,山本泰彦
    • Organizer
      第39回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学(仙台)
    • Year and Date
      2012-06-09
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Effect of heme electronic structure on the ligand coordination state in myoglobin2012

    • Author(s)
      T. Shibata, R. Nishimura, H. Tai, I. Ishigami, T. Ogura, S. Nagao, T. Matsuo, S. Hirota, A. Suzuki, S. Neya, K. Imai, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      第22回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      金沢大学(金沢)
    • Year and Date
      2012-06-01
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of heme-DNA complexes exhibiting catalytic activity2012

    • Author(s)
      H. Tai, K. Saito, T. Shibata, R. Nishimura, C. Ishibashi, H. Hemmi, S. Neya, A. Suzuki, N. Kobayashi, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      第22回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      金沢大学(金沢)
    • Year and Date
      2012-05-31
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 遠位ヒスチジンをロイシンに置換したミオグロビンにおける酸素親和性と自動酸化反応の分子機構の解明2012

    • Author(s)
      西山康太郎, 西村龍, 松本大地, 柴田友和, 長尾聡, 深谷昌史, 太虎林, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第92回春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学(横浜市)
    • Year and Date
      2012-03-26
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of Electronic Structure of Heme Active Site in Carbon monoxy Form of Sperm Whale Myoglobin2012

    • Author(s)
      Y.Yamamoto, T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya
    • Organizer
      2nd International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2012-02-09
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Strucural Characterization of a Complex between Heme and an All-parallel G-quadruplex DNA2012

    • Author(s)
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, Y.Yamamoto
    • Organizer
      2nd International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2012-02-09
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Relationship between ^<13>C NMR Shift of Fe-bond CO and Electronic Structure of Heme Active Site in Myoglobin2011

    • Author(s)
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Organizer
      1st International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2011-12-17
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Carbon Monoxide Adduct of a Complex between Heme and a Parallel G-quadruplex DNA2011

    • Author(s)
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, Y.Yamamoto
    • Organizer
      1st International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2011-12-17
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Relationship between ^<13>C NMR shift of Fe-bound CO and electron density of heme2011

    • Author(s)
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Organizer
      第50回NMR討論会記念国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      大さん橋ホール(横浜市)
    • Year and Date
      2011-11-16
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural characterization of carbon monoxide adduct of a complex between heme and a parallel G-quadruplex DNA2011

    • Author(s)
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Organizer
      第50回NMR討論会記念国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      大さん橋ホール(横浜市)
    • Year and Date
      2011-11-16
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] ヘム鉄の電子密度がミオグロビンの自動酸化反応に与える影響の解明2011

    • Author(s)
      西村龍, 松本大地, 西山康太郎, 柴田友和, 深谷昌史, 太虎林, 長尾聡, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 石上泉, 小倉尚志, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • Organizer
      第61回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      岡山理科大学(岡山市)
    • Year and Date
      2011-09-17
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] ヘモグロビンにおけるサブユニット間相互作用がヘムの電子構造に与える影響2011

    • Author(s)
      柴田友和, 長尾聡, 太虎林, 鈴木秋弘, 今井清博, 山本泰彦
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム(2011)
    • Place of Presentation
      エポカルつくば(つくば市)
    • Year and Date
      2011-09-13
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Toward complete understanding of myoglobin function2011

    • Author(s)
      Y.Yamamoto, R.Nishimura, T.Shibata, M.Fukaya, H.Tai, S.Nagatomo, S.Nagao, T.Matsuo, S.Hirota, I.Ishigami, T.Ogura, O.Shoji, Y.Watanabe, S.Neya, K.Imai, A.Suzuki
    • Organizer
      15th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Vancouver (Canada)
    • Year and Date
      2011-08-07
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] ミオグロビンの機能調節機構の解明2011

    • Author(s)
      西村龍, 松本大地, 西山康太郎, 柴田友和, 深谷昌史, 太虎林, 長尾聡, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 石上泉, 小倉尚志, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • Organizer
      第38回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2011-06-23
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular mechanism responsible for the control of functional properties of myoglobin2011

    • Author(s)
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, S.Nagatomo, H.Tai, S.Nagao, T.Matsuo, S.Hirota, I.Ishizumi, T.Ogura, K.Imai, A.Suzuki, Y.Yamamoto
    • Organizer
      3rd Georgian Bay International Conference on Bioinorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Parry Sound (Canada)
    • Year and Date
      2011-06-02
    • Related Report
      2011 Annual Research Report

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Published: 2011-12-12   Modified: 2024-03-26  

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